聚焦亚洲人群，开发个体化疗法，东南亚首家粪菌库成立

编者按：

近年来，研究表明，肠道菌群对人类健康具有不可忽视的作用。越来越多的科学家希望能够通过表征个体的肠道菌群来操纵肠道中的微生物，从而实现健康益处。

然而，并非所有人的微生物组都是相同。相反，肠道菌群具有明显的个体差异性，而这种个体差异性可能会影响菌群干预手段的结果。为了能够更好地了解亚洲地区人群的肠道菌群特征，并满足肠道菌群相关的医疗需求，最近又一家新的粪菌库成立了。

今天，我们将共同关注这家新成立的粪菌库——Asian Microbiome Library，并特别编译了《亚太生物技术通讯》杂志对该粪菌库创始人 Jeremy Lim 博士的采访。希望本文能够为相关的产业人士和诸位读者带来一些帮助与启发。

① 东南亚首家粪菌库：AMiLi

目前，粪菌移植（FMT）已经成为干预微生物组的主要手段之一。而为了满足粪菌移植的需求，2012 年，美国首家非营利性的菌库 OpenBiome 成立。自此以后，全球各地掀起了建立菌群库的热潮。

去年 7 月，又一家菌群库在新加坡成立。这家粪菌库是东南亚第一家粪菌库，也是目前东南亚唯一的一家粪菌库，名为亚洲微生物组信息库（Asian Microbiome Library，AMiLi），旨在促进亚洲地区的微生物组研究，以填补亚洲人肠道微生物组在理解和医疗研究上存在的空白，并满足未被满足的医疗需求。

这家粪菌库是由 Jeremy Lim 博士创立的。

众所周知，由于肠道菌群受到环境和饮食等因素的影响，所以生活在地球上不同地区、采取不同的生活方式人们可能会拥有完全不同的肠道菌群，这也就意味着，在西方人群中发现的微生物组研究结果并不一定适用于亚洲人群。

而为了能够阐明在亚洲人群中，肠道菌群与疾病之间的关系，就必须收集亚洲人群的肠道菌群数据，于是 Lim 博士迈出了第一步——建立 AMiLi。

AMiLi 数据库包括两个部分——一个实体数据库和一个电子数据库。实体数据库中，主要储存着来自不同健康人的粪便样本，而电子数据库则储存着这些粪便的微生物测序数据。通过分析这些微生物数据，研究人员能够更深入地研究亚洲人微生物组与健康之间的关系。

AMiLi 的团队包括来自亚太地区的各类专业人员，专业背景涉及到公共卫生、临床医学、分子生物学、生物医学、中医学、经济学和软件工程等。他们秉持着共同的信念：科技是优秀的产品的强大驱动力。

此外，为了能够得到关于微生物组的更深入的见解，AMiLi 目前正在与多家医疗保健提供商和研究机构合作，以创建 Lim 心中的肠道菌群版本的“23andMe”。

② 创始人：Jeremy Lim

近日，《亚太生物技术通讯》杂志（APBN）采访了 Jeremy Lim。以下是 Lim 的个人简介和采访内容：

Jeremy Lim

新加坡国立大学改善亚洲健康倡议项目负责人，Oliver Wyman 亚太区健康与生命科学部负责人。新加坡国立大学临床医学、药学学士，约翰霍普金斯大学国际公共健康硕士。

曾在亚洲医疗保健的相关部门担任高级行政职务，包括新加坡最大的医疗保健系统的研究总监，以及新加坡医疗保健集团 Sing Health 的首席执行官，同时也是 Oliver Wyman 咨询公司于 2013 年在亚洲创立的健康与生命科学业务部门的合伙人。

著有 Myth or Magic: The Singapore Healthcare System，多年深耕于新加坡医疗卫生系统中，并与多个相关学科的企业和学术研究机构相互合作，致力于推动亚太地区乃至全球卫生系统的改革和数字化。

1.建立亚洲微生物组信息库 AMiLi 的主要目标是什么？

Lim：AMiLi 的诞生是为了确保亚洲地区的人群能够从肠道微生物组学令人振奋的发展中获益。

作为临床医生，对于肠道微生物组改变人类健康的潜力，我们当然感到非常兴奋，近十年来涌现的科学研究令人称奇。但我们担心的是，大多数研究都来自西方，它们重点研究的人群与亚洲人群在基因上有很大不同，而且饮食结构迥异。

因此，我们创立了 AMiLi，专注于亚洲微生物组，旨在为针对亚洲人群的观察研究和应用做出贡献。

2. AMiLi 的建立对确定人类微生物组与人类健康或疾病之间的关联有何影响？

Lim：过去十年里，我们逐渐开始认识到肠道微生物组的作用。尽管我们仅做了一些浅显的研究，但是现在我们知道了肠道微生物组不仅与肠道疾病有关，还与肠道之外的许多疾病有关，包括自闭症、肥胖症、痴呆症，甚至是癌症。

在 AMiLi，我们相信，建立 AMiLi 将使我们能够对于在亚洲地区更为盛行的疾病（例如肝癌）有更多的了解与研究，也能让我们了解亚洲人群的微生物组如何影响疾病的发生和发展。例如，在我们采纳“西式”饮食前使非常罕见的炎症性肠炎（IBD）。

3.为什么建立一个专门针对亚洲人群的微生物组信息库很重要？

Lim：当前的微生物组数据信息库主要在欧洲和美洲，显而易见，这些信息库不能够解释亚洲人群微生物组的多样性。证据也表明，饮食在微生物组多样性中起着重要作用。因此，由于我们具有与西方人群不同的遗传背景、饮食习惯和生活环境，所以，我们必须知道什么对我们亚洲人群来说是“正常”的。

4.从捐赠者筛选到利用样本产生数据的过程是怎样的？

Lim：我们非常幸运，公众已经越来越支持这一表征亚洲微生物组的重要使命。

捐赠者会填写有关其健康、饮食和活动的在线调查表。然后，使用我们发给他们的特殊容器收集很少量的粪便样本，并将样本寄还给我们。

一切都很方便，可以远程完成，不需要进入我们的实验室。

收到样品后，我们将提取微生物组并对其进行测序，以表征其中的主要菌株，不同类型细菌的比例等。

5.对于数据存储有什么计划？哪些人可以访问这些数据，又将如何将其用于人类疾病的未来研究？

Lim：捐赠者的保密性对我们至关重要。我们感激那些想为科学做出贡献、相信我们并提供数据的人。

我们的流程非常严格，所有可识别身份的信息都会被剔出并单独保存。只有直接与捐助者打交道的授权工作人员才能访问可识别身份的信息。

我们的研究人员将使用匿名数据，为了促进科学发展，我们会逐步开放对匿名数据的访问。例如，我们开始与本地的一家大学医院合作，将亚洲 IBD 患者的肠道微生物组与健康人群进行比较，这项工作可能有助于我们确定有效的生物标志物，并用于诊断或治疗。

6.在为信息库收集样本和采集数据的过程中面临哪些挑战？

Lim：观念是最主要的挑战。捐赠大便这样简单的事情却能够在挽救生命中发挥作用是非常令人惊奇的。因此，正如我们的公共教育活动强调的那样，我们努力给公众传递“便便拯救生命”（https://poopsaveslives.com/）的理念。

此外，肠道微生物组研究价格不菲。每个人的微生物组样本的数据量约有 1 TB，因此我们需要强大的计算能力来进行研究。安全存储的成本也很高，我们正在不断寻求新的方法来提高成本效益，以使我们更多的资金可以直接投入于研究。

7.为微生物组数据收集的样本也将如何用于粪便微生物群移植？

Lim：粪便菌群移植被各种疾病患者视为重要的治疗选项。但是，FMT 的相关科学仍处于起步阶段，我们整个科学界都着实需要更多的了解。

比如，如何更好地匹配捐赠者和接受者。就像献血一样：早期我们只知道 ABO 的血型和匹配的输血方式。后来，我们了解了其他重要的匹配抗原，因此输血越来越有效，副作用也越来越少。

我们认为 FMT 未来也会出现类似状况，到那时我们对于微生物组中哪些因素需要匹配以获得更好效果的效果会有更加深入的了解。我们认为，总有一天，人们会常规地对宿主和供体微生物组测序来匹配以达到最佳治疗效果。

③ 微生物组个性化疗法？

无疑，随着越来越多的粪菌库的建立，我们将获得越来越多的微生物组数据。

Lim 相信，有了足够的数据，基于微生物组的个性化疗法就有可能会成为主流，甚至需要对益生菌的使用建议进行更新。

他表示：“我认为最大的误解就是认为益生菌对每个人拥有相同的效果。我们每个人都拥有独特的微生物组，所以相信批量制造的益生菌会以相同的方式起到相同的作用是不正确的。

作为 AMiLi 的一部分，我们要做的是找出哪种益生菌对您有效，并创造出个性化的、定制的益生菌饮料或胶囊。”

当然，开发基于微生物组的个性化治疗方案是 AMiLi 未来的旅程，眼下的第一步仍是收集足够多的微生物组数据。

采访部分原文链接：https://www.asiabiotech.com/24/2407/24070030x.html#gsc.tab=0

参考资料：

1.https://www.asianscientist.com/2020/03/features/asias-changemakers-jeremy-lim-amili/

2.https://poopsaveslives.com/

3.http://amili.asia

作者｜APBN

编译｜C。