数百名科学家疾呼：新冠病毒基因组数据应全面开放共享

作者 |辛雨

56个新冠病毒基因组视图。图片来源：Martin Krzywinski/SPL

数百名科学家敦促公开共享新冠病毒基因组数据，以帮助分析变异病毒是如何在世界各地传播的。

2020年1月以来，研究人员在网上发布了大量的新冠病毒基因组序列。最受欢迎的数据共享平台GISAID拥有超过45万个病毒基因组，世界卫生组织首席科学家Soumya Soumya Swaminathan称GISAID是大流行的“游戏规则改变者”。但欧洲生物信息学研究所(EBI)所长Rolf Apweiler认为，GISAID不允许公开分享序列，阻碍了科学家进一步了解新冠病毒和迅速增加的新变种。

Apweiler说：“新冠病毒测序数据的公开对于迅速应对人类在很长一段时间内面临的最大健康威胁至关重要。”

在1月29日发表的一封信中，Apweiler和其他人呼吁研究人员将他们的基因组数据发布在一个不限制数据再分配的三元数据库中：美国的GenBank、EBI的欧洲核苷酸档案库和日本的DNA数据库，该组织统称为国际核苷酸序列数据库协作组织(INSDC)。

任何人都可以匿名访问INSDC的数据，并可以随意使用，但GISAID要求用户确认身份，并同意在未经数据提供商许可的情况下不重新发布网站的基因组。这意味着，以GISAID数据为基础的研究不能发布完整的数据，如创建进化树、分析新冠病毒变种之间的关系的研究。

这封信说，科学界应该“消除限制有效数据共享的障碍”，但是没有具体提到GISAID。该协议由500多名科学家签署，其中包括2020年诺贝尔化学奖得主Emmanuelle Charpentier和英国新冠肺炎基因组学联盟负责人Sharon Peacock。

许多与GISAID合作的研究人员认为，GISAID的访问条款有一个好处：鼓励犹豫不决的研究人员在网上快速分享数据，而不用担心其他人会在没有信用的情况下使用这些结果。

新加坡科学技术研究局生物信息学家Sebastian mauer - stroh表示：“这么多实验室向GISAID提供新冠病毒基因组的原因，正是因为限制公开再分享的数据获取协议。”他说，GISAID已经与许多实验室合作，帮助它们共享数据。

法国国家卫生和医学研究所疫苗研究员Marie-Paule Kieny认为：“这个问题不仅与科学有关，还与主权和公平有关。”她表示，GISAID对新冠病毒序列数据的快速流动具有最大影响，因为储存序列的科学家可以相信，他们的权利将得到数据用户的尊重。

国际卫生部儿童健康研究基金会微生物学家Senjuti Saha表示，她赞赏呼吁开放数据，但她担心这可能会进一步阻止低收入和中等收入国家的研究人员在分析数据之前上传数据。

Kieny说：“在我看来，这封信像是来自欧洲和高收入国家的一项倡议，它们没有充分了解确保资源匮乏国家接受自由分享序列的关键需求，以便最大限度地发挥新冠病毒等病原体测序的公共卫生影响。”

欧洲核苷酸档案库负责人Guy Cochrane说，EBI意识到有关数据和利益分享的全球问题，并积极参与寻找利益分享机制，以增强南半球国家的能力并保持数据的开放。但他说，即使是资源充足的欧洲国家也可以在公开分享数据方面做得更多。