太平洋战争爆发前，日本海军用5年以上时间才培养出了足够装备数百架舰载机的不到1000名优秀舰载机飞行员，并依靠这些熟练机组取得了珍珠港、印度洋和珊瑚海上的胜绩。不过从中途岛海战开始，特别是经历了恐怖的所罗门航空消耗战之后，日本海军航空兵损失巨大，开战时的精兵已经损失殆尽。在太平洋战争中，日军累计损失飞机26285架，日本海军战死合计409146人。
日本是一个自然资源极度短缺的国度，对于军事活动急需的石油完全依赖进口。太平洋战争前，仅海军一家，每小时消耗的燃油就多达400吨，一旦开战，石油的使用量更是巨大。1941年7月，日本在法属印度支那（今越南）的金兰湾登陆，占领西贡和岘港。美国马上宣布对日本实行全面的石油禁运。英国和荷兰紧随美国，对日本采取了同样的措施。日本海军不得不立即启用该国的石油储备来维持，而在太平洋战争爆发时，已经消耗了2/9的供应量。
没有石油，日本的战争机器就无法运转。为此，日本将侵略的矛头直指石油蕴藏量极为丰富的南洋。太平洋战争初期，随着荷属东印度地区的原油陆续得到开采，海军的用油需求得到了全面满足。但好景不长，进入1943年秋，随着美军的节节推进，特别是在日本控制区的交通运输线遭到美国潜艇的全面威胁后，自南洋向日本本土输送石油已经成为一项极其危险的工作。担负主要作战任务的联合舰队第一机动舰队不得不离开条件最适于训练和维修的日本列岛，来到靠近婆罗洲的原油产地新加坡进行训练。不过这里的3个陆军机场面积太小、设施简陋，又缺乏后勤保障，实际训练水平着实不敢恭维。
由于战情紧迫，为满足前线需要，日军从1943年以后不得不减少飞行员的训练时间，仅完成起降、编队、投弹等基本科目的操练，就匆匆地将航空队派上前线。为弥补飞行员经验不足的弊病和节省用油，居然想出了让新手集体观看电影这样的“高招”。东宝电影公司找个地方挖了个水塘，摆了一些6英尺长的美国军舰模型。他们用摄影机在一个塔架上从各个角度拍摄这些模型，模拟不同的进攻速度和角度。观看电影“成长”起来的飞行员，在第一次出击中，就损失了1/3的飞机，其余飞机在第二次迎击中全部报销。
1944年，日本海军开始在苏禄海进行训练，此处距盛产石油的婆罗洲打拉根很近，燃料问题能够得到解决。但是好景不长，5月19日美军潜艇的出现，让日本海军一线作战部队的飞行训练重回严冬。5月22日，日本第三航空队在湾外进行飞机起降训练时，旗舰“千岁”号轻型航母遭到潜艇攻击。来自水下的威胁使得整个舰队人心惶惶，为避免无谓损失，该部指挥官不得不下令航母停止出海训练，后来连舰炮射击训练也停了下来，连让飞行员进行陆上训练也无法进行。日军舰队进入附近的塔威塔威泊地27天，9艘航母仅出海训练2次。尽管如此，损失却不见少。由于大多数飞行员自飞行学校毕业才半年多，又操之过急，训练中事故不断。截至6月13日，第一机动舰队在训练中已经损失飞机56架，死亡飞行员66人。而编有3艘大型航母的第一航空队损失飞机竟达33架、死亡飞行员51人，几乎相当于两艘“千岁”级航母舰载机之和。言语刻薄的战列舰军官们讥讽道：“这大概是最新的自消自灭战法吧！”
太平洋战争后期，由于日军已拿不出足够数量的中远程轰炸机，战斗机不得不临时充当投弹者的角色，不少飞行员只接受过一次轰炸训练就匆匆上阵。他们在美军舰队上空雨点般密集的弹幕中贸然进入，不是被击中，就是把炸弹扔在离目标很远的海里。
1944年11月1日，在日军官方发布的“阿号作战（即马里亚纳海战）的印象和战斗教训”中，对于日军飞行员拙劣的能力，有这样的叙述：由于空中部队匆忙集结而成，各空中部队的战斗力均有不足。空中部队组建完成后，第一航空队经6个月的训练后投入行动，第二航空队训练了2个月，第三航空队训练了3个月……训练程度不足以满足真正战斗的需要。对于第二航空队来说，人员和装备过了很长时间才准备就绪。训练直到4月的第一周才开始，而5月的第一周人员就开始投入战斗。从训练水平来看，他们几乎不能操纵单人飞机，控制能力也糟糕透顶。例如，侦察中队在即将出发前才完成飞机检查，没有一名飞行员的飞行经历超过100海里。在通讯方面，他们在新加坡的训练基地从没有进行过传输和接收信息的训练，也完全不会使用雷达。至于第一航空队，虽然他们组建后进行训练的时间较长，但是由于他们快速前进至南太平洋地区，再加上机组人员年龄太小，以致在操作中发动机和设备不断发生故障，维修飞机也耽搁了一段时间。其训练程度与第二航空队的机组人员也没有太大的区别，第三航空队也是如此……必须仔细研究战斗失败的原因，但是毫无疑问，训练和实际飞行经验的不足存在多方面的原因。
在1945年3月，日本海军的MXY7“樱花”飞机首次投入作战，为投放该机的“一”式轰炸机护航的许多飞行员，在参加战斗时还没毕业，是一群不折不扣的“菜鸟”。参加这次战斗的一位老牌飞行员说：“我们那些新飞行员太笨了，他们完全忘记了自己作为护卫队应该守在轰炸机附近。他们很快就陷入了与美军飞行员的格斗中，把轰炸机丢到了一边。那些轰炸机只能暴露在敌机的火网中。”结果，在此次行动中，18架执行攻击的轰炸机全被美军击落，134人阵亡;战斗中投下的“樱花”也由于距离太远，全都掉到了海里，14人阵亡;护航的12架“零”式战斗机中有11架没能回到基地，8人战死。
成功的搜救活动，可以让那些在海空大战中被击落或落水的飞行员获救，重新投入战斗。以在英国本土周边海域实施的搜救为例，担当海上搜救任务的飞机主要有“海象”“安森”“哈德逊”“卡特琳娜”等。单单是“海象”水上飞机，就成功营救过2000名幸存者。而飞行员一旦落水，在没有营救的情况下，跟死亡没什么区别。战场搜救的缺失，也是影响日本海军航空兵作战能力的另一个重要因素。
太平洋战争期间，由于日本人信奉所谓的武士道，愿为天皇“献身”，因此在搜救方面，日本没有多少作为。
1942年5月，日本占据的地盘，西起缅甸，东至中途岛附近，北到库页岛和阿留申群岛部分岛屿，南至东印度群岛。其间，既有广阔的陆地和海洋，也有数量众多的岛屿。这样就给补给、训练、驻防、各部队间的协同作战、集中用兵等带来问题。日军航空兵绝对数量尽管庞大，但因战线太长，在每个战场上数量相对不足，极易被盟军各个击破。随着飞行员的大量伤亡，这个问题更加突出。
为了保住日军侵占的地盘，以防盟军袭击本土，外围的保卫战很频繁。这需要大量的海军飞行员来驾驶飞机，毕竟日军将海军航空兵部署在太平洋各个战场，陆军航空队主要在日本列岛和中国境内部署。日本陆军和海军之间有着难以协调的矛盾，兵力又分布各地，彼此不能相顾。经过1942～1943年在所罗门群岛及其附近海域的拉锯战，日军消耗巨大。1943年之后，美国陆军航空队加强了在西南太平洋各个岛屿的部署力度，日本的空中力量更显单薄。本来，日本的航母部队可以机动作战，在太平洋西部按照需要来出击，弥补陆基飞机的不足。但是美军不拘泥于传统战法，采取“蛙跳战术”，实施跳岛作战，使日本原本就分散的力量，无法相顾，防不胜防。盟军借助占有绝对优势的航母及空中力量，从容实施两栖登陆，直到把重兵投送到日本列岛海域。
1944年之后，美国对日本的战略轰炸极大削弱了日本的战争潜力，日本物资更加紧缺。全国各地处于盟军的打击之下。在此情况下，即使其飞行员素质再好，也无法抵御盟军摧枯拉朽的强大攻击，战败是迟早的事。