1952年，代表马来人的马来民族统一机构（巫统）与代表华人的马来亚华人公会（马华公会）和代表印度人的马来亚印度国民大会党组成联盟并在大部分的地方选举中胜出，最后在1955年的马来亚联合邦立法议会首次选举中赢得绝大部分的议席，并在首席部长东古·阿卜杜勒·拉赫曼的领导下开始向英殖政府争取独立。于1957年8月31日在英国殖民地政府的赞同下，马来亚联合邦宣布独立，同年，以君主立宪联邦成立一个新的国家。故此，东古·阿卜杜勒·拉赫曼就成为马来西亚（当时称为马来亚）的国父，同年担任第一任总理。
由于当年婆罗洲内陆出现反殖民主义的声势，同时印尼垂涎沙巴和砂拉越的土地，欲扩张势力，英殖政府唯恐未能镇压局势，故此，建议当时已立国的马来亚，容许沙巴和砂拉越加入马来亚，扩张疆界，誓行保护当地人民和土地。然而，印尼总统苏加诺提出反对，而且砂拉越人民联合党发动了多次抗争行动。英殖政府军队经过多番内部抗争，最终达成协议。
1959年6月10日，英属的新加坡被英国授予自治地位；1963年7月22日，英属砂拉越被授予自治，同年8月31日，英属北婆罗洲被授予自治，1963年9月16日马来亚、新加坡、北婆罗洲（沙巴）和砂拉越共同参组马来西亚联邦。马来西亚是一个由马来族、华族、印度族及原住民族等多元民族共同建立的国家。在历史上，马来西亚拥有两个重要的庆典，第一个是国家独立日，另一个是马来西亚日。国家独立日（马来语：Hari Merdeka；英语：Independence Day）是纪念马来亚独立（不包括北婆罗洲、砂拉越、新加坡），而马来西亚日（马来语：Hari Malaysia；英语：Malaysia Day）是纪念马来亚与沙巴、砂拉越、新加坡组成一个新的国家。
1965年，马来西亚国会全数通过，将新加坡驱逐出马来西亚，新加坡被迫独立。马来西亚克服了这个危机，也克服了印度尼西亚－马来西亚冲突的危机，但其内部的矛盾导致了执政联盟在1969年大选中受到重挫，随后爆发五一三事件的种族冲突。马来西亚进入紧急状态，政治生活和国民自由受到限制。从1970年开始，以巫统为首的执政联盟在第二任总理阿卜杜勒·拉扎克领导下，为组织稳定政府，拉拢在大选中新崛起的反对党如民政党、霹雳进步党、泛马回教党等加入联盟，改组成国民阵线（国阵），并在此后的44年内长期执政，使马来西亚几乎达到一党制的地步。
马来西亚成立之初，即经历了马印冲突、1965年8月9日新加坡脱离大马、1969年的五一三事件及1969年居銮水灾。1969年5月13日，首都吉隆坡发生严重的种族冲突，政府颁布紧急状态。事发后，阿卜杜勒·拉扎克政府开始推行颇受争议的新经济政策，目标是想通过配额制，提高土著的经济权益比例。此后，马来西亚维持一套精心规划的族群政治平衡，政府体系试图将整体的经济发展，与政治经济政策相结合，以提倡所有民族的参与。
主条目：马哈蒂尔·穆罕默德的第一任期（1981年至1982年）、马哈蒂尔·穆罕默德的第二任期（1982年至1986年）、马哈蒂尔·穆罕默德的第四任期（1990年至1995年）和马哈蒂尔·穆罕默德的第六任期（1999年至2003年）
1981年至2003年马哈蒂尔·穆罕默德担任总理期间，马来西亚经历了快速的经济成长[63]。由原先以农业为基础的经济，转变为以制造业与工业为主的经济，特别在电脑与消费性电器产品。在这段期间，马来西亚的地理景观也因着多项大型计划而改变,其中包括国家石油公司的双峰塔（曾经是世界最高建筑物，目前仍是全球最高的双子星大楼）、吉隆坡国际机场、南北大道（全国最长也是全东南亚最长的收费高速公路）、雪邦国际赛道、多媒体超级走廊、砂拉越巴贡水坝以及新的联邦行政首都布城直辖区。
1998年，亚洲金融危机使马来西亚的经济和政局严重受挫。马哈蒂尔在痛斥外汇投机客的同时，拒绝副总理安瓦尔以及国际货币基金组织的“药方”，对货币进行管制。经济专家当时认为，外资将因此却步，马来西亚将会步入经济衰退期。然而，马哈蒂尔独树一帜的政策很快就见效，领导马来西亚走出金融危机的阴影，经济复苏步伐是当时受金融危机打击国家中最快的。1999年，经济增长率就接近危机前的水平，经济重新步入了稳步成长的轨道。因为努力推动国家经济发展，马哈蒂尔被尊称为现代化之父（Bapa Pemodenan）。
2004年大选，国阵获得全民支持，历史性地赢得90%国会议席，继续执政。2008年大选，国阵政府面对反对党的强烈抗衡，首次失去1969年以来国会三分之二的多数议席。3大反对党即人民公正党、民主行动党和伊斯兰党结盟，称为人民联盟。2013年大选，国阵政府失去国会三分之二的多数议席之余，更失去了另外的7个国会议席。州议席方面国阵政府依旧稳如泰山，顺利地赢得了13个州属中的10个，其中一个州属是反对党之前所执政的吉打州。 此外，2015年之前由伊斯兰党、人民公正党和民主行动党所成立的的人民联盟（民联），由于伊斯兰刑法争议，成员三党之一的伊斯兰党于2015年6月15日决定与民主行动党断交。6月16日，民主行动党秘书长林冠英宣布民联不复存在。同年6月17日公正党承认民联瓦解。
纳吉布任内设立了一个马来西亚发展有限公司（1MDB），其设立目的为建立全球伙伴关系和促进外商直接投资，是国家的战略举措。然而，1MDB却在2015年被爆出负债110亿美元，前总理马哈蒂尔·穆罕默德表示，1MDB借贷太多，而且缺乏透明度。随后，美国《华尔街日报》报导称有7亿美元（折合马币约26亿林吉特）从此公司转入纳吉布·阿卜杜勒·拉扎克的私人户口，引发马来西亚国民哗然。1MDB贪腐案也涉及许多国家。马哈蒂尔和时任副总理穆希丁的阵营公开批评，导致马哈蒂尔失去在国家机关和公司担任的职务，穆希丁也丢失副总理职位。
对此，纳吉布与1MDB皆予以否认，纳吉布更声称此事件为政治迫害。2016年1月26日，总检察长穆罕默德阿班迪表示，上述争议款项是沙特阿拉伯王室2013年作为私人捐款送给纳吉布的，而纳吉布亦已将其中6.2亿美元退还王室。他说，纳吉布没有违反任何法律，也不会受到任何制裁，此案到此为止。批评人士指出，一个由纳吉布新任命的总检察长，如今宣告纳吉布没有犯罪，虽然再次使纳吉布政权恢复了合法性，但是笼罩在纳吉布政权头顶上的“不信任阴云”丝毫没有消散。2020年7月28日，吉隆坡高等法庭宣判，纳吉布涉及一马弊案的SRC洗钱案的7项指控全部成立，判处监禁12年和罚款2亿1000万林吉特，若无法缴付罚款则加监5年。
2015年9月22日，在野联盟希望联盟成立，由人民公正党、民主行动党以及从伊斯兰党分裂出来的国家诚信党组成。2017年3月14日，马哈蒂尔·穆罕默德领导的土著团结党加入希望联盟。2018年大选，前总理马哈蒂尔率领的希盟夺下国会（即下议院）的121席位，超过总席位的半数，成功执政，该联盟推举的总理候选人马哈蒂尔成为马来西亚第7任总理，并终结纳吉布领导的国阵61年来的长期执政，完成首次政党轮替。93岁的马哈蒂尔也因此成为当时全球最高龄的国家领导人。
2020年2月末，希望联盟政府倒台，引发政治危机。希望联盟成员土著团结党分裂，以主席穆希丁为首的大多数成员称土团党退出希盟，与之前的执政联盟国阵及未曾执政的伊斯兰党组成国民联盟，并在3月1日正式组成新政府，由穆希丁出任总理。然而穆希丁得以在此次政治危机中任相充满争议，而前任总理马哈蒂尔·穆罕默德则形容穆希丁的做法等同背叛。
2021年8月，马来西亚国家元首苏丹阿卜杜拉宣布接受穆希丁呈辞及内阁总辞，并在该月委任巫统副主席伊斯迈尔沙必里成为马来西亚第9任总理。伊斯迈尔沙必里来自巫统但获得国民联盟支持，上任后便推行“大马一家”（Keluarga Malaysia）口号，其所属联盟国阵也在马六甲和砂拉越州选中取得2/3的席位，在2022年马来西亚大选后国阵大败，希盟和国盟在下议院发生大马首次选峙政局，而政治危机在安瓦尔被委任为第10任总理下才终结。
2021年12月14日，第12届砂拉越州选举投票日前四天，国会下议院一致通过《1963年马来西亚协议》（MA63）修宪案，让沙巴和砂拉越与西马半岛享有平等地位。
外交关系
马来西亚的外交政策是依据中立原则，并与各种政治体制的国家维持和平关系。马来西亚寻求进一步发展与区域各国的关系，马来西亚政策的强力信条就是国家主权，以及该国控制内政的权利。
马来西亚对世界各国都保持一定的外交关系，与各国都相处融洽，除了以色列。而马来西亚的护照中也有清楚的指示，马来西亚国民不准擅自入境以色列，除非事先取得特殊许可。
马来西亚是东南亚国家联盟（ASEAN）与伊斯兰的创始国。并参与许多国际组织，例如联合国、亚洲太平洋经济合作会议、发展中八国组织以及不结盟运动（NAM）等。马来西亚2曾担任东盟、伊斯兰会议组织与不结盟运动的主席，也曾担任联合国安理会的非常任理事国。由于马来西亚过去曾是英国殖民地，因此马来西亚也是英联邦的成员国之一。