关东军659部队
本部设于哈尔滨平房区，对外称关东军队防疫给水部，其本部称为731部队731部队是旧日本军（关东军）防疫给水本部的别名。该单位由石井四郎所领导，因此也称之为「石井部队」。731部队也是在抗日战争(1937-1945)和第二次世界大战期间，侵华日军从事生物战细菌战研究和人体试验相关研究的秘密军事医疗部队的代称。731部队伪装成一个水净化部队。731部队把基地建在中国东北哈尔滨附近的平房区，这一区域当时是傀儡政权满洲国的一部分。一些研究者认为超过10，000名中国人，朝鲜人，以及联军战俘在731部队的试验中被害， 但是对于数量的多少还存在争议。731部队行径只是大日本帝国陆军在占领满洲期间（从1931年到第二次世界大战结束的1945年）犯下的许多战争罪行之一，在这期间，1500万中国人，朝鲜人，菲律宾人，印度尼西亚人，缅甸人的平民，太平洋岛上居民和联军俘虏被杀害。
关东军100部队
本部设于长春的,对外称关东军兽疫预防部,下设2630部队等。负责人高桥隆笃兽医中将和松有次郎兽医少将一九三一年，第一00部队的前身关东军临时病马收容所在沈阳成立。一九三三年，病马收容所迁到长春。一九三六年，关东军在长春市郊区十公里外的孟家屯正式建立了"第一00部队"，对外称"关东军军马防疫给水部"。尽管有这个堂而皇之的名称，第一00部队实际上研究的是针对动物、植物和人畜并用的细菌武器。鼻疽菌、炭疽热菌、牛瘟菌、斑驳病被确定为主要的进攻武器。在第一00部队服役过的上士试验员三友一男二战后在苏联伯力接受审问时供认，在他的操作下，每年可生产一千公斤炭疽菌，或生产鼻疽菌五百公斤。材料披露，第一00部队用牲畜做实验时，常有意给牲畜传染上病菌，再赶到附近的村庄和牧场，实验病菌的效能。附近老百姓家里的牲畜常常会得上传染病死去。第一00部队还多次深入前沿阵地，进行细菌攻击武器实验。最鲜为人知的是，罪恶的第一00部队也灭绝人性地用活人做细菌实验。一个叫庄歧的农民曾在地下室里看见过三个"炼人"用的火化炉，上面有厚厚的骨灰。一九四九年春天，附近农民到"牲畜掩埋厂"挖马骨头卖钱，结果挖出大量人的骨头。三友一男也供述说，一九四三年，他曾在七名"实验材料"上做毒物实验，其中一人喝下含有一分克海洛因的稀粥后十五分钟死亡。大量事实证明，第一00部队用活人做过细菌实验。然而，究竟有多少无辜的中国人被残暴杀害，至今未可知。学者说，焚尸炉里的骨灰和地里挖出的人骨头表明，被残害的中国人是大量的。我们随后来到长春生物制品研究所，它的一栋职工宿舍楼是伪满时期卫生技术所的遗迹。这是一栋二层日式风格的楼房，我们在这听到另一种关于活人实验的说法。看楼的大爷一九六三年就到了这里，他向我们讲解，过去的老住户说，镶有瓷砖的房间都是"做手术"用的，在这里做过"手术"的中国人没有活着出去的。做尽坏事的细菌部队在终结之前还不忘给中国留下最后的罪恶。七三一部队走时留下了鼠疫，第一00部队则播下了霍乱。直到一九四六年八月中旬，霍乱才逐渐平息。但侵华日军遗留的生化武器迄今仍不时被发现，并荼毒中国人民。
北支甲1855部队
1937年"七-七"事变之后，日军就迅速占领了天坛西门的原国民党中央防疫处，表明当时日军对这里预谋已久。这里原有的生物制品设备和设施能够用来进行细菌研究。1939年10月，西村英二走马上任，"北平甲第1855部队"正式命名，成为日军在北平、南京、广州和新加坡组建的四支新的细菌部队之一。同一时间，石井四郎的细菌部队迁到哈尔滨平房镇，改称731部队。731部队的细菌战剂运输困难，无法满足日军大规模细菌作战的需要，1855部队正是在这个背景下成立的。太平洋战争爆发的第二天，1855部队的第一分遣队强占了协和医学院，第二分遣队强占了静生生物与社会调查所，后分别改称第一科和第三科，这两处也成为侵华日军进行细菌武器研制、人体实验与解剖的场所。1939年，西村英二继任。下设三个课： 第1课设于协和医学院，从事细菌（生物）战剂的研究 第2课设于天坛公园西门南侧,从事细菌生产。第3课设于北海旁北京图书馆西原北平静生生物调查所和北平社会调查所，为细菌武器研究所此外，在济南、天津、太原、青岛、郑州、开封、郾城派驻支队等。
荣字1644部队
本部设于南京中山东路原南京陆军中央医院，对外称华东派遣军防疫给水部/中支那防疫给水部，又称“多摩部队”。部队长为桔田武夫中佐，副部队长兼研究课长为小林贤二少佐。下设7个课。荣字1644部队在上海、南京、岳阳、荆门、宜昌等地派驻12个支队。可以说，要是没有“荣字第1644部队’的支持，侵华日军在华的三次细菌作战是很难完成的。细菌研制：活体实验，惨绝人寰，许多无辜中国人遇害培养霍乱、伤寒、鼠疫等致命细菌是“荣字第1644部队”的显著特点。731部队主要生产化学毒气，而1644部队则侧重霍乱、鼠疫等细菌生物试验，研究、生产大量鼠疫跳蚤是他们的特长，可以大规模培养致命细菌。当年，1644部队除在动物身上做实验外，还进行了惨无人道的活人试验。活体的来源主要是战俘，当时大多数是从老虎桥监狱获得。战俘们一般是在深夜里被偷偷运来，向他们体内注射各种细菌，然后取出其体内的血液，最后将其杀害。在“荣字第1644部队”总部副楼的四层是关押受试者的地方，通常关押20到30人，人多时超过100人。受试者多是中国人，其中还有许多无辜的妇女儿童，少数其他国籍的人也被关押在这里。受试者完全被当成动物，日军则称他们为“材木”，即是细菌与毒素的实验材料。他们一旦被关进这里，就不可能活着出去。他们在试验中被折磨死去后，尸体还要被日军试验人员作解剖研究。
波字8604部队
驻扎在广州的8604部队，是恶名昭彰的731部队四个分支机构之一。8604部队虽对外宣称是"华南防疫给水部"，私底下主要进行的其实是细菌及鼠疫实验。1938年，侵华日军第四支细菌部队波字8604部队在广州市海珠区南石头兴隆大街一座两层结构的黄色楼房里组建了细菌试验所，对外称"华南防疫给水部"，数以千计粤港难民惨遭秘密杀害。日寇的惨无人道的细菌试验，在数年间悄就无声息地杀害了粤港十余万人，因此也被称为东方奥斯威辛。