1941年1月底，马来西亚的文律沦陷，日军先是喊出“只为赶走洋人”、“与华人同宗同文”等口号骗取信任，再又借口和当地华人商议“安抚”事宜，将华人首领们诱骗出文律然后全部囚禁枪杀，之后日军冲进文律杀、烧、抢、掠、奸、淫无恶不作。
当时曾经参与援助中国抗战的南洋华人华侨大部分都惨遭日本人迫害
在吉隆坡日军进行了大肃清行动，只要是满足以下条件任意一条就会被日本士兵枪决，1 曾参加南洋华侨赈济会、2 曾向华侨赈济会捐款、3 身上有纹身的男人、4 1937年中日战争爆发之后来到马来亚的中国人、曾参加抗日义勇军，当时被杀的华人男性有十之七八。可以说，当时的爱国华侨华人基本受到了残酷的迫害和杀戮。
英国人放弃马来半岛之后，日本人迅速占领全岛，在这之后日本人对马来亚的人民分而治之，针对原有的土著居民，日本施以安抚。向他们灌输英国人是侵略者，而日本只是为了建立大东亚共荣圈的概念。
针对马来亚的华人，日军则要多残忍有多残忍，他们将很多年轻漂亮的华人女性抓到了慰安所里，沦为他们玩弄的工具，日军又借口华人支持中国抗战，把很多反日华人青壮年聚集起来用机枪扫射，在马来亚几乎每一家华人家庭都遭到了日军的抢劫。
李光耀19岁时曾被日军逼下跪 险死于屠杀
1942年，新加坡（当时属于马来亚）落入日本人手中，那一年，李光耀19岁。一天，他在街上迎面碰到一名日本士兵。他当时根本不知道，日本控制新加坡后，要求所有当地人碰见日本兵都必须弯腰九十度鞠躬。李光耀若无其事地走过。日本人弯弯手指，把他叫回，逼他跪下，李光耀被迫下跪。日本人随后用军靴踹向李光耀。李光耀后来便被日本人盯上。
同年2月，日本人对关押的新加坡华人年轻人实施大屠杀，把他们带到海边，让他们自掘坟墓，然后从后背射杀他们。李光耀是其中一个。但他在即将被装上卡车前一刻，编出个理由回到营房，此后遇到日本兵换防，就此把李光耀给忘记了。就这样，他幸运地躲过了屠杀。
那段经历，让李光耀刻骨铭心。在李光耀后来的自述中，他说，那一脚不仅是他人生的转折点，也成为国家关键的转折点，因为那一刻，他和他的同胞开始思考，为什么要承受这样的命运。
日本人的狡猾之处就是拉一个打一个，他们用最残暴的手段对待马来华人，却安抚其他种族的人，让他们感觉在日本人手下比在英国人手下生活的要好，训诫他们比华人高一等，这也为日后马来西亚排华埋下了种子。
日军残忍迫害南洋华侨和华人
男人们都被枪杀，女人们则被日军充当慰安妇，在吉隆坡有一家日本司令部设立的“泰顺旅馆”，里面就是专门用来激励日本士兵的“佳郎·庇”，“庇”就是妓女、娼妇，“佳郎”则是走动、流动的意思，用来特指随着日军流动的慰安妇。
日军的暴行不仅在吉隆坡上演，整个马来群岛的华人都陷入日军的魔爪之中，瓜拉比拉、马六甲、槟城等地都有计划的肃清当地华人，也建立了一个又一个的随军俱乐部，甚至日本士兵把一整排房屋都打通作为他们的性战场。
日军挨家挨户搜查，女人们都集中到马来亚学校，一队队的日军进入学校施暴，最后在学校后边挖了大坑活埋了这些女人。男人们则都带到了文律河，五人一组成串然后一颗子弹穿过五人的胸膛，整个文律河被鲜血染红。
1945年，日本军国主义终于投降，可他们留下的影响到今天还没消退。马来西亚也一直和日本眉来眼去的，全然忘记了自己被侵略的历史。2019年，马来西亚吉打州还允许日本修建一座“慰灵碑”来告慰二战死在马来的军人，实在是耻辱。