作为世界警察(多半是自称)的美国海军，目前主要由九大核心部门组成，分别是：中央指挥部、大西洋舰队、太平洋舰队、欧洲舰队、网络战争指挥部、特种作战部、补给司令部、研考部以及海军预备队。
美国海军的主要作战舰队则分别有第二舰队、第三舰队、第四舰队、第五舰队、第六舰队以及第七舰队；除此以外还有一支第十舰队，但其战争职能是海军网络司令部。其中第二和第六舰队隶属于大西洋司令部、第三和第七舰队隶属于太平洋司令部、第五舰队隶属于中央司令部、第四舰队则属于南方司令部。
美国海军第一舰队于20世纪70年代初被裁撤并编入第三舰队。
美国海军第二舰队是美国海军的主力舰队，于2011年撤编，撤编前曾执行过1962年对古巴海上封锁和1989年入侵巴拿马任务。
2018年5月，美国海军重启这一舰队，主要目的是遏制俄罗斯海上力量扩张。舰队行动范围将在美国东海岸与大西洋北部海域。8月24日，恢复第二舰队建制的仪式在冷战时期美国海军的指挥部——诺福克军港举行。
2019年12月31日，美国海军宣布用于对抗俄罗斯的新舰队已经投入全面运行。
美国海军第三舰队是六个被编号的海军舰队之一. 辖区在美国西部和北太平洋约五千万平方英里的区域内（包括 白令海, 阿拉斯加 阿留申群岛 以及北极的部分海域）。 这一区域是主要的石油运输和海上贸易交通线的所在，对美国及其在环太平洋地区的盟国的经济健康至关重要。第三舰队总部设在圣地亚哥的洛玛角海军基地，现任司令为肯尼思·弗洛伊德（Kenneth E. Floyd）中将。
美国海军第四舰队（U. S. 4th Fleet）是美国海军现在下辖舰队之一。1943年3月时成立，第二次世界大战时主要在南大西洋执行封锁和防卫敌军潜艇的任务。1950年解散，所辖舰只并入第二舰队
2008年7月1日再次成立，隶属于美国南方司令部。重新组建的第四舰队以佛罗里达州杰克逊维尔梅波特港为基地。
美国第五舰队是美国在波斯湾、红海、阿拉伯海、东非沿岸，南至肯尼亚区域的海军力量。它与美国海军中央司令部（U.S. NAVCENT）隶属同一司令官管辖。现任舰队司令官是威廉‧格特尼。
美国第六舰队（United States Sixth Fleet），是美国海军六大舰队之一。辖区范围是环绕欧洲和非洲的北冰洋、大西洋、印度洋一带，司令部设置在意大利那不勒斯。现设置在意大利那不勒斯。现任舰队司令官是弗兰克·克雷格·潘多夫。第六舰队旗舰和少数支援舰船的母港设在地中海地区，其余舰只均以美国东海岸为母港。
美国海军第七舰队（英语：United States Navy Seventh Fleet）是美国海军旗下的远洋舰队之一，隶属于美国印度太平洋司令部属下的太平洋舰队，成立于1943年3月15日，1949年8月19日改名为美国海军第七特遣舰队，1950年2月恢复第七舰队的名称。
第七舰队司令部设在日本的横须贺港，驻地包括日本佐世保基地、冲绳和韩国釜山、浦项、镇海基地及新加坡等地，亦经常停泊香港补给，是目前美国最大的海外前线投送部队，用于威吓敌国和盟国合作，保护海上通道、协防美国盟国以及在恐吓失效时动用武力，也经常充当美国对外进行军事行动时的机动舰队。
2017年8月23日，俄媒称，由于美国军舰在亚洲地区与其他船只几次相撞，美国海军第七舰队司令、三星将军约瑟夫·奥库安将被解职。