华南海鲜市场已被关闭。
封面新闻记者 梁波
新冠肺炎疫情爆发已两个多月，关于病毒来源的追溯，科学家们一直没有停歇。
2月20日，中国科学院西双版纳热带植物园通过官网发布研究成果信息称，武汉华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入的 ，推论此市场不是病毒发源地。而人际传播在可能2019年12月，甚至11月下旬便开始了。
93个样本
截止2月12日，中国科学院西双版纳热带植物园联合华南农业大学和北京脑科中心的科研人员一起，收集了全世界各领域共享到GISAID EpiFluTM数据库中覆盖了四大洲12个国家的93个新型冠状病毒样本的基因组数据，通过全基因组数据解析，追溯传染源及扩散路径。
华南市场不是毒源地
基于120个变异位点得到58种单倍型（基因类型），单倍型演化关系显示，单倍型H13和H38是比较“古老的”单倍型，通过一个中间载体（mv1，可能是一个祖先单倍型，可能是来自中间宿主或者“零号病人”）与蝙蝠冠状病毒RaTG13关联，并通过单倍型H3衍生出了单倍型H1。与华南海鲜市场有关联的患者样品单倍型都是H1及其衍生的单倍型，而一份武汉样品单倍型H3与华南海鲜市场无关。可见，华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入进来，在市场中发生快速传播蔓延到市场之外。另外，根据病患发病时间记录和种群扩张时间推断，也印证了华南海鲜市场不是病毒发源地的推论。
曾发生2次种群扩张
根据新型冠状病毒基因组数据推算，2020年1月之前的种群扩张发生时间是2019年12月8日，该结果暗示病毒可能在12月初，甚至11月下旬即已开始有人际传播，随后在华南海鲜市场加快了人际传播。研究推算2月份之前的种群扩张时间在1月6日，这个可能与元旦假期有关联。
1月6日当天，国家疾控中心发布2级应急响应。当时预警起到了一些警示作用，公众活动和出行都有所减少。如当时警示能引起大众更广泛的重视，那么1月份中下旬向全国和全球蔓延的病例会有所降低。研究人员进一步确认我国其他9个省区和其他11个国家的感染病例基本都是从武汉直接或者间接输入而来。
现扩散病例有3个途径
为能够细分来源，研究人员将58种单倍型分成了五组，采用标准是3个古老超级传播者单倍型和2个新的超级传播者单倍型。以此鉴别出广东病毒可能有三个来源，重庆和台湾的病毒有两个来源。
其中，广东深圳一家人在早期就通过人传人进行了传播。有较多样本的澳大利亚、法国、日本和美国，他们的患者感染源至少有两个，尤其是美国包括了五个来源。非常值得关注的是H56这个超级传播者单倍型，它同时是澳大利亚、法国和美国，以及我国台湾患者的传染源。其他国家患者因为样品比较少，大多数的来源比较单一，他们除是武汉旅游输入或在武汉感染外，有一些人可能是在广东、新加坡等地被感染。
基因组尚未发生重组
研究人员发现，新型冠状病毒基因组没有发生重组事件。这些氨基酸类型以及理化性质改变是否会影响新型冠状病毒的活性暂不清楚，需要其他蛋白组学和结构生物学方面的专业人士进行验证。
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