自古以来，来往中、印之间及其他更遥远国度的商船穿航马六甲海峡，使马来半岛成为东南亚主要的贸易中心。在托勒密的地图上，马来半岛被称为黄金半岛（拉丁文：Golden Chersonese），马六甲海峡则称为象牙海湾（拉丁文：Sinus Sabaricus）。历史上最古老的马来王国在公元10世纪时自沿海港城开始发展，包括吉打州的狼牙脩（Langkasuka）、布秧谷（Lembah Bujang）、霹雳州的木歪（Beruas）、刚迦王国（Gangga Negara）及吉兰丹州的盘盘。中国宋元时代称这里为佛罗安国、单马令国。
伊斯兰教在14世纪传至登加楼州。15世纪初，拜里米苏拉创立马六甲王朝（满剌加）但马六甲王朝的繁荣却招致葡萄牙在1511年的入侵。随后荷兰与英国也相继以马六甲为殖民中心，并逐渐控制马六甲海峡。
法兰西斯·莱特在1786年开拓并发展槟城为军事及商业中心。但很快的槟城的重要性就被斯坦福·莱佛士爵士在1819年开拓的新加坡所取代。1824年，英国在《英荷条约》签订后，从荷兰手中获得马六甲。1826年，英国设立了隶属加尔各答的不列颠东印度公司的海峡殖民地，并渐于马来半岛扩展影响力。初期的海峡殖民地包括槟城、新加坡及马六甲。1867年，设于伦敦的殖民厅接管海峡殖民地。
当时，许多马来州属的统治者为了解决州内的纷争而向英国殖民者求助。在殖民厅接管海峡殖民地的十年内，一些马来半岛西海岸的马来州属也相继纳入英殖民者掌管范围。海峡殖民地的商人都希望英国政府介入马来半岛产锡州属的内政。另外华侨党派的纷争及内战，使英政府采取了有利于商人的炮舰外交。1874年的邦咯条约最终促成英殖民者的权力扩张。在20世纪之前，由彭亨、雪兰莪、霹雳及森美兰州所组成的马来联邦（非马来亚联合邦）为英籍总督们所管辖。这些总督听令于驻在新加坡的最高专员兼海峡殖民地总督；最高专员则直接向伦敦的殖民厅报告。
其他的马来半岛的州属被称为马来属邦。虽然他们不直接从属英殖民者，但州内皆驻有英国参政司。四个北部州属：玻璃市、吉打、吉兰丹及登加楼曾经被泰国统治。英属北婆罗洲（现为沙巴州）曾被苏禄王朝统治，英籍的布洛克家族则管辖拥有大片森林的砂拉越州。
第二次世界大战时日本的统治，促使越来越多人支持马来亚的独立。战后英国政府于1946年将马来属邦重组为马来亚联盟(Malayan Union)，但因普遍受到反对，而于1948年重组为马来亚联合邦。使马来族群更向往一个更有利于他们的制度，期间开始排拒新加坡留在新国体的要求，同时决定不实施双重国籍制度，认为这将使许多移民族群同时持有马来亚及祖国的国籍。马来亚联合邦最终在1957年8月31日独立。这个新的国家并不包括新加坡。
马来西亚在1963年9月16日成立，由新加坡、北婆罗洲（改称沙巴）及砂拉越（后两者处在婆罗洲上）与马来亚联合邦共同参组。文莱苏丹虽然曾表示有意加入，但最后因为石油利益纠纷而放弃。马来西亚在独立初期所面对的危机包括印度尼西亚总统苏卡诺欲占有马来西亚的意图、新加坡在1965年8月9日的退出及1969年5月13日发生种族暴力血腥冲突，史称五一三事件。菲律宾也曾在这时期声称拥有沙巴州的主权，因汶莱苏丹在1704年把其东北的领地让给苏禄苏丹；这个问题尚未完全解决。
1969年之后的数任首相不平等的给予马来人种种特权在经济领域和政治领域和受教育权的马来西亚新经济政策，遭国内各族群的反对，但反对无济于事。至此以后，马来人享有经济政治教育上的特权、有利于马来民族（称bumiputra “土著”）及中庸伊斯兰教的经济及政治制度。