19世纪末到20世纪初，作为中国近代高等教育先声的重要组成部分的教会大学相继建立，这些大学很多可以算是当时的世界级大学，不过在中国院校大调整中这些教会大学被分拆合并集体消失了。
1、圣约翰大学
圣约翰大学创建于1879年，原名是圣约翰学院，是由美国圣公会上海主教施约瑟(S. J. Sekoresehewsky)将原来的两所圣公会学校培雅书院和度恩书院合并而成，是在华办学时间最长的一所教会学校，校训初为“光与真理”，后加上孔子名言“学而不思则罔，思而不学则殆”。
圣约翰大学是当时上海乃至中国最优秀的大学之一，也是在华办学时间最长的一所教会学校也是中国的第一所现代式教会大学。美国包括哈佛耶鲁等，多所名牌大学皆承认约大学生的学历，并给予直升其研究生的优待。
最初，为了吸引学生和扩大影响，该校免收学杂费，而且免费提供住宿和其它生活用品。初期设立了西学，国学和神学三门课程，而医学则由上海同仁医院院长文恒理创办，医学改制为七年并授予博士学位，开启了沪上现代医学教育的先河。
圣约翰自建校初的偏文学，到中期形成文理医神四科，到后期组建了文理工医神农的综合式教会大学。在1920年创建了亚洲乃至新中国的第一个新闻专业，后来新闻专业调整进了复旦大学，而今天复旦大学也是中国新闻传播媒体行业的龙头，北有人大，南有复旦。
在圣约翰大学培养的人才中，有后来获得的建筑行业的诺贝尔奖，普利策奖的贝聿铭；有林语堂，文学家，前联合国教科文组织文学主任，新加坡南洋大学创始人；宋子文，宋子良二兄弟也就读于此；中国现代著名女作家，张爱玲；容永道，普华永道会计师事务所创始人，香港基本法起草委员会委员；潘序伦，中国现代会计之父，上海立信会计学院创始人。
华东师大欢迎前来报道的圣约翰大学师生
圣约翰大学被分拆的情况如下：
1949年和1952年，新闻系和外文系、中文系（部分）、历史系并入复旦大学。
1952年，土木工程系、建筑工程系并入同济大学；
1952年华东师大欢迎院系调整后前来报到的圣约翰大学等校师生
机械工程系并入交通大学（今上海交通大学、西安交通大学）；
经济系并入上海财政经济学院（今上海财经大学）；
政治系并入华东政法学院（今华东政法大学）；
理学院（数学系、物理系、化学系、生物系）、中文系（部分）、教育系并入华东师范大学；
医学院参与组建上海第二医学院，后更名为上海第二医科大学（今上海交通大学医学院）；
取消神学院，学生转入南京的金陵协和神学院；
圣约翰大学附中与大同大学附中二院合并为上海市五四中学。
2、光华大学
私立上海光华大学创建于1925年6月，由数百名脱离美国教会学校上海圣约翰大学的爱国师生组建而成。学校校长长期由张寿镛担任，1945年7月张寿镛逝世后，先后由朱经农、廖世承担任。担任副校长的先后有：朱经农、张歆海、廖世承，颜任光，容启兆、朱公谨、谢霖。
上海光华大学于1952年与其他高校合并成立华东师范大学。今天的华师大主体就是圣约翰，光华，大夏三所沪上名校。
3、沪江大学
沪江大学(University of Shanghai)是20世纪上半叶一所位于上海的浸会背景的教会大学。1921年开始招收4名女生入学，实行男女同校，开在华基督教大学男女同校之先河。
1952年全国高等学校进行院系调整，沪江大学各系分别并入复旦大学、华东师范大学等相关院校，校址移归上海机械学院。 (今上海理工大学)
校训：信、义、勤、爱
4、大夏大学
1924年6月，厦门大学三百余位教师和学生由于学潮离校奔赴上海，当时刚卸任的原国民政府交通部长王伯群与前厦门大学教授欧元怀、王毓祥、傅式说等人的共同成立了“大厦大学筹备处”。“大厦”即“厦大”之颠倒，后来取“光大华夏”之意定名大夏大学，聘马君武为校长，王伯群任董事长。成为当时一所综合性私立大学。 大夏其实更像把厦门大学的厦帽子摘了，当然也只是笑谈了。
1951年10月，教育部以大夏大学、光华大学为基础，同时调进复旦大学和同济大学[等院校的部分系科，在大夏大学原址上创办了华东师范大学，成为中国当时的第一所社会主义师范大学。并不是今天赫赫有名气北师大，北师大前身就北大的师范学院。
5、震旦大学
震旦大学(Aurora University)是天主教耶稣会在中国上海创办的大学。1903年建校，地点在上海徐家汇，初名震旦学院，1932年改称震旦大学。
1937年美国圣心会在蒲石路创设震旦女子文理学院(现上海社会科学院)，名义上属震旦大学，实际经济、行政、教学完全独立，教学语言为英语。
1952年l0月震旦大学医学院和圣约翰大学医学院、同德医学院合并组成上海第二医学院，胡文耀任院长。经济系、中文系、化学系和营养组并入复旦大学，法律系并入华东政法学院，电机系并入上海交通大学，土木系并入同济大学，化工系并入华东化工学院，托儿专修科并入南京师范学院，教育系并入华东师范大学。银行、会计、企业管理等夜专修科并入上海财经学院，从此震旦大学撤销。现为重庆南路227号和280号上海第二医科大学校舍。
如今名声赫赫的复旦大学，中国大学的top3，主体的名字来源于这个震旦大学，复旦复旦，重新创立震旦大学嘛，但是学术精华其实并不是来自震旦大学本身，震旦大学当时不算名校其实，所以说院系大调整后，复旦大学吸收了整个华东地区的自然科学和人文社科资源，包括浙大，圣约翰，同济的都在复旦。
6、上海大同大学
当然了我们在今天说到大同大学可能会想到山西大同大学，其实并不是那个，二者不是一个水准。1912年3月19日，大同学院创办，以"研究学术，明体达用"为宗旨。院长胡敦复。是民国时期一所著名的综合性私立大学，尤以“理工“著称，在其四十年的大学历史中，一直是上海乃至全国私立大学中的翘楚，素有“北有南开、南有大同”之说
1952年10月 全国高校院系调整，大同大学商学院并入上海财经学院，理学院并入复旦大学，工学院相关科系分别并入同济大学、交通大学和华东化工学院，文学院(文学系、哲学教育系、史地政治系)并入华东师范大学，取消大同大学建制。
7、中国大学
孙中山先生为培养民主革命人才，于1912年仿日本早稻田大学在北京创办的中国大学，宋教仁、黄兴为第一、二任校长，中山先生自任校董。学校初名国民大学，1917年改名为中国大学，且建校伊始就有附属中学，1952年附中更名为北京市第29中学。
8、燕京大学
燕京大学是20世纪上半叶4个美英基督教差会在北京开办的一所著名的教会大学。建立于1919年，是20世纪初由四所美国及英国基督教教会联合在北京开办的大学，也是近代中国规模最大、质量最好、环境最优美的大学之一。燕大诞生于五四时期，作为那个时代中国高等教育的重要代表，一开始便与学生爱国民主运动结下不解之缘。 存在的33年间，这所大学在教育方法、课程设置、规章制度诸多方面，对中国近代高等教育的发展产生了深刻的影响。没有哪所大学能像燕京大学一样，对中国的政治介入如此之深，以至于研究中国近现代政治史都无法绕开燕京大学。五四运动、西安事变、国共内战、学生运动等多次近现代中国的重大事件，都和燕京大学有关
1952年法学院，社会学系并入北京政法学院(中国政法大学前身)，其余与清华大学文科院系等并入北京大学，燕京大学校址“燕园”成为院系调整后的北京大学校园。未名湖燕园建筑是中华人民共和国重点文物保护单位。
校训：因真理 的自由 以服务 Freedom Through Truth For Service
9、之江大学
之江大学(Hangchow University)是基督教美北长老会和美南长老会在中国杭州联合创办的一所教会大学。也是中国的十三所基督教大学之一。
1952年全国高等学校院系调整，该校文理学院部分系与浙江大学文学院组建浙江师范学院，院址设在原之江大学；文理学院部分系并入复旦大学；财经学院并入华东财经学院；工学院除航空工程系并入中央航空学院以外，全部并入浙江大学，之江大学宣告结束。
今天的之江大学已经成为了浙江大学的之江校区，美景依旧。浙江大学光华法学院独占这个充满历史的老校区，曾经的之江大学在老杭大，今天浙江大学西溪校区继续传承着精神。
10、东吴大学 (苏州)
东吴大学的渊源可以追溯到监理会在苏州和上海开办的几所学校。1871年，美国基督教监理会(监理会于1939年与美以美会合并改名为卫理公会)在苏州十全街设立存养书院，1879年迁至天赐庄，并改名博习书院，后并入上海中西书院。曾经的东吴大学最早建立了完整的本硕博法学教育体系，民间有 南东吴，北朝阳的说法，朝阳的法律系科后并入中国政法大学。
1952年，在教育部和苏南行署教育处领导下，实施院系调整，苏南文化教育学院由无锡迁到苏州，东吴大学文理学院及江南大学数理系被并入此校，改名为苏南师范学院，同年冬定名为江苏师范学院，在原东吴大学校址办学。东吴大学在上海的法学院于院系调整中撤销，法律系师生转入华东政法学院，会计系并往上海财经学院。江苏师范学院1982年6月经国务院批准改办为苏州大学，成为江苏省属第一所综合性大学。经教育部和江苏省政府批准，苏州蚕桑专科学校、苏州丝绸工学院、苏州医学院先后于1995年、1997年、2000年并入苏州大学。
这些消失在历史长河中的大学，有的被拆分的不留痕迹，有的在今天依然闪闪发亮，没错说你呢复旦大学。他们都是中国现代教育历史上浓墨重彩的一笔，有人评述这些教会学校，本质都是美国培养反华的人，这个观点我不否认，因为确实有这样的原因，但是有很多形如卜舫济（圣约翰大学）这样安安心心办教育的，为中国教育事业做出了伟大贡献的人。凡事都有两面性，鸦片战争给清朝，中国带来了将近百年的屈辱和反抗，但是同时如果没有鸦片战争，中国会在世界历史上输得更惨，依旧保持天朝上国思想。教会学校在意图培养偏西方的人才同时，也为中国带来了新的观点，新的理解，对于世界发展得更直观，培养了很多会外语的复合型人才，他们带着中国的希望，可以有机会去外面学习先进的知识，在那个年代这是宝贵的财富。