1.计时引爆摩天楼
新一收到了来自世界知名建筑家——森谷教授于其宅邸举行的晚会的请帖。柯南、小兰和小五郎应邀出席。此即为事件的开端……发生了作为特殊火药的塑胶炸弹大量失窃的案件。之后柯南连接数通向新一挑战的电话，对自称凶手的人告知他已在某地放置会在某时爆炸的炸弹，柯南将危机一一化解后，开始与警方、毛利一起分析到底是何人所为。通过诸多分析，柯南查出了凶手，但被抓一刻，凶手的冷笑令柯南醒悟：米花大楼亦是他不完美的作品，小兰正在那里等新一赴约…
11:17~ 12:26新兰
77:50 ~ 91:25新兰
2.第14个目标
目暮警官、小兰的母亲妃英理、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑。
28:56 ~ 30:33毛妃回忆
70:48 ~ 72:58柯兰人工呼吸
90:21 ~ 92:42新兰名场面
3.世纪末的魔术师
罗曼诺夫王朝的皇室秘宝－回忆彩蛋，将在大阪铃木财团美术馆内展出的同时，怪盗基德寄出“犯案预告信”准备夺取这无价的皇家艺术之宝，于是铃木会长要求小五郎协助警方侦查，以防彩蛋被窃取。柯南一行人来到大阪，遇到服部平次，便一同侦查此案。
90:30 ~ 93:04小兰怀疑柯南身份，里基德帮忙圆谎
4.瞳孔中的暗杀者
专针对警察的连续杀人案件发生了，已经连续两位东京警视厅的现任刑事惨遭杀害，而遇害的两位刑事都手握警察手册气绝身亡。 这意味着什么，是对付警察的恐怖行为、或是过激派的暴行。警视厅正对此凶杀案件有关的人事物及警察组织内部着手进行搜查。 而警视厅的内部秘密却如高墙般难以窥探。毛利小五郎、柯南和众多警察参加白鸟警官妹妹的婚宴，席间突然停电，佐藤警官为了保护小兰而中枪，小兰却因承受不了佐藤警官重伤昏迷的打击，从而患了逆性健忘，失去记忆的兰不断受到犯人的攻击。最后在大家的帮助下，犯人成功抓住。
00:49 ~ 02:43新兰回忆
19:32 ~ 20:05毛妃情话
88:29 ~ 88:53新兰，柯南的告白
5.通往天国的倒计时
柯南一行人在露营的回家途中顺道参观一座位于西多摩市境内即将在近期完成的全日本最高双塔摩天大楼。而这摩天大楼的拥有者同时也邀请了小五郎与小兰前来参加开幕典礼，因而与柯南一行人偶然巧遇。一行人在秘书的带领之下参观了这座两栋几乎一模一样的最尖端高科技双塔摩天大楼。但是，此时在这摩天大楼里却出现了多位与此建筑物有着不同关系的人士，不久之后第一个杀人事件发生了。而且，令人不敢相信的是黑衣组织的成员竟然同时也在大楼附近出现。双塔摩天大楼的开幕典礼仍按照预定进行。为了查出这场发生在总楼层高300公尺的高科技摩天大楼的杀人事件真相，柯南将与黑衣组织，展开一场恐怖的攻防战。
70:14~72:54柯兰名场面
90:52 ~ 93:15少年侦探团名场面
6.贝克街的亡灵
东京·米花市·米花市政大楼。这里正在举行，能够一举改变全世界游戏业界价值观的模拟游戏“茧”的发表会。结合了最先进技术的“茧”，其游戏方式是先进入一部外型酷似蚕茧的大型胶囊，透过电脑的操作让游戏者沉睡于历史上曾经发生过事件的时代，并进行挑战的虚拟体验游戏。
柯南、小兰、灰原以及少年侦探队的成员们也接获邀请，与政界、财经界以及演艺界等代表人物的小孩一起乘上了“茧”。另一方面，‘茧’的研发者兼负责人—坚村，竟然在发表会会场遭到杀害。而在这起杀人事件发生的同时，一个自称‘诺亚方舟’的人工智慧闯入‘茧’的电脑系统，并切断身处虚拟世界的50名孩童所有能与外界连结的管道，对现实世界中所有的招待者宣布：“在这场解决历史事件的游戏中，只要有一个人能够存活到最后就算你们赢。不过如果没有人能够存活到最后，参加游戏的所有人就会葬命于此。”开始了一场失控的游戏。
91:04~ 92:48新兰回忆，兰跳崖
7.迷宫的十字路口
在东京、大阪和京都三地发生了杀人事件，死者每人手中的《义经记》都被凶手夺走，这到底为了什么？接着，柯南等人由于一尊佛像被偷而受邀前往京都解谜，并在那碰到了同目的另外也寻找初恋情人的平次。 在稠密的京都十字路口，隐藏于历史阴影的谜题及陷阱将袭击柯南一行人！难解的事件、细腻的推理、友情、爱情以及主要角色全员到齐！而柯南的身体终于变回了工藤新一…
被卷入事件的二人再度联手，在夹杂文化、回忆、爱情、和风的舞台上，共同上演推理与冒险的篇章。
00:17- 00:54平和(回忆)名场面
87:06 ~ 87:57新兰
100:12~ 101:38平和名场面
101:38 ~ 102:42新兰
8.银翼的魔术师
某天，毛利侦探事务所接到了知名舞台剧女演员牧树里的委托，委托内容是牧树里收到怪盗基德预告信，信中指出怪盗基德将在舞台上夺取牧树里佩带的蓝宝石戒指，“命运的宝石”。于是毛利小五郎接受保护宝石的工作，基德假扮成工藤新一出现，柯南一方面必须保护宝石，另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一。“命运的宝石”被保护住了，但在一片混乱之中基德逃脱了。牧树里为了表示感谢，邀请毛利侦探前往北海道函馆的别墅度假，同行的还有一同演出的其他演员。就在大家都搭上飞机前往函馆的机舱里，一幕精心设计的杀人剧码就在大家面前实际上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群中，又要解开发生在飞机上的密室杀人事件…
95:34~ 95:49新兰，小兰的告白
9.水平线上的阴谋
15年前北大西洋的一艘货轮“第一八代丸”，撞上了前方巨大冰川发生事故沉没，船长和一名船上的高级干部不幸罹难身亡。15年后的现在，日本东京西多摩市的别墅密集区，八代财团旗下设计师八代英人开车的时候心脏病突发，结果车子不幸掉下山崖造成车毁人亡。谁也没想到，时隔15年且分别发生在海洋和陆地上的两起事故，会是一项重大阴谋的开始。
柯南、小兰和毛利小五郎受到园子邀请，与众多社会名流参加这豪华客轮的处女航。 然而没多久，船上出现了可疑分子，园子更遭到袭击被其监禁，幸运的是根据柯南的推理顺利找回了园子，正在众人欢欣鼓舞的时候，却发生了杀人案件，紧接着八代财团的董事长，贵江的父亲八代延太郎也从船上神秘消失…… 于是柯南、毛利小五郎以及警方分别展开了各自的调查，与此同时，犯人也正展开他巨大的阴谋。 在柯南的努力下，真相即将被揭发时却突然发生了重大意外，犯人在整艘油轮的主要机房内都安置了炸弹，整个船身不停摇晃，让船员和乘客都惊恐万分，全船600条人命，就悬于疯狂的犯人一念之间。更糟糕的是，这次连小兰也被卷入了危险里面。柯南用他名侦探的推理救出了小兰，不过出人意料的是，这次掌握事件关键的，却使新一和小兰超越了时间的羁绊。
92:03 ~ 95:06毛利高光名场面
101:08 ~ 101:39柯兰名场面
10.侦探们的镇魂曲
一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。其他侦探们与柯南一同挑战谜题，当所有人同时努力调查敌人的真面目时，危机不时展露眼前，时间一分一秒地逼近，敌人同时无赖地设下最后一道陷阱。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。
11.绀碧之棺
东京都，高木和佐藤抓到了两个抢劫犯，犯人说出了海盗旗三个字。画面转到了神海岛。毛利小五郎因为抽中了30万日元的奖金，原本想一个人去巴黎玩。但是最后只好带了兰、园子、阿笠博士和少年侦探团一行人来到了这个小岛。 这个小岛有沉入海底的古代遗迹，海底宫殿和300年前确实存在的Anne Boney和Mary Read两个女海贼遗留下来的宝藏的传说。
少年侦探团在岩永的建议玩寻找宝藏的游戏。 另一边兰和园子去潜水，想去看海底宫殿，此时同行的男子死亡。与此同时博物馆传来两个女海盗的手枪和弯刀被盗的消息。柯南调查时发现两个寻宝人在偷盗物品后遭人狙击。台风来临，少年侦探团们的寻宝游戏中的暗号也终于都被解开，柯南在民宿主人美马的帮助下也去了赖亲岛，去救兰和园子。以此开启了一系列故事。
94:43 ~ 95:00柯兰
96:38 ~ 97:13柯兰名场面
105:16~ 106:18新兰回忆
12.战栗的乐谱
不久之前发生了以音乐家为袭击目标的连续杀人事件，被害人均出身于原著名钢琴家领衔创建的一所音乐学院。柯南等一行人，受到了这位钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。音乐会的亮点是巴赫弹奏过的管风琴和世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及拥有绝对音感的天才歌手的歌声。可是，在音乐会正式举办前，陆续发生了许多可疑案件。而正式演出当天，柯南他们所在的音乐会会场突然发生了爆炸，陷入一片火海。
86:06~89:56 奇异恩典,新兰回忆
13.漆黑的追踪者
以东京为中心发生了6起连环杀人案件。除目暮警部外，还有各县刑警和小五郎参加了调查会议。令柯南意想不到的是，他发现一位会议上的刑警进入了一辆跑车里。“那辆车……难道是，琴酒的？”“黑衣组织”中的一人潜入了调查会议，并乘琴酒的车逃走了。连续杀人案件是“黑衣组织”搞的鬼吗？危机一触即发！如果让琴酒知道工藤新一还活着的话，不仅会危及新一，还有柯南身边的人。意识到事情危险性的柯南独自开始调查。
94:35~ 96.42兰的名场面(打斗&躲子弹)
96:42 ~ 104:22柯南和组织的追逐战
14.天空的遇难船
铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。
95.21 ~ 96:33、100:28 ~ 101:35基德和兰的名场面
15.沉默的15分钟
五年前为了建造水坝，新潟县的北之泽村被沉入了湖底，村民们在附近重建了家园继续生活。在重建五周年的纪念活动上，人们又纷纷聚集到了一起。犯人果真会在他们之中吗？柯南在调查过程中，偶遇了五名男女，他们是时隔八年才重新聚首的儿时玩伴。
八年前交通死亡事故的阴影，对建设水坝的不满，至今仍让嫉妒与怨恨在他们的心中纠结不清。紧接着，在那场交通事故同日，在去看天鹅的途中不慎坠入悬崖的“少年”冬马在昏迷了八年之后终于睁开了眼睛！随着冬马关于事故当日的记忆逐渐恢复，危险也步步逼来。果然在儿时玩伴的五人中，一人已命丧黄泉！黑影也在逐渐逼近少年侦探团！冬马当年究竟看到了什么？留在他记忆里的真相究竟是怎样的？地铁爆炸犯的下一个目标又将是什么？大规模的灾难向这个水坝边的小镇袭来。
97:30 ~ 103:00柯兰名场面
16.第11个前锋
柯南与少年侦探团和灰原一起观赏着足球比赛。同一时刻，毛利侦探事务所接到了预告大规模爆炸的电话。像是在挑衅小五郎一般，路上的汽车在眼前爆炸。为阻止接下来的爆炸，需要解读犯人留下的神秘暗号。小五郎、小兰和目暮警部一起在米花市内来回奔波，却被暗号戏弄，完全找不到线索。即使被逼到绝望的状况，也不会放弃解决案件的柯南，却在爆炸的气浪中，让犯人逃跑了。
嫌疑人是足球选手、支持者、俱乐部老板、媒体业界……都是和足球界有很深关联的人。柯南推理出犯人是有计划性的，为了阻止下一次爆炸，他开始独自调查。但下一个目标在哪里？犯人究竟是谁？犯人为什么盯上了小五郎？柯南成功地解读了挑战书中隐藏的暗号，但同时了解到了“某件事”。那是被布置在这起案件中的恐怖阴谋。
100:01 ~ 104:35少年侦探团&柯南名场面
109:20~ 109:55柯兰名场面
17.绝海的侦探
明明是一场叫人叹为观止的对空作战演习，却被突如其来的一只断臂打破了高科技宙斯盾舰的巨大魄力所带来的震撼。瞬间，恐慌代替惊喜，笼罩着宙斯盾舰。不安、猜测接踵而来，盘旋在小兰和少年侦探们的脑海中，危险正在步步紧逼。
即便海上自卫队已经冷静迅速的稳定事态的发展，却始终未探明敌人的真实身份和真正目标。接着各种异常事件也随之而来。大阪府警乘坐直升机赶来，与京都当地的同侪协作展开调查。期间，神秘女性自卫队成员藤井七海也登上了这艘宙斯盾舰。
当一连串离奇事件背后的始作俑者逐渐现出了原形后，当平次与小兰等人的生命遭受威胁之时，柯南将再一次发挥自己强大的推理能力，运用自己聪明的脑力，协助海上自卫队保护日本民众免受一场战争的灾祸。
95:56 ~ 104:25新兰名场面
108:58 ~ 109:18平和
18.异次元的狙击手
铃木财团巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南一行人自然受邀参观。谁知一名游客突然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡，柯南锁定凶手果断展开追击，然而对方胆大非常，公然炸毁拦截他的警车，在重重包围中脱身而去。在此之后，FBI和日本警方组成联合调查总部，经朱蒂介绍得知，嫌疑人很可能是原美国海豹突击队狙击手蒂莫西·亨特。战功显赫的亨特曾经获得过银星勋章，但是后来被战友指控违反交战原则，射杀了手无寸铁的平民，此后他更在战场上遭遇影响毕生的创痛，人生也彻底跌入低谷。此番他以神秘狙击手的出现，显然是想想那些毁灭了他的人生的人们复仇。狙击事件接连而起，全东京陷入莫大的恐慌之中。
99:25- 10533冲矢昴(秀一)，柯南，兰的打斗
19.业火的向日葵
在纽约拍卖会现场，全世界的大富豪汇集一堂，竞拍国际名画，这便是原本应该在日本被烧毁的梵高名画《向日葵》。铃木次郎吉以远高于他人的价格3亿美金将此画拍下，他的目的是集齐散落在世界各地的7幅《向日葵》，以此能在日本举办史无前例的大规模展会。这则梦幻大新闻向全世界播出的同时，柯南与小兰也津津有味的看着转播，当正要征集专门保护《向日葵》的7人护卫队“七大武士”的时候，怪盗基德突然出现，撂下了“一定会将此画夺走”的宣战预告。就在此时，在一片骚动的会场上出现了追随基德而来的高中生侦探工藤新一的身影。不久之后，在载有《向日葵》的客机飞往日本的途中在空中遭受到了基德的突然袭击，围绕独一无二的珍宝，谎言与真实交织的艺术推理剧拉开序幕。
101:48 ~ 105:50柯南落水
20.纯黑的噩梦
某个漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，试图盗走一份神秘文件，文件中记载了包括英国MI6、德国BDN、美国CIA乃至美国FBI 等各国谍报机构的绝密数据。就在关键时刻，隶属于警察厅警备局的警官安室透带领公安及时赶到。几番交手过后，间谍驾车逃亡，安室等人则紧追不舍，期间连FBI探员赤井秀一也加入追捕行列。敌我双方在车流熙攘的高速公路上展开绝命追击，夜幕下的东京陷入前所未有的大混乱之中。千钧一发时刻，赤井打爆对方汽车的轮胎，逃亡者连同汽车跌落悬崖。
第二天，柯南一行人来到东都水族馆观光。在特色项目超大型摩天轮下方，他们发现一名受伤的女子。此时，该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们讨论时，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀对其真实身份产生怀疑。刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中。
01:04 ~ 07:54组织x公安xFBI的打戏&秀车技
73:56 ~ 7:34秀一和透的对打
21.唐红的恋歌
大阪的标志性建筑日卖电视台，突然发生了爆炸事件。当时台内正在进行由引领日本百人一首界的“皋月会”所举办的皋月杯的会见录像，这一突然事态引发了大恐慌！服部平次与和叶两人被困在崩塌的大楼中，千钧一发之际被赶到现场的柯南平安地救出。这简直如同恐怖袭击般的事件，犯人的目的却完全不明，连犯罪声明都没有出现，对于这一不可理解的状况，柯南和平次无法抑制心中的不和谐感。
在这场骚动当中，柯南等人遇见了一位主张自己是平次未婚妻的女性。她的名字是大冈红叶。据称是“平次自幼开始的命运之人”的红叶，是百人一首的高中生冠军，被称作未来女王的存在。和叶决定赌上平次向红叶挑战百人一首，拜颇具实力的平次之母静华为师，开始了特训的日子。与此同时，在京都·岚山的日式住宅中，皋月杯的优胜者被杀害了。当时，杀害现场的监控中映现出来的是红叶的身影。
柯南和平次与大阪府警、京都府警一起，开始了对和两起案件有关的皋月会的调查。不久，在调查过程中谜团接连浮现。随着谜团的解开，发现其中隐藏着“与百人一首有关的共同点”。大阪和京都，两起案件相连为一时，设下的命运的齿轮开始加速。
101:08 ~ 104:56平和名场面
22.零之执行人
作为东京峰会召开地的东京湾新设施“海洋边缘”。在峰会召开的5月1日有约2万名警察出动的这一超巨大设施，发生了大规模爆炸案！那里，有隶属于暗中掌控全国公安警察、俗称为“零”的警察厅秘密组织的安室透的身影。秘密暗中出动的安室的神秘行动令柯南不禁感到蹊跷。
根据现场留下的作为证据的指纹，犯人被断定为曾在警视厅就职的毛利小五郎！与安室围绕小五郎的逮捕开始敌对的柯南听说了过去安室曾将嫌疑人逼至自杀的奇妙案件。随后在决定起诉小五郎的那时，在戒备森严的东京都内，同时爆发了多起难以理解的恐袭！
柯南和公安警察正接近着隐藏在案件后的阴谋，峰会召开那天也被确定是大型无人探测器“天鹅”完成在火星的任务返回地球的日子。究竟，迫近的日子会发生什么？神秘的安室透，究竟是敌人，还是伙伴？
137:13 ~ 143:05安室透名场面
23.绀青之拳
在19世纪末与海盗船一同沉入新加坡近海的、世界上最大的蓝宝石“绀青之拳”。在当地的富豪将其回收，于舞台上展现其真容时，在滨海湾金沙酒店附近发生了杀人案。现场留下了怪盗基德沾有血迹的预告函。而在那时，为了观看在新加坡举办的空手道锦标赛，小兰和园子到访了当地。
由于没有护照所以无法出国的柯南本来应当在看家，但他被试图利用他的基德以魔术般的方法，强行带到了新加坡。若不服从对方就连回日本都做不到的柯南，眼镜、手表、衣服等全被夺走进行了变装。被没有注意到其真实身份的小兰问及名字，情急之下化名“亚瑟·平井”。
基德得到了在某个宅邸的地下金库中沉睡着蓝宝石的情报。他以为很简单就可入侵成功，但无比危险的陷阱等待着基德。挡在他面前的，是400战无败绩的最强空手道家京极真。在那之后，就如预兆着什么不祥之事一般，从新加坡的象征鱼尾狮中喷出了被染为鲜红的水！
32:20 ~ 34:07京极真vs基德
99:14~ 101:01京极真打戏(京园)
102:13~ 103:07京园名场面
108:48 ~ 109:06柯兰