2002年11月，WHO流感研究项目经理Klaus Stohr博士在北京参加关于中国流感——疫苗政策方面的会议。一位来自广东的代表在会议报告提到，在广东靠近香港的地区有数人死于一种异常严重的流感。
2003年2月21日，这一天，一种新的病毒悄悄地从广东进入香港。病毒的携带者是一位63岁的医生刘某，他到香港是为了参加一个婚礼。而到了3月上旬，香港当局开始认识到，这种新的疾病正是从曾与刘医生接触过的几个人开始传染给香港、新加坡、越南的数百人，并最终传播到了美国。
1965年，人类首次确认冠状病毒可使人出现感冒症状，在本次SARS发生前，已发现两种冠状病毒，虽然只是引发感冒，除此之外，其他冠状病毒多数只存活在猪、牛和鸡等家畜及其他哺乳动物身上，03年的新型病毒，除了在人体内繁殖，亦令免疫系统出现强烈反应，伤害自身组织。
冠状病毒为球形RNA病毒，直径120～230nm。病毒颗粒表面围有花瓣样突起。这种病毒，过去只会引发人类感冒，但为什么会霎时间变得如此凶狠呢？
世界各地科学家给出了不同结果。
加拿大BCCA 基因组研究所基于Tor2 冠状病毒株基因组结构分析图
USCDC 基于Urbani 冠状病毒株基因组结构分析图
中科院基因组中心基于BJ01 冠状病毒株基因组结构分析图
NCBI给出参考序列的基因组结构分析图
Tree for N protein
12个SARS冠状病毒分离株和12种以往发现的冠状病毒种系进化树 此进化树从箭头所指位置被分成两个不同的部分，左半部仅由12种以往发现冠状病毒组成，而右半部则仅由12个SARS冠状病毒分离株构成。
我们用SARS_TOR2分离株作为SARS冠状病毒代表构建的种系进化树很准确地区分出冠状病毒属的3个组。在这3个组的分枝处的bootstrap值是92％（bootstrap值高于70％表明对应点的概率值高于95％）。
SARS TOR2病毒分离株和12种以往发现的冠状病毒的种系进化树
根据各SARS冠状病毒分离株与造成香港Metropole饭店疫情的SARS冠状病毒株之间的联系，它们可以被分成2类（分别称之为”局域传播类”和”全球传播类”），这两类在我们构建的世系谱上得到准确的重现，这为SARS的流行病学研究提供了辅助信息。
12个SARS冠状病毒分离株的种系进化树
结 论：
1、根据我们得到的种系进化树可知，SARS冠状病毒与冠状病毒属中第1组中的病毒更相似，这得到对应分枝点较高bootstrap值的支持（对应第1组分枝的bootstrap值为97％，cPig_1病毒和SARS_TOR2分离株分枝点对应的bootstrap值为81％）。与血清型有关的一些证据间接地支持了我们的观点（Ksiazek, T. G., Erdman, D., Goldsmith, C., et al, A novel coronavirus associated with severe acute respiratory syndrome, N Engl J Med, 2003, 348(20): 1953-1966）
2、以往未定位的SARS_TW1分离株在我们构建的世系谱中被归属于全球传播类。
所以是什么动物把SARS传给了人？
蝙蝠？果子狸？
家禽？野味？
鼠？猪？牛？
…………
本文由陈润生老师生物信息学课堂所讲内容整理
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