提起第二次世界大战期间的日本海军，稍熟悉历史的朋友肯定会第一想到联合舰队，这是日本海军的主力舰队，可谓日本海军的象征。而日本海军，在当时全球各国海军实力排行榜中，稳居第三位，仅次于美国海军和英国皇家海军，在亚洲更是实力第一。联合舰队在1894年中日甲午战争首次组编，1904年日俄战争中第二次组编。其司令长官直属天皇，内阁无权管制，而海军省（日本帝国海军的最高行政机关）和海军军令部（日本帝国海军的最高指挥机关）也只是名义上领导他，实际上联合舰队司令长官的自主力很强，实际权限也很大。日俄战争偷袭旅顺口的沙俄海军和太平洋战争偷袭珍珠港的美国海军，都算得上是联合舰队司令长官一个人导演的“杰作”。联合舰队司令长官也和海军大臣、海军军令部长并称为“海军三长官”。
联合舰队的首任司令长官是伊东祐亨（1843—1914），此人有海军元帅称号（日本的元帅是大将获得的最高荣耀称号，非军衔），指挥联合舰队打败清朝北洋水师的就是他。而联合舰队的第三任司令长官东乡平八郎（1848—1934）更是凶猛，此人也是海军元帅，偷袭旅顺口沙俄舰队又在对马海战中彻底歼灭沙俄海军的，就是他，被日本海军奉为“军神”。
伊东祐亨
这联合舰队本来是战时设置的，而到1913年则规定和平时期也可以设置。1933年起决定常设。二战期间联合舰队最著名也是影响力最大的司令长官就是著名的赌徒山本五十六（1884—1943）海军大将（死后被追授海军元帅称号），1941年12月策划指挥偷袭美国海军基地珍珠港、挑起太平洋战争的就是他，太平洋战争初期指挥联合舰队配合日本陆军横扫东南亚和西太平洋的也是他。当时的联合舰队下辖第一到第六舰队、第一和第十一航空舰队以及南遣舰队。曾作为联合舰队旗舰的“大和号战列舰”不但是日本海军最大的战列舰，也是人类海军史上最大的一级战列舰（后在1945年4月冲绳岛战役中被美国飞机击沉）。
大和号战列舰
1942年6月联合舰队在中途岛海战中被美国太平洋舰队司令尼米兹重创，四艘航母被毁，第二年4月山本五十六本人也在所罗门群岛上空被美军毙命！继任的司令长官古贺峰一（1885—1944）海军大将到1944年3月死于座机失事——连人带座机都神秘失踪了（死后追授海军元帅称号）！在同年6月的马里亚纳海战和10月的莱特湾海战（人类史上最大海战）中，联合舰队被美国海军打得完全丧失了机动作战能力。1945年8月日本投降后，已成一堆破铜烂铁的联合舰队于10月解散，其最后一任司令长官小泽治三郎随之退役，到1966年病死。
其实，二战期间日本海军的舰队不止联合舰队一支，除了联合舰队下辖的那些分舰队，还有一些舰队的级别是和联合舰队平起平坐的，只不过规模、名气和影响力都远不如联合舰队，比如总部新加坡的第十方面舰队、总部菲律宾吕宋的南西方面舰队、总部拉包尔（今属巴布亚新几内亚）的南东方面舰队等，其中实力和影响力仅次于联合舰队的，是中国方面舰队，顾名思义，就是侵略中国的日本海军舰队。
联合舰队
这支中国方面舰队组建于1937年10月，和联合舰队一样，也是海军战略战役编队，它以第三舰队和新编的第四舰队组成，1938年又编入了新编的第五舰队。首任司令长官是长谷川清（1883—1970），指挥海军配合陆军侵略上海的就是此人。古贺峰一在继任山本五十六任联合舰队司令长官之前，也曾在1941任中国方面舰队的司令长官。继1937年8月—11月侵略上海之后，这支舰队又先后参加过入侵武汉（1938年8月—11月）、入侵广州（1938年10月）、入侵海南岛（1939年2月—4月）、入侵南昌（1939年2月—4月）、入侵南宁以及周围地区（1939年11月—12月）、入侵浙赣（即浙江和江西，1942年4月—9月）以及打通湘桂铁路、粤汉铁路南段的作战（1944年5月—1945年1月）。
别看是海军，但这支舰队在侵华战争中也是恶行累累，1938年2月—1943年8月的重庆大轰炸，就有它一份！上海、武汉、广州等中国大城市，也曾遭到过它的轰炸！顺便说一下，二战中的日本一直没有独立的空军，其航空力量分为两部分，归陆军和海军分别管辖，即陆军航空兵和海军航空兵，中国方面舰队出动飞机轰炸中国城市时，可是异常凶猛。
中国方面舰队不仅在东海海域、黄海海域、中国北部沿海地区以及长江流域作战，还支援日本陆军的登陆作战、运送战争物资、封锁中国沿海，还在上海、青岛、厦门等地建立了好几个据点。后来日本要发动太平洋战争，这支舰队的兵力有所调动。1945年8月日本投降后，这支舰队也在9月被解散。
中国方面舰队和联合舰队等舰队在1945年4月，开始统归新设立的“海军总司令部”管辖和指挥，这个机构是日本面临战局极度恶化后，为了组织所谓的“本土决战”而设立的。然而日本所幻想的“本土决战”并未进行，因为美国的两枚原子弹结束了这一切。
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