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新加坡TLL俞皓实验室揭示SmD1b在种子发育过程中调控SK11/12表达的分子机制

2022年4月18日,The Plant Cell在线发表了新加坡淡马锡生命科学研究院(TLL)俞皓团队题为“Splicing-mediated activation of SHAGGY-like kinases underpinning carbon partitioning in Arabidopsis seeds”的研究论文。SK11/12是控制拟南芥种子碳储备的重要因子;该研究发现了SK11/12的上游调控因子SmD1b,它可介导SK11/12中第一个内含子的共转录剪接,并募集RNA聚合酶II的积累,从而激活SK11/12的转录;揭示了SmD1b调控SK11/12表达的分子机制

https://doi.org/10.1093/plcell/koac110

植物种子的表面,由母体建立的种皮覆盖,起保护作用。在种子发育过程中,种子从母体获得碳源支持,并将其转化为种子的营养储备。在拟南芥中,SK11/12(SHAGGY-like kinase 11/12)决定了碳转化为不同代谢物,并将它们分配到种子的不同组织中。SK11/12是GSK3家族的成员,属高度保守的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。研究发现,SK11/12可磷酸化TTG1(TRANSPARENT TESTA GLABRA 1),影响其与TT2(TRANSPARENT TESTA 2)的互作,从而导致GL2GLABRA2)表达的下调。尽管如此,SK11/12的转录调控机制,仍是一个长期的谜团。

该研究开发了一种基因组靶向染色质纯化系统(Cas9-ChAR),以寻找可与SK11 5'区相结合的反式作用蛋白,并发现了核定位的SmD1因子。拟南芥共有两个SmD1基因(SmD1aSmD1b),它们的蛋白序列非常相似。通过突变体表型分析,该研究发现,smd1a smd1b双突变体是致死的,可能影响了植物的生殖发育或种子发育。进一步分析表明,smd1b突变体可下调种子中脂肪酸的含量;而SmD1b的过表达可提高种子中脂肪酸的含量;表明SmD1b参与了种子发育过程中的碳转化(Figure 1)。

Figure 1. SmD1b的鉴定和其突变体、过表达的表型分析

通过分析SmD1b和SK11/12之间的遗传关系,该研究发现SmD1b处于SK11/12的上游。与此SK11/12的表达一致,SmD1b在整个胚珠中表达,特别是珠被部分;且SK11/12的表达在smd1b中被下调了,而在SmD1b的过表达株中刚被提高了。利用染色质免疫沉淀(ChIP),研究人员证实SmD1b可直接结合在SK11/12 5'非翻译区的第一个内含子上,并促进该内含子的共转录剪接(Figure 2)。另外,SmD1b可与RNA聚合酶II(Pol II)互作,并募集Pol II在SK11/12上积累,以促进它们的转录。

Figure 2. SmD1b可结合SK11/12并调控其转录

最后,研究人员发现SmD1b的功能缺失会产生带有未剪接内含子的转录本,该内含子可使转录本形成R环(R-loop),从而阻碍Pol II在SK11/12上的转录延伸。

综上所述,该研究发现SmD1b为SK11/12的上游调控因子,可介导SK11/12中第一个内含子的共转录剪接,并募集Pol II在SK11/12上的积累,从而促进SK11/12的转录(Figure 3上);而在smd1b突变体中,由于未剪接内含子使转录本形成了R环,Pol II不能在SK11/12上完成转录延伸,从而影响SK11/12的表达(Figure 3下);揭示了SmD1b调控SK11/12表达的分子机制。

Figure 3. SmD1b调控SK11/12转录的模式图

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