明朝领土大小这个问题很奇怪，因为这个问题说起来，双标的人那是真的双标，无论你说多大，都会有人抬杠。
所以这篇文章，我把我搜集到的资料拿出来，大家根据史料，自己做个判断。
先揭露一件事，在网上发帖力证明朝领土小的哪些人，百分之八十都是“某个群体”所为，其中代表人物就是一个叫“北斗维斟”的“遗人”，你去网上搜有关明清领土的话题，基本都能看到他的帖子，在此我想说，我说的不一定对，但他说的一定是错的。
元、明、清领土
元明清三个朝代从领土大小来比较的话，顺序基本没有变，还是：元、明、清。
先别着急喷，领土方面说清朝最小可能大部分人都会说我不客观，但据我研究来看，事实确实如此，我们用史料说话。
古时的蒙古区域
这是元朝巅峰时期的领土，古时候是没有正规的领土界定的，但大体是上图这个样子，没有问题。
其实朱元璋建立明朝以后，以上领土基本全盘接收了，现在唯一存在争议的点是，很多人不承认当时的蒙古属于明朝，这其实是错误的认知。
明朝领土的雏形是朱元璋时期就打下的根基，但领土巅峰是朱棣时期。
当时的蒙古分为东蒙古和西蒙古两部分，东蒙古是瓦剌，西蒙古是鞑靼，也就是以前的元朝后裔。双方在蒙古草原上一直对立，都在向明朝表忠心，以求得到明朝的援助然后彻底打倒对方，但是朱棣是不允许草原各个部落之间统一的，所以一贯的政策就是谁不听话就发兵打谁。
永乐六年十月，瓦剌马哈木等贡马，并请印信封爵。次年五月，朱棣封马哈木为顺宁王、太平为贤义王、把秃孛罗为安乐王。《明太宗实录·卷84》永乐六年十月丙子条，同书卷92永乐七年五月乙未条。瓦剌率先得到了明朝的承认和支持。
而鞑靼这里却证据不稳，一直在自相残杀。永乐四年十月，阿鲁台杀也孙台、驱逐马儿哈咱，自己南下至海剌儿河（今海拉尔河，内蒙古呼伦贝尔盟境内）之地《明太宗实录·卷60》永乐四年十月乙卯条，成为鞑靼唯一的权臣。
但阿鲁台并没有像瓦剌一样臣服明朝，所以朱棣开始讨伐鞑靼。瓦剌在得到朱棣北上的消息时非常积极，直接表示愿意与明朝共同剿灭鞑靼。永乐十年，瓦剌使臣再次夸耀自己杀了本雅失里，夺了元朝的传国玉玺，并再次提出共击鞑靼的计划，还向明朝请求各种兵器和赏赐。《明太宗实录·卷128》永乐十年五月乙酉条。
瓦剌和鞑靼之间，谁对明朝有威胁，也就是不臣服明朝，朱棣就发兵打谁，而鞑靼一直都是朱棣的重点打击对象，朱棣五征漠北，有四次是针对鞑靼而去。打的鞑靼势力变的非常弱小，几无容身之处，这也为以后的瓦剌也先作乱统一蒙古创造了条件，同时也为土木堡之变埋下伏笔。
朱棣之后的宣宗年间，瓦剌和鞑靼基本在没有什么大动作，反倒是兀良哈有点蠢蠢欲动，兀良哈的另一个名字就是朵颜三卫。
朵颜三卫其实一直可以说是明朝在蒙古的直属卫队，但随着鞑靼的势力削弱，兀良哈突然感觉自己是不是可以有更大的发展空间，所以在没有经过明朝允许的情况下居然南下至滦河一带牧马。宣宗为了震慑北虏，是年秋，明宣宗亲率部队出征。
并且宣宗率部亲自迎敌，在宽河（今河北宽城县）大败兀良哈。
可以说此时明朝的基本原则就是，承认明朝政权并且听话的，就钱粮刀兵一律提供，扰边并且不服管教的，就发兵教训。征伐兀良哈之后，蒙古草原基本只剩下鞑靼一直没有完全臣服，所以宣宗为瓦剌提供刀弓等兵器，为其助战，让瓦剌攻伐鞑靼。《明宣宗实录·卷65》宣德五年四月丙申条。
宣德六年，鞑靼阿鲁台部曲在打击之下只剩下了两千人，逃窜到集宁海子驻牧《明宣宗实录·卷79》宣德六年五月己丑条。可以说势力范围基本被打散。
宣德九年七月，阿鲁台被杀。鞑靼部落中，只剩下阿鲁台拥立的大汗阿台和另一个大臣朵儿只伯，带着百余人逃到了阿察秃（今内蒙古阿拉善盟）之地。另有一些残兵游勇南下至明朝境内，纷纷被明军剿灭《明宣宗实录·卷113》宣德九年十月乙卯条。
而后，鞑靼大汗阿台汗，一再向明朝请降，但明朝不予理会，并发兵和瓦剌共同围剿鞑靼。
正统二年，阿台汗再次请降，明朝这次接受了请降，并且给阿台汗还找了个台阶下，承认阿台汗的扰边乃是“饥寒切身，不得已故也”，允许阿台汗的部属“择近边利便处居住耕牧，打围飞放，得以保全部属，作我外藩”。
至此，蒙古全境全部臣服明朝。直到后面的土木堡之变的发生，也先发动叛乱。
有些人会说，统治蒙古时间好短啊，其实不是这样，上面说的是蒙古所有部落的全部臣服，其实大部分时间，除了鞑靼部落以外，其余部落一直都是臣服状态，而鞑靼部落的那点人，他们的统治区域其实很小。所以我认为明朝地图把蒙古画进去大部分，是没有什么问题的。
接着说蒙古：
许多人证明蒙古不属于明朝的证据，一般就会说到土木堡之变，因为这个事件太有名了，但其实你要研究过这一段的历史就会知道，这个证据太无聊了，因为，即便是也先自己，都是承认明朝的正统地位的。
也先在当时是属于反叛而已。正统年间还有另外一起叛乱很有名，就是闽浙地区的叶宗留、邓茂七之乱，你能说闽浙地区整个明朝时期都不属于明朝领土吗？
我们来看有关也先的记载，根据李贤《古穰杂录摘抄》记载，杨善去迎接英宗回来时，也先说：
两家和好许多年，今番如何拘留我使臣，减了我马价，与的缎疋一疋剪为两疋，将我使臣闭在馆中，不放出，这等计较关防如何？
“两家和好许多年”还是会让人感觉表达不是很清楚，我们在看哈铭的《正统临戎录》：
本月内，有也先行营叫我每使臣都近前，说道：“你每为大道理来，不曾来作反。有我这里差去买卖回回，把我的大明皇帝前去的使臣数内留下了。我每奏讨对象，也不肯与。我每去的使臣，做买卖的锅、鞍子等物，都不肯着买了。既两家做了一家，好好的往来，把赏赐也减了。因这等，我上告天，会同脱脱不花王众头目每，将你每使臣存留，分散各爱马养活着。我领人马到边上看一看。比先大元皇帝一统天下，人民都是大元皇帝的来。我到边上看了，大明皇帝知道我回来，打发你每回去。”众人啼哭。
“两家做了一家”而且把明朝给他的叫做“赏赐”，另外还有记载也先对英宗“执礼甚恭”。
再说一个最直接的记载，清朝时土尔扈特部渥巴锡东归，首先献给清廷的物件是明朝永乐八年敕封玉印，这个也很能说明问题，他们承认的是明朝皇帝的册封。
这个土尔扈特部就是源于也先的瓦剌，是也先死后瓦剌分裂后形成的一部分。
也就是说，也先死后蒙古重新回归明朝统治，而后一直到明末时期的蒙古林丹汗还曾经帮助明朝守城，抵御后金，在明军先逃跑的情况下还独自抵御战斗，后面只不过明朝没钱发工资，然后不在帮助明朝守城了而已。
当然了，只干活不拿钱，明军自己都做不到，我们又怎么能苛责林丹汗呢，后面林丹汗也是独自对抗后金一直没有投降，直到他死后他儿子能力不足才投降的。
蒙古问题就说到这里，接着看东北方向。
奴儿干都司
现在大部分人认知中的奴儿干都司领土范围，都是错的。
新瓶装旧酒，这里都是我以前发过的内容，在这里综合的贴一下，先说麻哥时期与老毛子协商时他们的三种方案是怎么商定的。
别怪我说话不清不楚的，我是想尽量避免涉及敏感词。
这个图如果你看的不是很明白，看下面这个：
结果很明显，输的很彻底，同时也暴露的一件事，那就是，往北一直都是我们的领土。
有人会说，清朝的土地，关你明朝什么事，我来告诉你关不关明朝的事。明朝的资料被大规模“丢失”，以至于很多确切的记载都没留存下来，但我们还是可以找到只言片语，我们先看明朝版的地图。
这是我随便找了几幅，大家有没有发现一个共同的问题？
那就是东北方面奴儿干都司的领土范围是不全的，也就是说根本就没有画北方边界。
为什么呢？
因为明朝时期北边是没有国家的，那边有的只是无数的小部落而已。然而在明朝建立奴儿干都司以后，这些部落都划归到了奴儿干都司来管理，也就是说那边都是明朝的领土。
有些谣言中明朝很早就放弃了奴儿干都司，这是错的，我们来看史料记录：
1452年（景泰三年）兀的河卫（今俄罗斯乌第河地区）指挥使兀山被明廷调任山东行省辽东都司金州卫任职（见《明英宗实录》卷217）；
1478年（成化十四年）阿古河卫（今俄罗斯远东阿古河流域地区）兀丁哥等6人因违反明朝政令而被斩首（见《明宪宗实录》卷180）；
1506年，因葛林卫（管辖范围为今俄罗斯远东格林河地区）指挥同知塔哈住因治绩优异而被明廷从卫指挥同知升任卫指挥使；
者帖列山卫（管辖范围为今俄罗斯远东阿纽依河地区）在1581年还接受明朝委派的官员进行统治（见《满文老档》太祖80）；
嘉靖年（1522--1566年）增设马失卫（资料来源：万历《明会典》卷125），地址为今俄罗斯远东辛达附近；
这种管理，甚至到了万历史36年（公元1608年），明朝官方记录里还有有关奴尔干都司管理情况的记载。
到了李成梁时期，非常善于以夷制夷，募四方健儿抗击蒙古、女真各部的侵扰，镇守辽东30年间，先后奏大捷者十，边帅武功之盛，200年来所未有。
幸好，明朝关于管理远东地区的记载，我们还是可以找到一些的。
为什么说清朝疆域最小呢？
因为麻哥与老毛子签订条约的时候，当时他的领土范围是下面这样：
此时西藏还没有划入统治，然而远东已经没了，此后再也没有染指。也就是说，后面收复西藏、西域等地方后，与前面两个朝代对比，他是少了远、东的大面积范围的。
另外，除了北方，西南也缩小了很多。
三宣六慰司
明朝建立后，云南是为残元梁王的根据地，朱元璋派傅友德、沐英进军云南，消灭了梁王，进而进军缅中行省，消剿残元力量。
而后在缅甸、泰国北部、老挝设立南甸、干崖二个宣抚司，麓川、六尉、缅甸、木邦、八百大甸、孟养、老挝七个宣慰使司。永乐年间又设底兀刺、大古刺、底马撒三个宣慰使司，合计十个宣慰使司。
统治范围几乎涵盖缅甸全境、泰国北部和老挝北部，到达印度洋。
南明永历帝朱由榔当年被清军追捕，跑到现在的缅甸境内，被擒后交给了汉奸吴三桂，有些人嘲笑说是跑到了国外。但其实那块地方差不多得到明亡了才能称之为“国外”。
交趾
朱棣收交趾大家都知道，很多人也知道后面宣宗年间放弃了交趾。但相信大部分人都不知道，交趾在嘉靖年间又被收复了回来并设置“安南都统使司”。
嘉靖六年（1527），前黎朝权臣安兴王莫登庸胁迫黎恭皇禅让，改元明德，仍以升龙为都，建立莫朝。时任黎朝右卫殿前将军的阮淦，在莫登庸篡位后率族人逃入哀牢国，招兵买马图谋复兴黎朝。
嘉靖十一年（1532），阮淦在哀牢寻获黎昭宗的幼子黎维宁并拥立为帝，是为黎庄宗，在南方的清化与北方的莫朝对抗，越南大乱。
嘉靖八年（1529）末，莫登庸让位给太子莫登瀛。翌年正月，登瀛正式即位，是为莫太宗，改元大正。登庸自称太上皇。
嘉靖十六年（1537），黎庄宗遣使北京陈述莫氏篡位夺权，请求明朝讨伐莫氏。次年，明世宗（嘉靖皇帝）任命仇鸾为都督，毛伯温参赞军务，屯兵镇南关，准备入越攻莫。大兵压境之下，嘉靖十八年（1539）3月，莫登庸遣使至镇南关请降，将安南土地册及户籍献于大明。
嘉靖十九年（1540）十一月初三，莫登庸与大臣数十人自缚跪拜，入镇南关向明朝官员纳地请降，明朝将安南国降为安南都统使司从属国降为属地，改其十三道为十三宣抚司，各设宣抚、同知、副使、佥事，听都统黜陟。以莫氏为安南都统使，秩从二品，分其国十三承政司为十三宣抚使司，隶广西布政使司。
当时的越南其实已经分成了南北两块，南边的清华、乂安、顺化、广南四承政司不在明朝手里，所以明朝所置安南都统司，管辖的是越北九宣抚司。
此后一直到明亡之前，交趾都是属于我们的。
旧港宣慰司
旧港，就是今天印度尼西亚的巨港市。明初，旧港属于三佛齐国。
三佛齐又名干坨利，是苏门答腊岛上的一个国家，从南朝梁武帝时期就开始向中国朝贡！朱元璋建立明朝后，于洪武三年，也就是公元1370年派人召谕三佛齐国，其国王马哈剌札八剌卜派遣使者向明朝进贡了金叶表，随后入贡。
后来从海上流窜此地的华人梁道明、陈祖义、施进卿各聚集数千家华人开始割据一方，并派人向明朝进贡。
到了明成祖继位后，派遣郑和打通海道开始下西洋，到此地后发现居然有一波明朝流窜犯在这里建了个国家，于是就顺道俘虏了回去，并让在平定过程中归顺明朝的施进卿任宣慰使，赐金印和朝服，统治旧港，这就是旧港宣慰司的由来。
此后郑和下西洋，每次都在此地驻扎，有时候能驻扎一个多月的时间。
后来明朝停止下西洋后，旧港被邻国满剌伯夷吞并，但国人在东南亚的威慑力一直存在，此后不断的有国人迁居到此，并且也不会受到欺负，这也是东南亚为什么这么多中国人，新加坡甚至到近代可以组成一个由中国人后代组成的国家的原因。他们中间很多就是明朝时期移民过去的。
另外还有菲律宾，在这一时期也有许多华人移民。
帖木儿帝国
刚找旧港宣慰司时候找到了这张图片，也可以说明一部分人其实对于东北方向以及西南方面的认知，是和我一样的。不过这张图片在我看来，多划了一部分，亦力把里的位置元朝时期属于察合台汗国，我暂时并未找到明朝接管了亦力把里的史料，所以，个人认为把这里画进去有点不合适。
但看到图中的帖木儿帝国，让我想到了一件事。
其实很多时候你不敢相信事实，只是因为知识储存不够。
看上图的帖木儿帝国位置，然后你们去搜一个人，名字叫傅安。
此人也被称为“明代的苏武”。
大约在1403年，西班牙人派出使臣出使帖木儿帝国，在国王的宴会上西班牙人见到了这样的一幕，一个来自明朝的使臣来问责帖木儿，责问他占中国的土地，为什么断贡七年？如果因为没有钱，那么可以慢慢筹措。
事情被记载在了他的游记中，名字叫《克拉维约东使记》：
【我们尚在撒马尔罕时，中国皇帝派来之使臣，亦在此城。中国皇帝之意，为帖木儿占有中国土地多处，例应按年纳贡。近七年来，帖木儿迄未纳献纳，特来责问。
“中国天子责问岁贡，理所当然，唯积欠七年之贡，一旦令全数补纳，事多困难。莫如容加筹措，再行奉纳朝廷。”】
你可能会说，会不会是这个人瞎写的呢，告诉你：不是。因为还有其他国家的使臣的记载，比如当时在帖木儿军队中的德国人约翰·细尔脱白格的记载：
【....契丹（明朝）国大汗，遣使带马四百匹，至帖木儿之廷，责其贡赋。盖帖木儿不入贡者，已五年矣。帖木儿引使至其都（即撒马儿罕），继乃遣之回国。告之归后须报告契丹大汗，帖木儿自此不复称臣纳贡于大汗。不久彼将亲来见大汗，使之称臣贡于帖木儿也。使者归，帖木儿下令全国，亲征契丹。征集大军一百八十万人。东行一月余，抵沙漠，须行七十日始得越过。水草缺乏，天气寒冽，马死者甚众。帖木儿乃归国都，病死。....】
约翰·细尔脱白格的记叙，某些细节略有出入，但没有原则性的错误。
帖木儿骄傲自大，以为自己实力强大所以才断贡，听到明朝的责问，顿时怒火中烧，表示要东征明朝，并且扣留傅安。
详细情形大家可网上搜索，也可以看我前面搜集的资料：从《克拉维约东使记》、《列王记》来看明朝
前几天有个网友在我文章下面留言说，朱棣派遣郑和下西洋就是想从海上发动对帖木儿的平叛。现在想来，下西洋的初衷到底是什么，或许这也是原因之一也说不定。
后来帖木儿死后，沙哈鲁登位，恢复了对明朝的朝贡。
底马撒宣慰司
底马撒为古代克车里人（Kachari）建立的王国。大约在13世纪，克车里人从克车马里迁往了布拉马普特拉河南岸，建都底马补罗（Dimapur），故称为 底马撒王国。
永乐三年（1405年）八月，明成祖派遣给事中周让出使云南徼外孟养、大古喇、小古喇、茶山、孟伦等地。
永乐四年（1406年）六月，大古剌、底马撒内附明朝。因底马撒地广，故置为宣慰司，以 腊罔帕为宣慰使。
二十世纪初，英国殖民者在印度阿萨姆出土了明成祖朱棣赏赐的底马撒宣慰司信符，证明了阿萨姆曾是大明领土，也彻底揭晓了底马撒宣慰司的正确位置所在。
因为在清朝官方编纂的《明史》当中，有关底马撒宣慰司的记载不仅为只言片语，而且存在重大史实错误，直到底马撒宣慰司信符的发现，才向后人揭开了这段鲜为人知的历史。
根据缅甸学者陈孺性的考证，底马撒宣慰司信符所刻的时间为永乐五年，即1407年，也就是说，此时的阿萨姆已经是明朝疆域一部分。
1405年，朱棣派遣给事中周让出使南亚和东南亚，向孟养，即今天的缅甸克钦，大古喇，即今天的缅甸勃固和底马撒，即今天的印度阿萨姆传诏，宣扬大明国威。第二年六月，底马撒国王腊罔帕主动宣布内附明朝，愿为大明子民。朱棣十分高兴，下旨将底马撒王国改为底马撒宣慰司，并册封腊罔帕为首任宣慰使。
清修《明史》在编纂时，竟称底马撒宣慰司位于“大古剌东南”，也就是今天的缅甸勃固东南一带。这一错误直接误导了后来的学者，以至于谭其骧在编写《中国历史地图集》的时候，将底马撒宣慰司标注在缅甸境内。幸亏在阿萨姆出土了底马撒宣慰司信符，才得以纠正《明史》的疏漏，现在在《中国行政区划通史》等地图著作里，底马撒宣慰司已改为标注在印度阿萨姆。
根据《明实录》记载，还能发现腊罔帕曾在1408年前往北京紫禁城面圣朱棣，向朱棣进贡马匹和特产，而明朝则回赠茶叶给腊罔帕。
永乐六年之后后，底马撒宣慰司贡使不至。
西藏
据《明史·志第十六》记载，明朝疆域“计明初封略，东起朝鲜，西据吐番，南包安南（越南），北距大碛，东西一万一千七百五十里，南北一万零九百四里。自成祖弃大宁，徙东胜，宣宗迁开平于独石，世宗时复弃哈密、河套，则东起辽海，西至嘉峪，南至琼、崖，北抵云、朔，东西万余里，南北万里。”
文中“西据吐番”的“吐番”是宋、元、明等时期的史籍中对青藏高原及当地土著的惯称。
早在元代，青藏地区的政教领袖就必须要经过中原王朝的册封才具备统治合法性。洪武四年明军攻入四川之后，青藏地区的藏族首领们开始承认明朝的正统性，奉明朝为正朔，纷纷接受明王朝的册封。
如1370年正月，当时控制乌思藏（青藏）大部分地区的帕木竹巴第悉（帕竹政权首领的称号）释迦坚赞在洪武帝朱元璋册封他为灌顶国师后遣使入朝，向明朝进贡佛像、佛书、舍利，随后一大批藏族地方首领也开始接受明帝国的封号，成为明朝地方官员。
并规定，藏民要向明中央政府交纳贡赋：
《明太祖实录·卷一百五十》：
西番之民归附已久，而未尝责其贡赋，闻其地多马，宜计其地之多寡以出赋，如三千户，则三户共出马一匹；四千户，则四户共出马一匹，定为土赋。庶使其知尊君亲上奉朝廷之礼也。
《明太祖实录.卷二百二十》：
西宁卫所属西番土酋亦令真奔言：“诸番族皆野居散聚，射猎为食，请岁输马二百匹为常赋。”从之。
西藏地区的最高首领需要得到大明的册封和批准：
洪武二十一年“怕木竹巴灌顶国师锁南札思巴噫监藏上表称病，举弟吉刺思巴监藏巴藏卜代职。许之”。此处的锁南札思巴噫监藏，即索南扎巴。其“弟吉刺思巴监藏巴藏卜”，现今一般译为扎巴坚赞，是帕木竹巴政权的第五任“第悉”，即后来永乐皇帝赐封的阐化王。
自元朝后期就掌握了西藏行政权的帕木竹巴政权，其最高首领的更替需要申报明朝皇帝批准，这是明朝在西藏充分享有主权的有力证明。
行政规划
对于藏区的行政机构设置，明朝先后在西北藏区设立洮、河、岷、西宁四卫，在今甘、青、川部分藏区以及卫、藏地区设置“朵甘卫”和“乌思藏卫”。1374年，复于河州设置“西安行都指挥使司”，同时升“朵甘卫”为“朵甘行都指挥使司”，升“乌思藏卫”为“乌思藏行都指挥使司”。明太祖为此下诏晓谕诸部：
同时分别任命管招兀即儿和锁南兀即儿为乌思藏、朵甘都指挥使司同知，并赐银印。后又升“行都指挥使司”为“都指挥使司”，下设若干行都指挥使司、万户府、千户所、百户所等。1375年于阿里地区再置“俄力思军民元帅府”。各级官吏的官阶品第由明中央统一规定，颁给印信、号纸，令其“绥镇一方，安辑众庶”，并直接向明中央负责，事无大小，均可启奏“大明文殊皇帝”。
明朝在藏族地区封授的指挥使、都指挥使佥事、千户、百户等官职都准予世袭，但是重要官职的袭职要经过皇帝的批准，并换发敕书和印信。
俄力思军民元帅府
“俄力思”即“阿里”，洪武八年(1375)正月置。辖地在今西藏阿里地区及境外拉达克。为明朝最边远的军民元帅府之一。洪武六年(1373)二月，明太祖朱元璋为招谕吐蕃诸部归顺，曾下诏书谕故元俄力思军民元帅府(元作“纳里速古鲁孙元帅府”)，称当地首领搠思公失监“。今设俄力思军民元帅府，至八年，朝廷遂正式下令建置。1375年，俄力思元帅府与帕木竹巴万户府、笼答千户所一并正式成立。
安多藏区
明朝在安多藏区的行政建制主要是军事性质的卫所，一方面承认世居其地的土官酋豪的世系特权，一方面派遣汉族流官，以流管土，以土治番，土、流官员皆为武职，听命于兵部调遣。
按明朝官制，军职流官分八等，即：都督及同知、佥事，都指挥使、同知、佥事，正、副留守；
而土官则分九等，即：指挥使及同知、佥事，卫、所镇抚，正、副千户，百户，试百户。
自都督府、都指挥司以下各司，包括土司，必须严格执行命令，“各统其官兵及其部落，以听征调、守卫、朝贡、保塞之令。”但土司之管有如佥事、镇抚、千户、百户等皆无岁禄。
各卫所的统辖大权一般都由汉族流官掌握，土官只是“为之佐”。但这一情况在1437年二月发生改变，明朝开始给陕西河州、洮州、西宁等八卫土官发放俸禄。
总的来说，整个安多藏区都在陕西布政司辖区之内。明朝在安多藏区设置的卫所在明朝一代前后期变更较大，以下是明初在安多设置的卫所：
西安行都指挥使司，这是明朝西北疆域总的军事机构。1374年七月置，治所位于河州，宁正为都指挥，辖河州、朵甘、乌思藏三卫。1375年十月改名陕西行都指挥使司，治西安。1376年十二月罢之，1379年正月复置于庄浪，1393年移至甘州。
河州卫，1371年正月置，治所于河州，初以宁正为指挥使，锁南普为同知，朵儿亊、汪家奴为佥事，下辖八个千户所、一个军民千户所、七个百户所、两个番汉军民百户所。
岷州卫，1378年七月由岷州千户所改置，1382年四月升为军民指挥使司，1545年置州，改军民指挥使司为卫，1561年闰五月，废州重置军民指挥使司。
洮州卫，1379年二月由洮州千户府改置。洮州大土司卓尼杨于1404年投明，1418年被授世袭指挥佥事。洮州另一咎姓大土司亦是于永乐三年被赐姓“咎”，辖藏民七十六族。《洮州卫志》称“（杨、咎）二部称雄，诸番畏之”。
甘肃卫，1372年十一月置，治所于甘州，1390年十二月以甘肃卫为甘州卫，1392年置甘州左卫。1393年移陕西行都指挥使司于甘州，辖十二卫，四守御千户所。
西宁卫，1373年正月置，故元同知李喃哥世袭为指挥佥事，故元甘肃行省右丞朵儿只失结为指挥佥事。1432年升为军民指挥使司。西宁卫有达13个大土司承袭指挥使、指挥同知、指挥佥事三职，关西七卫中有五卫隶属于西宁卫。
必里卫，1403年由必里千户所改置。《嘉靖河州志》记载该卫未设指挥使，仅有掌牌指挥二员、掌牌千户五员、掌牌文户十四员、镇抚一员。
除了设置卫所，明朝还封派皇族子弟到安多藏区就藩，如1391年明太祖封十八子庄王朱楩于岷州，1392年封十四子肃王朱楧于甘州。1395年正月丙午，河州卫指挥使宁正兵助封于秦州的秦王朱樉征洮州叛番，由此可知分封的藩王是直接插手管理安多藏区的事务的。
为了协调安多藏区佛教与朝廷的关系，明朝在安多一并设置番僧纲司，较重要的有：
西宁、河州僧纲司，1393年三月置，僧人三剌、月坚藏分别被授予都纲之职。
洮州僧纲司，下辖垂巴寺赵僧纲、著洛杨僧纲、麻儿司马僧纲、圆成寺侯僧正、阎家寺阎僧正。
岷州崇教寺僧纲司，明成化年间置，班丹扎释世袭都纲之职。
庄浪卫僧纲司，由阎姓喇嘛世袭都纲之职。
禅定寺僧纲司，由洮州卫指挥佥事杨土司兼任僧纲。
康巴藏区
1370年，康巴藏区的故元镇西府武靖王主动向明朝左副将军邓愈请降，后入觐。
1371年十月，明朝在康巴设置朵甘卫指挥使司。
1371年二月，故元摄帝师喃加巴藏卜带领大批故元旧官来朝进贡，乞授职名。于是其人分别授予了朵甘卫的指挥、佥事及其下属机构的宣慰使同知、副使、元帅、招讨、万户等官职。其中，锁南兀即尔被任命为朵甘卫指挥佥事。同年十月，在送交故元司徒印后，锁南兀即尔被升任为卫指挥同知。
1373年，朵甘卫和乌思藏卫一同升为行都指挥使司，隶属于西安行都指挥使司，以锁南兀即尔、管招兀即尔为都指挥同知。同年十二月，增置朵甘思宣慰司及诸招讨司、万户府、千户所，以赏竺监藏等七人为朵甘都指挥同知。
在明朝任命当地政教首领行使官府职能的同时，明朝还掌握对当地官员升迁、承袭权力过程中的的审批、允准权。
如1430年五月，朵甘都司都指挥使撒力加监藏上奏朝廷，称年老乞致仕，请求以其子星吉儿监藏代职，明廷乃从其请；
1441年四月，朵甘都司大小首领派使入朝，上奏都司内部的人事变更事宜。等等。
乌思藏
1372年四月，河州卫向明廷进言，“乌思藏怕木竹巴故元灌顶国师章阳沙加人所信服”，建议朝廷招抚之。中书省将此建议上报，得到明太祖的允准，“诏章阳沙加仍灌顶国师之号”。章阳沙加即乌思藏帕竹政权的第二任第悉释迦坚赞，这次封赏赐印是明朝建立一来首次册封乌思藏首领。
1373年正月，章阳沙加即遣锁南藏卜向明朝朝贡。同年二月，乌思藏的故元摄帝师喃加巴藏卜亦亲自入朝，受封为炽盛佛宝国师，他同时荐举的六十名故元旧官皆被授以官职。
1374年七月，明朝置西安行都指挥使司于河州，韦正为都指挥使，总辖河州、朵甘、乌思藏三卫。
1375年，明朝再置俄力思军民万户府、帕木竹巴万户府，乌思藏笼答千户所，设官十三人。此处的俄力思即为今西藏自治区阿里地区。
由此明朝完成了全藏的招抚任务。
分封
明太祖时期对西藏僧俗人员的分封，大部分是应求封者的自我介绍而封授的。从数量上看，基本上是以俗官为主而僧官为辅；从官职品级上看，此时期封赐的等级也普遍较低，最高仅为“大国师”和“灌顶国师”。在藏地封授的官职、封号大多是沿用元朝的旧称。
永乐年间，明朝在藏区建立一套僧官制度，僧官分教王、西天佛子、大国师、国师、禅师、都纲、喇嘛等，每级依受封者的身份、地位进行分封。
明朝所封的各教王在袭职嗣位元需要请示明廷的批准。
如1423年，为了审查第五世噶玛巴活佛的转世灵童，番僧班丹扎失受明朝委派前往藏地工布的咱日山，“审查大宝法王的呼毕勒罕”，这是中央王朝审查藏传佛教教派转世灵童的最早记录。
巴卧·祖拉陈瓦的《贤者喜宴》中记载：“依皇帝（指明成祖）本人思维，动用军队，仿行元代故事，将乌思藏纳入法治”
永乐时期，藏内各宗已经为各大家族所把持，因此明朝就势对各宗本予以分封。如1413年二月置乌思藏卫牛儿宗寨，即为帕竹政权的乃东宗。1416年五月置领思奔寨，即仁蚌宗，所封官员喃葛加尔卜即为宗本南喀杰波。
驿站
因为元末战乱，藏内的驿站一度陷于废弛状态。
公元1373年，朱元璋在青藏地区设立朵甘都司与乌思藏都司。并设立驿站。
在中国古代，驿站是事关政治、军事、经济等众多事务的重要交通设施。因此，驿站系统是朝廷对各地方管辖和统治的主权宣示和证明。
《明太宗实录·卷六十五》：
（永乐五年）辛未，敕都指挥同知刘昭、何铭等往西番朵甘乌思藏等处，设立站赤，抚安军民。
《明太宗实录·卷八十八》：
（永乐七年）陕西都指挥同知何铭等六十人往乌斯藏等处分置驿站，还奏。
1407年，明成祖“敕（陕西行都司）都指挥同知刘昭、何铭等往西番、朵甘、乌思藏等处，设立站赤，抚安军民”。
1414年又派遣中官杨三保赍敕往谕阐化王、阐教王、护教王、赞善王以及诸处大小头目，“令所辖地方驿站有未复旧者，悉如旧设置，以通使命”。驿站恢复之初，明廷为减轻驿站马匹困难，谕令以征发之马或军马拨给差民使用。
清朝皇帝承认自己对西藏的法理主权继承自大明
公元1648年，顺治五年，大清顺治皇帝给西藏阐化王一道皇帝敕谕：“念尔西域历来尊崇佛教，臣事中国，已有成例。明时所颁敕诰印信，若持来进送，朕即改授，一如旧例不易。”
顺治的这道皇帝敕谕宣示的政治和法律意义非常清楚：清朝在西藏享有的主权地位继承自明朝，清朝中央政府全部接收，而且“一如旧例不易”。
万历年间湟中三捷
蒙古反叛首领永邵卜集合了一万五千多人，由徨源方向进犯西宁卫。
明军甘肃巡抚田乐下令调集了藏族部落的兵马前来支援。分别是刺卜尔、西纳、大咎顺、申中等部落各出300精骑与明军配合作战，另外调7000余名其余十九族藏族士兵直接听从明军调遣，全部加起来共近万人。
明孝宗时
明孝宗时期，西藏的阐化王（藏族5王，属于最高统治者之一）死了，其子阿吉旺秋第悉派番僧2人前往北京请求世袭。
但是由于路途太过遥远，等这两名番僧带着明朝的敕书赶回西藏时，新王阿吉旺秋第悉也死了。这下不好办了，因为敕书上的名字是刚过世的阿吉旺秋第悉，现在新王也去世了，那么这封敕书应该也作废了。接下来的继任者阿吉旺秋第悉的儿子阿往扎失扎巴坚参照例请袭。
可没想到，这两个蕃僧为了省事，便将这份不对应的敕书给了阿往扎失扎巴坚参。
天下没有不透风的墙，这事儿后来还是让四川官员知道了，然后就上书弹劾了蕃僧，并且将其绳捆索绑押送入京，依照明朝大律，蕃僧被判了斩立决，而继任者阿往扎失扎巴坚参也被暂时羁押。
后来，孝宗考虑到“番人不足深治”，就免了其死罪，将他们发配陕西平凉卫充军，并下旨让阿往扎失扎巴坚参无罪照常袭职。
“其时王卒，其子(即阿吉旺秋第悉)请袭，命番僧二人为正副使往封。此至，新王亦死，其子阿往扎失扎巴坚参请封。二人不得已授之，遂具谢恩仪物，并献其父所领勘合印章为左验，至四川，守臣勤其擅封，逮治论斩，减死戍边，副使以下悉有。”
明朝对西藏的治理，于洪武五年（1372年）元摄帝师喃加巴藏卜降明受封，终于崇祯三年（1630年）乌思藏僧人三旦多只等十五人入朝班贡，历200余年。