国会辩论修订《维持宗教和谐法令》，要弥补法令落后于形势发展的一些漏洞，但是在辩论过程中，也凸显了问题的复杂性和敏感度，说明把握政教分离的原则并没有想象中的容易。
细读了中英文报章的相关报道，就看到了当中自我矛盾的地方。
工人党议员费沙认为政教难以完全分离，基本上是一种常识性的说法，但是如果表达不清楚，就会引起误会。
内政部长兼律政部长尚穆根对费沙的说法穷追猛打，就反映了这种尴尬。连政治人物都无法完全摆脱宗教分离原则的纠缠，更别说普通的公民了。
新加坡作为世俗国家，政教分离是关键的原则。但是宗教影响很多人的价值观，在辩论公共课题时，很难不受这些价值观的左右。虽然说原则上宗教价值观不应该作为制定政策的标准，可是政策的制定并非“零价值”或“价值中立”的，那么该用什么价值来作为制定政策的标准呢？
新加坡有不少街道上，印度庙隔邻就是基督教的教堂或者佛家寺庙。（海峡时报）宗教有特殊性和普遍性，个别宗教的特殊教义或教条，可能跟其他宗教有冲突，所以在这方面就必须谨慎小心，避免基于特定宗教的价值来制定政策，去伤害其他宗教信徒的利益或情感。
可是宗教之间也有共通的价值，比如对生命的重视，对人的尊严的重视，对人伦的重视，这些是构成不同宗教能够平等对话的基础。如何求同存异，一方面考验国人和从政者的理性和智慧，另一方面也考验政治人物能否抵挡利用曲解政治对手的方式，来谋取个人党派利益的诱惑。
另一个相关的争议是工人党指责某宗教负责人，跟人民行动党关系密切，甚至一起公开活动的现象，是否违反政教分离精神。尚穆根的解释是宗教人士也有参政的公民权利，内阁成员也需要跟宗教界人士打交道，理解基层想法。这个说法似是而非。
宗教界人士当然有参政的公民权利，就像公务员也有参政的公民权利一样。但是我们不会鼓励公务员公开参与政治，因为这涉及瓜田李下的利益冲突问题。
如果公务员公开支持执政党，就会影响人民质疑其中立性和执行公务的公正性。所以公务员如果要参政，理想的做法是卸下公务员身份。同理，宗教界人士当然可以参政，但要避免瓜田李下，最好还是辞掉其宗教身份。否则，在坚持政教分离的原则上，会出现双重标准的疑问。
这些矛盾说明宗教和政治的关系是复杂的。我国能够维持宗教和谐，的确非常难得，也必须珍惜。所有政治人物必须以身作则，树立正确的榜样，否则如果人民有双重标准的质疑，法律再怎么修得完善，最后也于事无补。