2月16日，日本首相安倍晋三紧急召开专家组会议。厚生劳动大臣加藤胜信在会后的记者会上表示，目前日本的新冠疫情“已经进入到一个新的阶段”。
“我们必须预计到未来疫情的进一步蔓延，为病毒的爆发做好准备。目前，我们的首要任务是建立起完善的医疗体系，使患者（特别是重症患者）能够及时得到医治。”他说道。
专家组指出，日本目前仍处于国内疫情发展的初期。然而一个不争的事实是，日本当下面临的疫情发展正日趋复杂化。截止17日下午，在横滨附近海面上被隔离无法靠岸的“钻石公主”号邮轮上新冠病毒感染病例已持续增加至454人，超过船上总人数的10%。
与此同时，在日本的陆地上，疫情也在快速发展。自2月13日以来，短短不到4天时间内，日本国内的确诊感染人数已从29人增加到70人，增加近1.5倍。更让人担心的是，其中接近一半的新增病例传染源头暂时不明。
在16日的专家会议上，一些声音呼吁日本府应当把重点从口岸封堵转向（本土）医疗体制的完善上来，以预防可能出现的国内疫情恶化。而另一些专家则进一步指出，日本国内的疫情扩散或已开始。
神户大学教授、传染病专家岩田健太郎16日晚在接受记者采访时表示，在这一关键时刻人们需要格外冷静应对。他认为，“目前疫情仍未发展到（日本）全国性蔓延，只有几个病例集群，病毒还不是无所不在的。但我们必须努力减少日本国内感染者的数量，包括邮轮上的二次传播和医院内的感染，尽可能地封堵病毒进一步的传播。”
2月6日，在日本横滨，“钻石公主”号邮轮靠岸准备接受物资补给
从海上到陆上，疫情升级
从2月3日至今，停靠在横滨港附近海面的载有3700多人的“钻石公主”号邮轮一直是日本乃至全世界关注的焦点。
2月17日，在最新一轮的检测中，又有99名船上人员被检测出确诊为新冠病毒感染者，这也使得这艘船上的总确诊病例人数上升至454人，超过船上总人数的十分之一。
17日凌晨，近400名美国乘客被美国政府的包机接走，其中14人在新冠肺炎感染检测中结果呈阳性。剩下的近3000人仍在船上忐忑不安地等候着14天隔离期的结束。没有人知道感染人数是否仍会继续上升。
日本政府宣布，将从18日开始对所有剩下的乘客进行检测。通过检测的乘客将可以在本周末前陆续下船。
日本卫生部门表示，其中在北海道、东京都、千叶县、神奈川县、爱知县与和歌山县等6个地区新增的12个病例有可能属于无法确认感染途径、本地传播的“社区感染”病例。
日媒报道称，日本此前的确诊病例或是到过中国，或是与中国游客有过明显接触史，但新增的这些病例却没有。这一新现象引起了日本政府和社会的高度关注。
其中，感染人数最多的病例与和歌山县此前并不知名的一家医院有关。在这家医院工作的医生、患者及其家属等5人被检测确诊。和歌山县知事仁坂吉伸认为，可能是在医院内部发生了传染，但至今仍不清楚最初病毒是如何被带入医院的。该院院长表示，最近1年内都没有中国人在此就诊。
在爱知县，一对曾于1月28日至2月7日在美国夏威夷旅游的60多岁的日本夫妇回国后确认感染。两人此前均没有中国旅行史，也没有接触过中国赴日人员，至今感染源仍不明。
北海道政府17日也宣布，札幌市一名确诊患者的感染路径不明，该患者出现症状前的2周内没有出过北海道，也排除了该患者与北海道最早的确诊者曾有接触的可能。
目前暂不清楚这些病例是否为二代、三代或更多代的感染者。日经中文网的报道援引厚生劳动省官员的话说，“如果人传人达到5次以上，很多时候就无法追踪传染的途径。”
日本承认进入“疫情发生的早期阶段”
针对这些新情况的出现，日本首相安倍晋三2月16日下午在首相官邸主持了一场专家组会议，商讨日本目前的新冠疫情状况以及应对措施。
出席专家会议的，除了首相安倍和厚生劳动大臣之外，还有国立感染症（传染病）研究所所长等12余名医学专家和律师。与会的专家们最后得到的结论是，日本目前已经进入到新冠肺炎疫情“发生的早期阶段”，但是决定暂不提高目前的警戒级别。
“政府仍然有能力追踪感染途径。目前日本和中国香港地区、新加坡处于同样的状态，在国际上日本的病毒传染情况并不突出。”与加藤胜信共同出席记者会的专家会议主席、国立感染症研究所所长胁田隆字判断道。
该小组的另一名成员也表示，“我们仍然处于疫情爆发的开始，病毒还没有大规模流行。”
2月16日，安倍晋三在首相官邸召开专家会议
2月14日，在横滨市召开的针对日本新冠疫情的紧急研讨会上，世界卫生组织（WHO）负责新型冠状病毒对策的日本专家进藤奈邦子就指出，日本国内疫情扩散或已开始。
与会的专家之一东京慈惠会医科大学教授浦岛充佳认为，目前日本疫情已经进入下一阶段，可能会在全国蔓延。 据他预计，最坏的情况可能是，“未来每天的新确诊病例持续成倍增长。一旦发生这种情况，政府将可能启动紧急状态法，禁止人们外出。”
浦岛充佳表示，2月将成为日本疫情的第一个关键期。日本国内是否会蔓延，关键看2月17日前后会不会出现新的感染者。“中国政府在1月27日停止了海外旅游团。假如在日本的中国团体游客当时已经大量感染，考虑到最长约2周的潜伏期及出现肺炎疑似症状等，至少要在17日前后才能得出（日本）是否发生大规模传染的报告。”他说道。