木村兵太郎是日本埼玉县人，1888年9月出生，毕业于陆军士官学校和陆军大学，历任参谋本部部员、驻德国大使馆武官、陆军大学教官等职。
1929年伦敦裁军会议时，他作为随员参加了会议，当时就积极主张摆脱西方国家对日本的约束，鼓吹自主发展军备。
“九一八”事变爆发后，木村先后任野炮第二十二联队联队长、整备局统制课长、兵器局长、第三十二师团师团长等职，1940年，升任关东军参谋长。
是时，由关东军挑起的诺门罕战役刚刚结束，日本中央军部迁怒遭受重挫的关东军，由梅津美治郎和木村兵太郎接替关东军司令官和参谋长职务。木村上任后，继续坚持陆军派的强硬立场，积极酝酿关东军特别大演习，筹划对苏开战。
1940年7月，东条英机就任近卫内阁的陆军大臣，上任伊始就暴露出实施军事独裁、发动更大战争的野心，积极拉拢和拼凑自己的亲信班底。
时为陆军大将的木村兵太郎成为东条的首选对象，被推举为陆军省次长。从这时开始，木村作为东条最为信赖的部属之一，伙同东条等人把战火烧向太平洋战场。
1941年10月，近卫内阁宣布总辞职，东条英机趁机登台组间，不仅出任内阁总理大原，还身兼陆军，军需、内务大臣等职，木村兵太郎虽然仍居陆军省次长之职，但实际上与军务局长武非章共同执掌起陆军省的大印，为东条内阁发动更大的军事冒险筹划一切。
10月24日，东条内阁主持召开大本营联席会议，按照陆军省提出的计划，全面部署了对美开战的一切事宜、会后，南方陆军部队迅建向作战地点集结，海军也以鹿儿岛为模拟作战场所，终日进行袭击珍珠港的作战演习。
在这一系列的军事部署中，木村是具体的策划者和指导者。11月5日，御前会议召开，最后批准了木村等人提出的陆军省对美、英、荷作战计划，决定于12月初正式宣战。
1939年3月9日，木村兵太郎被任命为日本侵略军第三十二师团师团长，从此他开始步入了职业军阀生涯，开始了对中国人民生命的践踏。木村兵太郎上任后不久，就立即准备对中国山东抗日根据地进行疯狂扫荡。
4月14日，木村兵太郎率领8000多名日军对鲁南抗日根据地进行扫荡，在他率队“出征”前对部队下达命令，要不惜一切代价全歼八路军及根据地，还要施行“三光”政策。
但是，当日本侵略军进入根据地后就遭到了八路军第一一五师的游击战的重创，气急败坏的木村兵太郎便命令日军士兵对手无寸铁的中国老百姓进行血腥屠杀，并将2000多名老百姓关押在新华院集中营做苦工。
从此，这座新华院集中营就成了中国劳工的“阎王殿”，很多山东劳工在被掳掠至日本和东北的伪满洲国之前，都会被送到新华院集中营进行“训练”。每一个被送到这里的劳工，每天都会被抽出200毫升的血，日军欺骗劳工们说是做化验，其实是供日军伤员输血，有很多人都因抽血过多而致死。有些反抗者会被严刑拷打，甚至被放出的狼狗撕咬。
集中营的墙上围着高压电网，很多逃跑的劳工都被电死在上面，而被抓回来的，死去劳工的尸体会被剥去衣物，用车拉到济南西郊的“万人坑”。济南的这座“万人坑”不过是日本侵略者在中国制造的无数“万人坑”其中很小的一座而已。
木村兵太郎命令伪满洲国的关东军将劳工送到矿区，并且命令劳工们在矿山附近挖“万人坑”，因疾病、矿区事故、劳累等各种原因死去的劳工就被埋在这些“万人坑”里。在吉林、辽宁、山西等地都有很多座埋着成千上万中国劳工尸体的“万人坑”。
木村兵太郎不仅在中国欠下累累血债，在日本侵略军入侵东南亚国家时，也率领着日军在东南亚犯下滔天罪行。
太平洋战争打响后，日本陆军相继占领了新加坡、菲律宾等地，1942年5月，又占领了缅甸。翌年8月，日本政府假惺惺地宣布承认缅甸“独立”，并在仰光设立日本驻缅甸大使馆。事实上，日本侵略军从占领东南亚及太平洋地域的第一天起，就露出凶残和贪婪面目，疯狂掠夺这里的资源，残酷镇压和屠杀当地民众，妄图以血与火维持殖民统治秩序。
其中，有被称作“巴丹死亡行军”的虐待英美战俘的恶举；有在新加坡，马来西亚等地疯狂“大检举”、“大逮捕”，屠杀无辜平民的暴行。
特别是从1942年11月至1943年10月间，日本占领军为了修筑泰缅铁路，强迫数十万英美军战俘和劳工在极端恶劣的环境下服苦役，先后有一两万名战俘和25万名劳工悲惨死去······这一切都是木村担任陆军省次长期间，日本军队在各地犯下的战争里行，除陆军大臣负有责任外，木村也难辞其咎。也会被日军使用极其残忍的手段杀害。
1944年7月，东条内阁被迫总辞职后，木村兵太郎出任缅甸派遣军总司令，木村上任以后，立即制订了3个作战方案：一是试图切断中印之间的地面联络；二是攻击曼德勒及伊洛瓦底江畔；三是抗击印度洋沿岸登陆的美英部队。
10月，木村兵太郎指挥驻缅日军大举向中国远征军发起进攻，但是在中国远征军的猛烈打击下，日军丢盔卸甲，四下逃窜。受到如此惨败，木村兵太郎在日军大本营前丢尽脸面，于是将一肚子的火气撒在了缅甸老百姓和俘虏的身上，命令部下对他们进行虐待与屠杀，一手制造了仰光大屠杀。
在战后接受审判时，木村兵太郎被揭发，在缅甸战争挫败后向部下下达了屠杀的命令，对部下樱井省三说日军损失多少士兵就两倍于这个数字的去屠杀缅甸百姓。当时，日军损兵6300多人。被杀的战俘中有中国的士兵，也有英美军队的士兵。从此，这个杀人魔头得到了“缅甸屠夫”的恶名。
此外，他对日本军队的残虐行为继续采取放纵的态度，甚至强征30余万名印度尼西亚壮丁充当“兵补”，驱赶他们到缅甸和新几内亚作战。
当时，随着日本海军联合舰队的崩溃，日军在东南亚各个战场也呈现出不可挽救的颓势。木村拼命组织军队固守阵地，力图扭转败局。不论木村兵太郎如何挣扎，也不能改变日本军国主义最终战败的命运。
至1945年年初，中美和英印联军逼近仰光，木村面临着岌岌可危的态势。4月23日，木村丢下部属和军队，只率几名随从乘侦察机仓皇逃出仰光，日本在缅甸等地的殖民统治宣布崩溃。
日本宣布无条件投降后，美国占领当局以木村参与和策划对美、英发动的侵略战争而将其列为A级战犯嫌疑人。
在远东国际军事法庭上，木村兵太郎百般抵赖，法官们想出了一个办法，让木村兵太郎和其他几名战犯互相揭发。于是东条英机、木村兵太郎、板垣征四郎、铃木贞一、星野直树几人被同时带上了法庭。
这些战犯在单独受审时都各个拒不交代，但是法官们的这一招让这些战争罪人一下都露出了老底。自己的罪行是不想承认，但揭发起别人来倒是个个起劲，再加上犯罪事实证据确凿，到最后，每个人都无从抵赖。
1948年11月12日，木村兵太郎被远东国际军事法庭判定犯有“共同谋议侵略战争罪”，对中国的侵略战争罪，对美国的侵略战争罪，对英国的侵略战争罪，对荷兰的侵略战争罪，以及“违反国际法的战争犯罪”等共计7项事名，被判处绞刑。
1948年12月23日凌晨，木村兵太郎在东京巢鸭监狱被执行绞刑，受到了应有的惩罚。