1938年5月，厦门沦陷，为了避免日寇骚扰，英华中学交由长老会办理，英国人李乐白担任校长，并悬挂米字旗。1941年12月8日，太平洋战争爆发，日寇占领鼓浪屿，英华中学被日伪接管，改称“厦门市第二中学”。直到1945年9月，抗战胜利才复办。许杨三为复办后首任校长。1951年，厦门市政府接收英华中学，并将鼓浪屿所有中学合并，称“厦门第二中学”。
厦门沦陷时期的鼓浪屿难民救济（来源： 鼓浪屿原乡人 ）
厦门岛沦陷之后，由于鼓浪屿是公共租界，日本军队还未马上实施占领，因此大批的难民逃亡到鼓浪屿避难，据有关史料记载大约有十几万难民涌入鼓浪屿，鼓浪屿一时人满为患，秩序大乱。特别是十几万难民的安置和生活成为当务之急。一个由11名中外人士组成的“鼓浪屿国际救济委员会”迅速成立，负责难民的安置工作和维护鼓浪屿的秩序。
难民们一部分被安置在工厂、教堂、寺庙和学校，一部分难民暂时安置在岛上居民的家中。但是大多数难民仍然无处安身，因此在鼓浪屿黄家渡的大片空地上用席蓬搭建了难民收容所的排屋供难民栖身。
当时鼓浪屿岛上的毓德女子中学校、英华中学校和所有的小学校都成了收容所，较大的楼房场所如礼拜堂、八卦楼、西林别墅、甚至私人楼房等都腾让出地方供难民居住。
毓德女子中学校的操场上都铺满了安置难民的被子或毯子。在学校操场和难民收容所被子或毯子铺在地上就是一家难民生活的地盘了。
国难当头，鼓浪屿人纷纷伸出了援助之手，与难民一起共度时艰。鼓浪屿岛上的许多人家都住进了难民。据原厦门市教育局副局长许十方讲述，他们位于鼓浪屿海坛路的主楼和附屋当时就安置了一百多位难民，依靠家里的一口水井维持生活。当时，很多人家是举家逃到鼓浪屿避难的。毓德女中的师生还举办为难民募捐的音乐会。在鼓浪屿岛上国内外各界人士和居民的帮助下，逃到鼓浪屿的难民得到了安置，在民族危难的关头，体现了鼓浪屿人的一种大爱和良心。
难民居住基本解决了，吃饭是个大问题，根据《美国归正教会在厦门1842—1951》一书的讲述，当时从厦门市区仓库运送了5000袋大米到鼓浪屿供应难民。位于岛上内厝澳的淘化大同和兆和两家华资罐头厂立即投入生产，工人全部开工，难民营组织志愿劳工前往支援，所有的蒸锅和锅炉都投入使用。煮好的米饭被分装在由美孚石油公司和亚细亚火油公司提供的空煤油罐中，鼓浪屿的难民组成了送粥队，把煮好的粥从淘化大同和兆和两家罐头厂挑到八卦楼、英华中学、毓德女中、黄家渡等难民收容处。每天以这种方式供应的餐食达到9万份，包括米饭和拌了酱油的豆子。
鼓浪屿难民收容工作得到外国和华侨的援助，侨居马尼拉的华人共捐助了30000元，新加坡的一位华裔商人捐助20000元，成包的旧衣服从四面八方寄来，甚至有从遥远的伦敦寄来的。当天气转凉时，20名难民营的妇女用从上海购进的15000元的材料缝制被子。美国归正教会也在美国内发起募捐，短时间就募得16000美元，一半用于厦门地区难民的疏散，其他援助中国其他各地难民。
鼓浪屿这样的小岛接受这么多的难民，严重缺乏生活的必需品，特别缺乏煮饭所需的木柴。“鼓浪屿国际救济委员会”通过与日本人的交涉，外国传教士们获准使用两膄小汽艇，在遵守日本人的规定和时刻表的条件下，可以航行到漳州和同安运送货物。日本人还准许鼓浪屿国际救济委员会用四膄舢板船从内陆运进急需的木柴和木炭。1942年1月8日，鼓浪屿工部局日本警长忠山贞夫被击毙于鼓浪屿康泰路，日本人出于报复取消了这些给予外国传教士们的优惠条件。
鼓浪屿国际救济委员会不断将难民疏散到其他地区，许多难民去了同安和漳州（日本军队没有占领和同安、海沧、漳州等地区），还有一些难民去了东南亚华人聚居地。根据林世岩先生讲述，当年难民逃往内地，要从鼓浪屿乘坐舢板船到达大屿岛，在这个无人的荒岛上等待，海沧嵩屿国民党驻军的船靠上大屿岛，才逐渐将难民运送到陆地，他和老母亲就是这样经过千辛万苦才又回到同安刘五店的老家。
1941年12月，珍珠港事件之后，美国正式参战，鼓浪屿连同鼓浪屿救世医院成为日本人的猎物，日本帝国主义的军队占领鼓浪屿几个月之后，鼓浪屿救世医院也遭到破坏，医院的一楼成为战俘营，关押着四十多名英国和挪威战俘，日本侵略者还将医院能够搬动的东西盗走，并严重毁坏医院的建筑结构。
日本侵略者占领鼓浪屿后，将岛上的学校全部更名，取消原有的西式教学，改英语教学为日语教学，强化“皇民”教育，奴化中国人。当时每个人每月只有供应2斤的糙米，有的还是发霉的，这些情况我还在孩童时代就常听我妈妈讲起，当时生活十分艰难，不少人为了获得一点吃的东西，专门要“走山场”，“山场”闽南语对当时禾山等农村的称呼，要徒步行走一二十里地，为着能够获得一点吃的东西。当时鼓浪屿岛上能够吃的野菜如“猪母菜”、“刺苋”等都被人挖光了。日本人还在一些重要的机构前派日本兵站岗，中国人走过去还要给他们行礼，否则就要挨打。听我妈妈说，当时在鼓浪屿八卦楼旁边的汇丰银行所在地，路口就有日本兵站岗，中国人能够绕路走的都经常要绕路行走。
抗日战争胜利到今天已经整整70周年了，前事不忘后事之师，我们不能忘记那些在中国人民遭受苦难时，伸出援助之手的人们；我们不能忘却在日本帝国主义侵略下人民遭受的苦难岁月，不能忘记那些惨死在敌人屠刀之下的同胞，更不能忘却为了民族解放，国家独立奋起抗争而牺牲的先烈们！