香港和新加坡的学校其实都不差，新加坡的学校在排名上会比香港的学校稍微高一点，但是基本上新加坡两所（NUS和NTU）能过简历关的企业，香港的学校尤其是香港前五所的学校基本上也都能过。
具体的差异我觉得主要还是体现在申请难度以及留学氛围等方面，以及不同学生有不同的考虑和需求上。所以这篇回答我会从留学成本、申请难度、两个地区的学校认可度等方面进行对比，并针对现在这个大环境下给出我的建议，什么样的学生适合去香港读研，什么样的学生适合去新加坡读研。
新加坡和香港的区别：
1. 排名上，新加坡主要申请的是新加坡国立大学（NUS）和南洋理工大学（NTU）这两所学校，这两所的排名很高，最新的QS排名中，一个是世界第11，一个是世界第19（NUS今年的排名有所下滑，之前一直和NUS分摊亚洲的一二名）。还有一所是新加坡管理大学，这个学校主要是商科的专业，因此虽然很牛但是在综排上很难见得到这所学校。
中国香港比较出名的是香港八大，其中香港大学（HKU），香港科技大学（HKUST），香港中文大学（CUHK）被称为港前三，最新的QS排名中都排在世界前40，但次于新加坡的前两所。然后是香港城市大学和香港理工大学，排名位于世界第50-70；其次是浸会（280+），和岭南以及教育大学（未上榜）。
总的来说，新加坡的学校排名高但是少，且申请难度比较大，香港的学校相较于新加坡来说排名比较低，但是比较多，且排名有分层次，适合不同背景的学生去申请。
2. 申请难度上，从排名上可以看出来，新加坡学校的申请难度，肯定是要高于香港的学校的。NUS和NTU这两所非常偏好本科是985、211学校的学生，所以他们的录取数据是将近80%以上的中国大陆学生都是985、211学校的学生；10%是海本的学生；剩下的才是双非（双非中还有一些比较牛的比如财经强校这种）。
而香港的学校虽然也偏好985、211的学生，但是人家学校多啊，港前三肯定是对本科背景要求高的，但是后面的几所，双非学生也有机会，只要你的均分够高。
同样一个专业，我整理了一些录取案例：
由这些案例可以看出，基本上拿到新加坡这两所学校offer的学生，都是985，211的学生，但是拿到香港学校offer的学生，哪怕是香港中文大学，也有双非的。
香港城市/香港理工这两所不仅适合双非但是其他背景不错的学生，也适合985、211但是均分比较劣势的学生，这两种情况的学生你应该能知道自己该选择哪个地区了。
3. 认可度/就业上，单说简历关的话，只要新二能过的，港前三以及港城港理工肯定也能过，但是口头上的认可度（闲来无事聊天的那种，或者是心理上的），新二和港三应该差不太多。
然后才是香港的其他学校，但基本上申请香港后面几所学校的学生，肯定是因为申请不到新加坡的前两所，所以关于这一点，没有什么太需要纠结的。
这几点综合起来，其实我的建议很简单：
- 如果你能够申请得到NUS/NTU（大概是需要985、211的本科+85以上的分数），那我建议你新加坡肯定要申，港前三跟这两所一起申，防止自己失学。
- 如果自己的背景够不着新加坡的两所，那香港肯定是首选。
除去这一点，如果你又能申请到新加坡又能申请到港前三，但是还在纠结去哪里，我猜你有这几点顾虑：
1. 费用上：新加坡和香港的硕士都是一年制，并且学费和生活费也没有差很多，文社科大概都是25-30万人民币（香港可能要便宜一点），商科是40万人民币左右。所以这块儿没太大区别。
2. 留学氛围上，香港不用说了，硕士的话基本上80%都是大陆的学生；新加坡的华人也很多，所以这两个地区在留学氛围上是基本上没差的。
3. 就业上，香港的话其实离内地更近（尤其是深圳），如果你是想要在读期间实习或者是马上毕业后抓紧时间赶上校招的，香港有一个更优势的地理位置。当然回大陆就业的话，大形势上，还是新加坡连两所以及港前三站在第一梯队上，大概相当于内地之中上游985、211的认可度（不过留学生有留学生的优势）。
4. 移民方面，香港的学校毕业之后是会给IANG签证的，就是你毕业之后可以无条件在香港逗留一年，一年后找到工作后可以续签，7年可以拿香港身份（包括读书的一年）；新加坡的话，移民也不难，毕业后找到工作（不过新加坡的HR更倾向于招local），一般3-6个月的时间就能办下来。
留学移民基本是现在最简单粗暴的移民方式，如果你是抱着移民的目的，那建议首要选择是去香港或者新加坡留学（看你是想要去哪里，但我还是那句话，新加坡学校的申请难度普遍要比香港的学校高）。
以上，希望对你的选择有所帮助，加油！