马来西亚是东南亚半岛与东南亚岛屿之间的过往通道，在解剖学方面的研究，至少在6万年前此地就有人类生活了，不同时期人口堆积造成这里的遗传复杂性，一直缺少充分研究。为此，学者对来自马来半岛的五个土著群体，和一个来自北婆罗洲的 15 个个体的全基因组进行了测序。研究结果表明，马来西亚的原住民在遗传上接近东亚人群。但两者之间本质上是不同的。马来西亚原住民塞芒人与南亚的安达曼人群之间的遗传亲和力表明，这两个群体可能存在古老的联系。研究还表明，塞诺伊人（Senoi）和 原始马来人（Proto-Malay）可能是 塞芒人（Negrito）和东亚人之间的混合体。
马来半岛所在位置
当今的马来西亚原住民属于和平文化狩猎采集人群（ Hoabinhian ）和新石器时代农民的混合。从南亚安达曼人群流入马来西亚原住民的遗传成分，并没有流入北婆罗洲的杜顺。另外，这些马来西亚原住民至少起源于三个不同的祖先群体，这些群体与和平文化人群、新石器时代农民和南岛语人群有关。
马来西亚的原住民被称为“Orang Asli ”，他们占马来西亚人口的 0.7%，并根据其形态和民族语言特征分为 3 个主要群体：塞芒人（Semang或Negrito）、塞诺伊人（Senoi）和原始马来人（Proto-Malay或Melayu Asli）。这三大群体下面还有很多分支，不同分支之间的成分可能存在差别。
塞芒人
“塞芒人”被认为是马来半岛最早的一批居民后裔，他们讲南亚语系，肤色较深。成年男性平均身高约154公分，女性约143公分，是世界上最矮的民族之一。当欧洲航海者第一次见到他们时，认为他们是和非洲俾格米人同一个祖先，于是将他们称为Negrito（尼格利陀），西班牙语意为“小矮黑人”。然而，这种看法已被人类学者抛弃，因为除了较深的肤色和鬈发外，塞芒人与非洲俾格米人没有太多相似之处。
塞诺伊人
“塞诺伊人”讲南亚语系，个子较高，肤色较浅。是原住民中人口最多的一群，超过10万。
原始马来人
“原始马来人”讲南岛语系，肤色相对较浅，直发，是最晚进入马来半岛的原住民，关于原始马来人的起源，有云南说、海员说、台湾说，想从文化角度理清这些问题，还是非常棘手。因为马来风俗与印度阿萨姆风俗有相似之处，马来语和柬埔寨语是近亲语言，马来语与台湾南岛语关系程度存在争议，是否源自台湾，还是源自云南，或者是个复杂的融合过程，现在未能解决。
马来西亚的史前考古
考古方面，由于地质条件不利于保存，东南亚半岛发现的史前遗迹非常有限，不过也有一些收获，在霹雳州发现了10,000 至 11,000 年之间的“霹雳人”（Perak Man）。年龄在40-45之间，身高157厘米，曲肢葬，过着狩猎采集生活、埋葬地发现了几件石器和大量河 贝壳。不过，目前还未进行DNA研究。
霹雳人复原图
Guar Kepah 考古遗址发现了距今5700年前的和平文化时期的 “槟城女人”骨架。通过牙齿测试证明她在30至35岁时死亡，身高约150厘米，曲肢葬，对骨骼组织的测试得知，她从海鲜或河流中摄取了大量蛋白质。马来西亚理科大学的研究人员和巴西的 3D 设计专家共同完成了对“槟城女人”法医面部重建。
槟城女人复原图
古代DNA
目前马来西亚发现超过2000年历史的古DNA只有三例。
距今4300年的Gua Cha-Ma911(和平狩猎采集文化)， Y：D-M174，MT：M21b1a。
距今3400年的Gua Cha- Ma525(和平狩猎采集文化)，mtDNA为N9a6a，与现代原始马来人的Seletar人中的N9a6b是姐妹关系。
距今2400年的Gua Cha-Ma912（农业人群），Y：O-FGC29900 (O1b)，MT：M13c。
国际研究团队通过对基因组数据进行比较发现，距今4300年的马来西亚Ma911和距今8000年的老挝Pha Faen在遗传上与今天安达曼群岛的翁奇（Onge） 和加洛瓦人（Jarawa）以及马来西亚的Jehai（塞芒亚群）接近。令人惊讶的是，与当今其他东南亚人相比，Ma911、Pha Faen与日本爱知县古代绳文人的遗传亲缘关系更高。
马来西亚人的母系与父系构成
原住民母系方面，在“塞芒”中观察到了R21、M21a、M13b1、M17a 和 F1a1a五种单倍群。“塞诺伊人”中观察到 N22a。“原始马来人”Jakun中观察到E1a2，Seletar中观察到 N9a6b。
与上段来源不同的资料，Malay即非原住民的马来人
来源不同的资料,Melayu即非原住民的马来人
父系方面，原住民中发现了R1a1a1b2a、R2a、K2b、K2b1 和 O2b1（老O3b） 单倍群，在塞芒和原始马来人Seletar中观察到的K2b及K2b1在其它东南亚土著和大洋洲人群中也有报道。有趣的是，在塞芒人中发现了R2a 和 R1a1ab，他们主要分布于南亚、中亚等地，是明显较晚进入马来半岛的类型。总的来说样本量少，可能还存在其它类型。
上图非原住民的马来人父系数据，O3=现O2，O2=现O1b。
PCA分析
图中安达曼的翁奇人（Onge） 和加洛瓦人（Jarawa）聚集在一起，与其他人群不同。然而，他们似乎最接近巴布亚人（Papuan）和美拉尼西亚人(Melanesian)。马来西亚塞芒人亚群虽然更接近东亚人，但显示出倾向大洋洲和安达曼的趋势。其余的原住民，例如塞诺伊人和原始马来人以及新加坡马来人位于塞芒人和东亚人之间，表明这些群体可能混合在这两个人群之间。然而，在 PC4 上，塞诺伊人和原始马来人群体更接近东亚人，这表明所有这些人群可能有一个共同的起源。
ADMIXTURE分析
为了确定可能在原住民中形成遗传结构的关键祖先成分，应用了 ADMIXTURE 分析。从K = 2 到K = 12 的结果显，每个人都表示为一个垂直条，他们相应的祖先成分用不同的颜色表示。不同的颜色代表不同的血统。
如前所述，K = 2 将中南亚（红色）和 东亚（黄色）分开，后者似乎是所有原住民组的主要组成部分。从K = 3，出现了安达曼成分（粉红色）。这一成分在大洋洲人中也有相当多的表现，而在马来西亚黑人中则较少。
在较高的K = 4 和K = 5 时，分别出现了 塞芒（深绿色）和 大洋洲（深蓝色）分量。在K= 9，所有塞芒人亚群都表现出相似的祖先模式。然而，在一些塞芒个体（尤其是 Mendriqs）中观察到了一小部分其他祖先成分（以黄色和紫色显示）。
K = 9的结果还表明，两个塞诺伊人亚群具有不同的祖先模式。紫色血统成分在 MahMeri 中最高，但也存在于原始马来语和马来语中。CheWongs 似乎有MahMeri、塞芒和东亚成分。在K = 11 时，CheWong 出现明显差异。
在原始马来人中确定了不同的祖先模式。在K = 9时，Jakun 和 Temuan 具有相似的祖先成分，但有一个独特的实质性成分（以浅蓝色显示）仅存在于K = 6 的实里达。ADMIXTURE 结果进一步支持了原住民的独特性。
综上
总得来说，与南亚或大洋洲的相比，整体的马来西亚原住民血统更接近东亚人。然而，结果也支持马来西亚人和安达曼人之间遗传亲和力的证据。安达曼人、马来西亚塞芒人和美拉尼西亚人之间存在联系。
在更精细的范围内，塞芒人亚群明显不同于东亚人群。这种独特的模式可能是由遗传漂变引起的。他们与该地区的其他居民隔离的时间更长。“属于”塞芒的祖先成分（深绿色）也在东南亚和华南人群中传播。然而，虽然塞芒人主要分享这一祖先成分，但马来语人与东亚人和塞诺伊分享了更多其他祖先成分。这表明他们与邻近人群（最有可能是马来人）之间的基因流动较新。塞芒Jehai报告了类似的观察结果。
学者认为，马来西亚的原住民起源于多波移民事件。最早的一波始于走出非洲的首批人群的直系后代，即更新世晚期占领马来西亚半岛北部的“和平”人群的后裔，他们在遗传上与安达曼人有很密切的亲近关系。随后来自东南亚大陆的早期原始农民，他们占据了马来西亚半岛地区并与当地居民有过互动，可能是这些东南亚农民将南亚语系引入了塞芒人中。随后，南岛语人群也从中国南部（如台湾）或东南亚其他岛屿的多批迁移。研究确定了1500-750年前，马来人群中的四种主要混合祖先成分：南岛人、原始马来人、东亚人和南亚人。
马亚原住民塞芒的一个亚群Jehai人
南亚印度洋上的安达曼人
大洋洲的布干维尔人