宫崎滔天生于玉名郡荒尾村（今熊本県荒尾市），是家里末子。
其父宫崎政贤（宫崎长兵卫）是一位相士。宫崎滔天与其兄长合称为宫崎兄弟。宫崎兄弟自幼跟父亲学习家传来的二天一流剑道刀法。
后来，他求学于大江义塾・东京専门学校（今早稻田大学）。在学校中滔天第一次接触自由民权运动的思想，并由此开始关注亚洲的革命运动。于同一时期他皈依了基督教。
1888年滔天与二哥商议“目前的世界，是一个弱肉强食的战场。强者逞暴，日甚一日，弱者的权利与自由，一天天地丧失殆尽。假使有人重人权、尊自由，就必须速谋恢复之策。现在如不设法防止，则黄种人将永远遭受白种人的压迫。而这个命运的转折点，实系于中国的兴亡盛衰。……决意亲自深入中国，遍访英雄，游说他们共图大事。如果找到治世豪杰，原效犬马之劳，否则，将挺身自任。……思深入中国内地，一心以中国人为念，思想当谋及百世，收揽英雄，以奠秉天意、树正道的基础。倘若中国得以复兴，申大义于天下，则印度可兴，暹罗、安南可以奋起，菲律宾、埃及也可以得救。广泛地恢复人权，在地球上建立一个新纪元”，从此立志投身中国革命并退出教会。
1891年5月宫崎滔天第一次西渡中国，被友人日下部正一骗去旅费，困于上海囊中羞涩，投奔宗方小太郎，后来因与同在上海的黄尾精等意见分歧，遂作罢回国。回国后，他接到外务省的任命，被派去调查中国秘密结社的情况。从而开始了与中国革命党人的联系。
1893年，滔天拜访朝鲜开化派领袖金玉均，邀其支持中国革命，玉均欣然应允，并藉此结识玉均友人犬养毅等。不料第二年（1894年）金玉均在上海被刺杀，在其追悼会上结识渡边元。同年甲午战争爆发，滔天拒绝应征。
1897年，宫崎滔天结识了孙中山，将孙中山英文著作《伦敦蒙难记》译成日文，从此以后开始为中国的革命运动提供帮助。
1898年，同戊戌政变后逃往香港的康有为一起，回到日本。
1899年，美菲战争爆发，宫崎滔天在朝野间斡旋，并参与了介入战争的计划。
1900年，滔天前往拜见在新加坡的康有为，劝说其改保皇转而支持孙文革命。却与康有为冲突，而被指控为刺客，受到警方追捕。宫崎滔天随后逃往香港。10月~11月惠州起义时期，初战皆捷，滔天负责从日本调运原菲律宾革命党人所留军火补给前线，不料所委托的商人中村弥六私吞起义经费，私售所屯军火，使武器补给不济，起义遂告失败。次年1月间得知山田良政、史坚如、杨衢云等死讯。滔天痛定思痛，随后通过远征千岛群岛的郡司成忠将军，找到了军火商仓地铃吉，仓地自此成为“中国革命的唯一幕后支持者”（宫崎龙介语），保证了军火供应，最终解除了革命的后顾之忧。
惠州革命受挫后滔天因穷困潦倒，又不愿加入政府的对华间谍组织，而转职成为一名浪花节作家，师从桃中轩云右卫门，自己的艺名为桃中轩牛右卫门。借巡演往日本各地筹措革命经费。滔天在这一时期曾对家人说“我能挣到革命的经费，而无法挣到养家的经费，万分的抱歉，请你们自食其力吧。”
有趣的是早年间滔天曾偶获琵琶一把，陈少白作诗一首相赠，不料一语成谶，此后时常被滔天拿来调侃，诗云：
流落浔阳妇，冰弦诉别情。
吴门乞食客，亦作洞箫声。
英雄漂泊红颜老，同抱琵琶委秋草。
赠尔琵琶作伴游，一拨十年常潦倒。
宫崎滔天曾与孙中山谈及革命事业，高叹在日本国内的计划终是无法实施，加上资金短缺，使得宏伟的政治蓝图总成画饼。
1902年，发表自传《三十三年之梦》，详述与孙文的革命历程，成为研究孙文、辛亥革命和中日关系史的重要资料。本书中之孙文序(原为日文)赞之云： “宫崎寅藏者，今之侠客。识见高远，抱负不凡，具怀仁慕义之心，发拯危扶倾之志。日忧黄种陵夷，悯（中国）削弱。数游汉土，以访英贤，欲建不世之奇勋。襄成兴亚之大业。闻吾人有再造（中国）之谋，创兴共和之举，不远千里相来订交，期许甚深，勖励极挚。方之虬髯，诚有过之。惟愧吾人无太宗之资，乏卫公之略；驱驰数载，一事无成，实多负君之厚望。”1903年由章士钊节选并翻译，以《大革命家孙逸仙》为名出版，随即“风行天下，人人争看，竟成鼓吹革命之有力著述”（章士钊语），滔天之名始盛。
1905年，中国同盟会成立，宫崎滔天成为第一批外籍会员，介绍黄兴与孙中山会晤。后来，他的家成了同盟会机关报《民报》的最早发行所。次年7月与萱野长知等创办《革命评论》，以文字宣传支援《民报》与中国革命，协助革命派与改良派论战，撰文介绍孙的革命主张与事迹。
1907年成功居中调和了孙、黄矛盾，同年黄兴将子一欧托与滔天照料。1910年滔天被日本政府列为甲号社会主义者，遭严密监视。
1912年，宫崎滔天参加了孙中山就任临时大总统的仪式。 8月力阻孙中山应袁世凯之邀北上，10月离华回国。
1913年3月，孙文造访宫崎家，据熊本日日新闻的报道，孙中山的致词摘要：“中山先生来到宫崎家，对其家人和聚集来的荒尾村民发言说，‘时隔十七年欲重返荒尾村，目睹眼前那熟悉的景致，不胜欢喜。宫崎寅藏君及其过世的兄长弥藏君，均与予有深交。并为吾国之事业而竭尽全力相助。俏若日华（中) 两国的友谊能如吾等之君子之交，予坚信一千年一万年之后的两国之友谊，也定会携手共进，和睦友善。同时也将会不断促进两国的发展和为人民造福。对能栽培出如等重仁义道德，为邻国而倾力心血的宫崎君义士的荒尾村，以及诸众乡亲等，予将深表谢意。在此前向平冈村长及各位仁人义士们，表达予之敬佩之念。’致辞之后，一同人士到前庭摄影留念，下午2时30分从该处出发前往万田坑。”
1915年为改变大隈重信内阁的对华政策，实现反袁援孙，试图参政。在犬养毅、头山满、寺尾亨、阪本金弥等6人的推荐下充当众议院议员候选人，落选。
民国建立后，中日关系日益交恶，滔天自然也难为一般国人所悦纳，亦不见容于日本政府，时势与环境已不容许他如早年般积极投入中国革命，但其热诚不减。曾激烈痛斥袁世凯的倒行逆施，亦曾对二次革命、护国运动、第三次革命（护法运动）寄予殷切厚望，对逃亡的革命党人给予全力庇护。是中国革命那段艰难岁月中的一位可贵朋友，他曾叹息国民党的腐化堕落，说道：“如不刷新革命精神，决不能达到目的”。
1918－1921年滔天为《上海日日新闻》撰写大量时评，抨击日本的军国主义与侵略扩张，主张日本同各国应发展相互平等的关系，尖锐批评寺内正毅内阁的援段压南的外交政策。
1921年孙中山在广州再次组织了革命政府，修三封电报力邀宫崎滔天来广东。宫崎滔天立即兼程前往，从初夏呆到深秋才返回日本，不料此一会，竟成诀别。归国后滔天身体日见不佳。
1922年12月6日，宫崎滔天病逝，终年51岁。遗骨分葬于其故乡熊本县荒尾市与新潟县东颈城郡下保仓村显圣寺。著作编为《宫崎滔天全集》。在听闻噩耗之后，孙中山痛呼“中国人民失去一良友”，在上海亲自主办追悼会。
宫崎滔天的日版《三十三年之梦》在二战后由平凡社出版第四版时，滔天之子龙介在补充加入的《先父滔天的一些事迹》一文中透露了随后发生的两件大事：“一、1912年南京临时政府成立后孙与黄筹划兴师北伐，统一中国。为筹办军费、武器进行了种种计划。后得到了时任三井物产公司上海支店店长的藤濑政次郎等人的大力帮助，三井公司同意提供300万日元的武器贷款，但不幸受到了来自日本政府官方某些人员的干涉，致使这项借约没有生效。导致北伐计划全盘落空。南方被迫与北方妥协。二、1913年（民国2年），孙文以国宾资格访问日本，秋山定辅说服桂太郎公爵，滔天说服孙文，使两人会见，密订大亚细亚计划的基本方针。公爵认为日俄战争之后，日英同盟已无继续之必要，决心将同盟换为日德同盟，并与俄国磋商。使日本在亚洲地区得以行使独立自主的外交，而将中国之事完全交予孙文，加强与孙氏策划亚洲各民族独立与联系。刚似看见日本政府支持南方事业的曙光，桂公爵旋即去世，所订密约随之作废，自此之后，日本政府便复与英国一起采取单独支援北方政府的政策。”当然，历史虽充满了但是，却没有如果。