当你醒来时发现一切只是一场《纯黑的噩梦》，于是你化身《漆黑的追踪者》去寻找《业火的向日葵》，但是却被《异次元的狙击手》阻拦，于是你去求助《第十一个前锋》让他帮你，就当《沉默的十五分钟》过去之后计时《引爆摩天楼》轰然倒地，第《十四个目标》跑了出来指引你们找到了《绝海的侦探》,他带你们来到了《世纪末的魔术师》最后的魔术秀，打开了《绀碧之棺》得到了《绀青之拳》，然后带着它登上了《天空的遇难船》，看到了《瞳孔中的暗杀者》。在《通往天国的倒计时》当中，你仿佛看到了《贝克街的亡灵》，就在他准备冲过去的时候，《侦探们的镇魂歌》突然响起，就在这《战栗的乐谱》声中发现自己在那《迷宫的十字路口》上，你看到了《银翼的魔术师》，他变出一朵花，告诉了你《水平线上的阴谋》并为你播放了一曲《唐红的恋歌》，而你却成为了最后《零的执行人》。
剧场版M1:引爆摩天楼【1997】
引爆摩天楼
被引爆的摩天楼指的是米花都市大楼，这栋大楼的设计者是完美主义者森谷帝二，他为了报复工藤新一，毁了他设计的所有不完全对称建筑。由于泡沫经济崩溃经费紧张，米花都市大楼被设计成不完全对称的建筑，成为了森谷帝二最失败的作品。由于《引爆摩天楼》是柯南剧场版系列的试水之作，沿用了TV版的模式，取名上过于直观，毕竟是第一部，没有考虑那么多，当时谁也没想到剧场版会获得空前成功。这部剧场版最令人称道的是小兰不想剪断的红线，如果以红线为题或更有意境，比如“缱绻的红线”。
剧场版M2:第十四个目标【1998】
第十四个目标
第十四个目标指的是村上丈。《第十四个目标》是凶手按照扑克牌黑桃K到黑桃1的顺序进行行凶，受害者皆与毛利小五郎有关。代号14,则意指扑克牌中的小丑牌，也就是凶手手中的王牌，是其犯罪的最后一环。也就是说，当凶手完成复仇后，需要有个替罪羊给整个犯罪阴谋画上完满的休止符。而刚出狱的村上丈是最好的人选。村上丈之前是桌牌师，凶手给犯罪现场留下“扑克牌”的标签，就是为误导警方，以图村上丈为其背罪。
剧场版M3:世纪末的魔术师【1999】
世纪末的魔术师
《世纪末的魔术师》上映于1999年，20世纪末，说起《柯南》中的魔术师很容易就想到怪盗基德。但看完剧场版之后，我们就会发现“世纪末的魔术师”并非指怪盗基德，是指“回忆之卵”的制作者喜一先生，而且"世纪末的魔术师"还是城堡机关的密码。喜一先生喜欢设计机关，他16岁时参加1900年万国博览会，展出了活动木偶。“世纪末”是19世纪的最后一年——1900年，设计出“回忆之卵”如此精密艺术品的喜一先生无愧于“魔术师”称号。
剧场版M4:瞳孔中的暗杀者【2000】
瞳孔中的暗杀者
谁的瞳孔？小兰的瞳孔。她看到了什么？看到了凶手。小兰的一次失误，导致了佐藤警官遭到凶手的枪击，手电筒的亮光令小兰目击到了凶手的身影。然而，眼见了佐藤警官淋漓的鲜血，小兰精神受到了极大冲击产生了逆向健忘。凶手并未放过小兰，多次伺机暗杀小兰，不管是在医院、在地铁站，亦或在公园，小兰的安全总是岌岌可危，因为暗杀者如影随形。终于，小兰面对凶手的枪口恢复了记忆，赤手空拳制服了凶手。
剧场版M5:通往天国的倒计时【2001】
通往天国的倒计时
天国，灵魂升天以后居住的地方。倒计时，炸弹临近爆炸的滴答声。影视作品中，关于炸弹有条狗血定律，炸弹总是在最后一秒被拆除，或者在爆炸的最后一秒逃出升天。《通完天国的倒计时》打破了最后一秒定律，在末尾，少年侦探们驾驶红色跑车，倒数时间，利用爆炸冲击波的冲力，成功跨越两栋大楼60米的间隔，绝处逢生。一般来说，炸弹的倒计时是死亡的颤音，而在《通往天国的倒计时》中蜕变成生存的希望之音。值得一提的是，《唐红的恋歌》中，服部平次和和叶驾驶摩托车从皋月堂火海逃生时，复制了这一神技能。
剧场版M6:贝克街的亡灵【2002】
贝克街的亡灵
贝克街的亡灵，泽田弘数的灵魂。10岁的天才少年泽田弘数所处的国家教育体制下，被当成沉溺于玩电脑的怪孩子，孩子的个性成长被压抑，后随母亲来到美国，被辛多拉社长收留。而辛多拉社长只把他当作生财工具，尽管泽田弘数的才华得到尽情发挥，但长期的禁锢使他失去了本该属于他这个年龄的东西。于是他选择了离开这个世界，自己的灵魂留在了体感虚拟游戏“诺亚方舟”内。参与游戏的柯南一行人选择了旧时代的伦敦贝克街的悬疑游戏，泽田弘数借用了褚星的数据，一起参加了游戏。泽田弘数之所以参与进来，就是为了跟孩子们一起游戏和玩耍，哪怕一次也好，因为长时间的工作早已失去了欢乐的童年。孩子的童年只有一次，尊重孩子的天性，释放孩子的个性，孩子们才能积极乐观地面对生活，并且时常闪动着智慧与创造的灵光。
剧场版M7:迷宫的十字路口【2003】
迷宫的十字路口
当站在十字路口，做出正确的抉择，必须要找到关键点。日本旅游胜地京都，街道纵横交错，十字路口星罗棋布。为了方便记地名，京都人把地名变成一首童谣《丸竹夷》。《迷宫的十字路口》有三处谜语待解，佛像的所在之地、牟庆抽屉内的宝刀以及佛像在寺内的藏身处，前两者的解谜线索是童谣《丸竹夷》，第三者的解谜线索是寺院的形状。画谜、牟庆石、寺院的“玉”型，均指向了破谜的关键那一“点”。理解了那一“点”，就好比找到了迷宫的出口。
剧场版M8:银翼的魔术师【2004】
银翼的魔术师
银翼的魔术师，这回当然是指怪盗基德了，银翼是指怪盗基德飞翔翼。《银翼的魔术师》主要讲述的是空难危机，飞机迫降成为剧场版后半程的内容。飞机安全着陆的关键一环是需要跑道的指引灯。怪盗基德跳下飞机，空中飞翔的银翼成功吸引了中森警官的注意，追逐基德的警车在跑道上沿码头边缘排开，警车上的警灯形成了跑道上的指引灯。《银翼的魔术师》怪盗基德的风头盖过了柯南，喜欢基德的同学千万不要错过。
剧场版M9:水平线上的阴谋【2005】
水平线上的阴谋
水平线，意为海平面，指在海平面上发生的谋杀事件。所谓阴谋，即指用基于事实的谎言，引导对方犯大家公认的错误。《水平线上的阴谋》的故事发生在海平面的豪华客轮上，在豪华客轮上发生的凶杀事件是密室杀人的特殊形式，根据片名得知一开始就露面的凶手日下宽成并非真正的凶手，真正的幕后黑手另有其人，这部片名一开始就想告诉大家眼见不一定为实。
剧场版M10:侦探们的镇魂歌【2006】
侦探们的镇魂歌
四位侦探，毛利小五郎、工藤新一、服部平次和白马探（怪盗基德假扮）。他们阴差阳错地跌入了伊东末彦一行人的陷阱中，毛利小五郎、工藤新一、服部平次，还有少年侦探团们，落入了伊东末彦设计的圈套，带上来装有微型炸弹的ID,与此同时怪盗基德也遭到追杀。他们共同的目标就是找到事件背后的真相，化解死亡危机。镇魂歌，这个词经常在日语中出现，人与人相遇的那一刻，命运为之疯狂，灵魂为之颤动。
剧场版M11:绀碧之棺【2007】
绀碧之棺
绀碧之棺指的是神海岛的宝藏之地。在日本，绀碧原意为深蓝色，让人第一时间联想到大海。片中的“神海岛”则为日本冲绳群岛中的绀碧岛，神海岛上流传着两个传说，一个是沉入海底的古代遗迹"海底宫殿"，另一个是300年前真实存在的女海盗"安妮·邦尼"和"玛莉·雷德"遗留下来的财宝。“棺”是神海岛内如灵柩般的海底洞窟，这个洞窟是300年前的赖亲岛因地震沉入海底形成。洞内停泊一艘安妮期待着与玛丽再度扬帆出海的海盗船，这艘海盗船在300百年后的今天，踏上了第一次也是最后一次的航海之路。
剧场版M12:战栗的乐谱【2008】
战栗的乐谱
“战栗的乐谱”有两层含义，第一层含义，是指凶手为堂本音乐学院7名音乐家中的一个，这7名音乐家堂本一挥 、秋庭怜子、汉斯·穆勒、谱和匠、河边奏子 、千草拉拉 、山根紫音的名字连起来就是哆、来、咪、发、梭、拉、西；第二次含义，是指与炸弹联动的那个琴键，琴键与管风琴音管相联，音管里被安放了传感器，使得琴键传出的声音有了微妙的差别。琴键一旦敲下，管内的传感器就会感应气流传输信号，接收到信号的炸弹马上被引爆。
剧场版M13:漆黑的追迹者【2009】
漆黑的追迹者
追迹者爱尔兰，是黑衣组织的谍报人员，他混入警察队伍的目的是找到存有组织内部人员资料的记忆卡，这一次黑衣组织变得被动，必须先警察一步找到记忆卡。爱尔兰在调查的过程中发现了柯南的真实身份，所幸的是，爱尔兰与琴酒一伙有间隙，最终爱尔兰为保护柯南而牺牲。临终前，爱尔兰鼓励柯南无论如何都要追下去。
剧场版M14:天空的遇难船【2010】
天空的遇难船
天空的遇难船指的是巨型飞船贝尔·雪利二世号，全长246米，最大直径42.2米。这艘飞船是铃木园子叔叔次吉郎再次挑战怪盗基德而斥资制造的。恐怖组织红色暹罗猫登上了飞船，并劫持了全体船员。他们首领打算利用飞船制造生化恐慌，驱使人们去避难，好乘机盗走国宝大佛。巨型飞船不是为密室事件而准备的，而是为了让柯南有足够的空间大展身手，上演“虎胆龙威”营救。
剧场版M15:沉默的15分钟【2011】
沉默的15分钟
15分钟，当遭遇雪崩时黄金救援时间是15分钟，人被雪活埋15分钟生还的机率是微乎其微的。雪崩后人被埋在雪下，随着时间的延长，人体的核心温度会降到32度以下，人体部分器官会停止工作，人体为了首先保证心脏的工作，四肢会最先降温。因此，被埋在雪下的柯南会自呓身体无法动弹。行将昏死的柯南在爱情的感召下，用最后一丝气力发射足球，在被埋15分钟后成功获救。
剧场版M16:第11个前锋【2012】
第11个前锋
第11个前锋是主角柯南自己。“第11个前锋”来自于凶手的警告信，“……若想阻止我，就成为第11个前锋来找我”。凶手的目标是J联赛，要求J联赛的前锋带上红色护腕，在球迷不知情的情况下踢中球门横梁中央的炸弹感应器。在90分钟的比赛时间内，10位王牌前锋在极限状态下接连击中了球门横梁，化解危机。而身为第11个前锋的柯南，踢出一记优美弧线，粉碎了凶手的阴谋，捍卫了足球的荣耀。
剧场版M17:绝海的侦探【2013】
绝海的侦探
这一部剧场版的取名有误，真正的片名应该是《绝海的探侦》。“绝海的侦探”并不是指驱逐舰上的侦探们，而是指装配在驱逐舰舰首两侧的相控阵雷达。雷达虽然其貌不扬，但侦测距离超过450公里，可同时追踪200个以上的目标。在发现小兰落海后，柯南他们就是利用雷达系统接收小兰电波表发出的信号，准确找到了在海面上漂流的小兰。
剧场版M18:异次元的狙击手【2014】
异次元的狙击手
狙击手是凯文吉野，前海军陆战队上士。凯文吉野为了报答蒂莫西亨特的恩情，联手亨特手刃仇人。说到异次元，很多人都会联想起时空隧道、高维空间之类的词汇。在本片中，异次元是指三维空间，凶手的狙击点在二维的地图上是无规则的、无指向性的，但从三维空间的角度去观察，回得到一个正五边形。凶手为祭奠亨特在天之灵，把狙击点设计成象征银色星型勋章的图形。
剧场版M19:业火的向日葵【2015】
业火的向日葵
业火，佛教谓恶业害身如火，亦指地狱焚烧罪人之火。剧情围绕着梵高的名画《向日葵》系列展开，其中以《芦屋向日葵》和《花瓶里的十四朵向日葵》为主。《芦屋向日葵》的重现于世的故事是虚构的，1945年广岛核爆的同一天，美军对芦屋进行空袭，《芦屋的向日葵》在这场浩劫中被焚毁，从此人间消失。以“业火”做定语，似乎在控诉这件艺术品因战争而蒸发的悲剧。
剧场版M20:纯黑的噩梦【2016】
纯黑的噩梦
《纯黑的噩梦》的女主是动漫人气御姐库拉索。“纯黑的噩梦”是库拉索的噩梦。片中，真正属于库拉索的回忆只有一天，也就是她失忆的那一天。而在此之前，库拉索因触犯黑衣组织的核心利益，记忆被剥夺，沦为二号人物朗姆使用的工具。人一旦没有了回忆，就会陷入自我认知的危机中，因此，黑衣组织对库拉索而言就是梦魇，觉醒后的库拉索第一件事就是摆脱这种噩梦般的生活，做回真正的自己。
剧场版M21:唐红的恋歌【2017】
唐红的恋歌
唐红，即深红色，唐红一指层林尽染的枫叶颜色，二指京都仿唐风格的古建筑，片名中的“唐红”指明了故事发生的季节和地方。恋歌，这里是指百人一首和歌，因为百人一首里有很多表达爱情的诗歌。《唐红的恋歌》中通过远山和叶和大冈红叶的歌牌对决，讲述了这么一个关于爱情的道理，真正的爱情无关乎成败输赢，无需刻意去证明，它在心不在境。简而言之，就是确认过眼神，遇上对的人。
剧场版M22:零的执行人【2018】
零的执行人
零是指降谷零，即安室透，零的执行人说的是安室透的协助者羽场二三一。羽场二三一真正的出场只有一次，他却是整个故事的关键人物，他是事件的因，也是事件的果，这点和《第十四个目标》的村上丈很像。羽场二三一的悲剧，是公权力机关为了国家安全膨胀、滥权的结果，包括毛利小五郎被捕事件。凶手制造大规模的危害国家安全的事件，其动机就是针对公安警察滥用职权行为，因为此种行为导致了弱势的羽场二三一的不幸。
剧场版M23:绀青之拳【2019】
绀青之拳
绀青之拳，是指在19世纪末与海盗船一同沉入新加坡近海的世界上最大的蓝宝石"绀青之拳"。拳，又可以让人联想到京极真威力惊人的拳头。绀青，黑里透红的意思，与预告片中怪盗基德的受伤相关联，同时基德还留下了一句话，“名为杀人的，被谜团包围的拳头中的真相”。