福清南少林寺始建于李唐贞观元年（公元627年）。位于福清市福清市东张镇少林村。南少林五祖（铁珠、铁鞋、铁臂、铁杖、铁手）就是出自这里。
因东南沿海寇乱之波不静。太宗降旨，选将总戎。北少林道广和尚被钦点元帅，奉令远征。百战功成，受命留镇边庭。为寄托僧兵怀念祖庭之情，道广遍选闽中山水，最终择定山川地貌酷似北少林之福清西境，于五老峰前，弥勒山下，在人称九莲山的正龙真穴的圆通宝地之上创建南少林寺。寺院历经千年，香火不断，高僧辈出。
但世事无常，到了清初，寺院不幸毁于战火，旦夕之间，沉寂销声。又经百余年风雨，遗迹荡然无存。
但天佑福清南少林，印尼福清华侨世界十大富豪林绍良，夜梦南少林高僧，要求重建福清南少林，于是就照梦中高僧所说的地址寻找，结果真的在福清市东张镇少林自然村，找到了少林寺遗址。
一九九四年十一月，福建省宗教局和福州市政府先后批准在遗址上重建南少林寺，福清市各界人士及新加坡、马来西亚、日本、印尼及美国、香港、台湾等海外华侨共集资5000万元人民币用于重建南少林寺。永国大和尚历经十年施工，使少林祖庭重现辉煌。这座历史悠久、富有文化底蕴的千年古刹，自古便以禅文化为核心，以武医文化为载体，不仅在历史上早已享誉四方。也曾孕育了许多德高望重的著名禅师。特别是高僧际然心传、德诚、铁鞭允韶，著名武僧铁杖、铁柄、铁珠、铁鞋以及咏春拳的创始人五枚师太等等，他们都为福清南少林寺留下了许多宝贵的历史文化遗存。
2018年3月9日，印尼福建福清籍乡贤何文金又捐资1亿元人民币，修建福清南少林文化旅游园区。何文金出席奠基仪式并为福清南少林文化研究中心揭牌。