源流两大支系
（一）
吴氏自一世季扎之后，传至六世为弥庸。弥庸的后代有从吴地迁河南者，传至第五十世有吴祭者，定居河南固始，随王潮、王审知于唐僖宗乾符四年提兵入闽，遂定居莆田县。吴祭为吴氏入闽之始祖，死后葬莆田黄石山。 吴祭生有四子，其子孙分居漳浦、云霄、莆田、崇安、连城、诏安、泉州、厦门等市县。
（二）
迄自唐代则有唐太史兢公，为江南始祖，其来孙简公，因仕蜀而居闽州。简公之子宣公，字机蔡，于后晋天福元年，由蜀地携眷渡江而南，乃江西临川、南丰、祝家山等处居焉。
按宣公之孙文福，编有实录，云：「吾祖宣公，随父任居蜀阆州（今四川阆县）兰台谷巫锡山，娶盂知祥嫡妻何氏女。五代后，唐潞王清泰元年甲午（民国前九七八年），外祖知祥即蜀主位，不一年而殂，太子孟昶即位，封宣公为驸马宣成公，祖母为孟氏夫人。吾祖夫妇，有深远之虑，携卷回籍，于后晋高祖天福元年丙申（民国前九七六年），时吾年四岁，吾祖年六十有三，偕祖母与父纶公，叔经公、绍公，合家渡江，徙今江西抚州府临川县之石井，留二叔经公居此，又与父纶公、三叔绍公，易居江西建昌府南丰县嘉禾驿梓口李家庄，后又徙居祝家山金斗窠将军出洞形居焉。时后汉乾佑元年戊申（民国前九六四年）九月……按纶公次子宥公，居祝家山，迁山塘隐居，即今福建汀州宁化。宥公次子坤二公，由宁化迁永定。
坤二长子泰甫公，为宋执事郎中，生子二：长四五郎，传梅县、大埔、丰顺等处；次四六郎，传广东、江西等处。坤二公第三子吉甫，宋进士，任广东博罗县知县。长子五四郎，传下九子：长千一郎，传永定大坪里、石门、冈下等处，次千二郎，传永定大坪里、高陂、塘下等处；三千三郎，传小新村、条鱼、竹寨等处；四千四郎，传丰田、赤迳等处，五千五郎，传胜运、水槽迳、洪山塘等处；六千六郎，传漳州、云霄等处，七千七郎，传广东断铁背、云坪、及海丰等处，八千八郎，传河源、梅县等处。
又吉甫长子五四郎之长孙六四郎，生下九子：长念一，传梅县南口，奇峰、嵩山等处，，次念二，传蕉岭、高思、丰裔、徐溪等处，三念三，传梅县、珠王坑、松溪、松口、蕉岭、徐溪等处；五念五，传平远、东石、畲脑等处；七念七，传梅县、葵岭等处。
又泰甫公之玄孙伯五公，开基龙川李埔柏树下。后传至法猷公，迁兴宁乌池油寮围。法猷公生下九子，各散居于兴宁、五华、龙川等处，及迁徙各省，不可胜记。
吴氏入闽主要的宗支
根据历史资料及典籍谱牒，有记载的各个朝代吴氏入闽主要的宗支，考略记载归纳以下：
一、 闽中兴化府莆田县孝义堡始祖吴庄，原籍河南上蔡，公元前迁居入闽。
二、 莆田钱埔始祖吴祭，原籍河南光州固始县善举乡，唐中和四年迁居入闽。
三、 安溪始祖吴福仁，原籍绍州东府，唐时入闽。
四、 惠安大吴始祖吴仁禄，原籍河南光州固始， 唐僖宗中和二年迁居入闽。
五、 南平橘溪始祖吴遂，原籍河南汝宁信阳， 唐僖宗中和元年迁居入闽。
六、 浦城始祖吴睿，原籍海州（今江苏连云港）唐德宗贞元八年前入闽。
七、 宁化石壁村始祖吴宥，原籍江西南丰人，宋初入闽。
八、 连江东塘始祖吴省元，原籍江苏南京，宋代入闽。
九、 龙溪，梅溪、清溪、洛溪，四溪始祖吴昭，原籍宣州宁国（今属安徽）宋代入闽。
十、 同安白礁始祖吴通，原籍河南濮阳，宋代入闽。
十一、晋江象畔始祖吴阕，原籍河南光州固始，晚唐随王审知入闽。
十二、晋江仓边始祖吴昌生、原籍兰陵古锡梅里，元至正间入闽。
十三、晋江钱头始祖箕畴，原籍浙江钱塘，明嘉靖入闽。
福建吴姓五大派系
吴姓最早入闽始于汉。据《汉书》载：汉武帝元鼎六年（公元前111年），余善叛乱称帝，汉武帝派横海将军韩说与东越衍侯吴阳，一齐歼灭余善。吴阳被封为外石侯，食邑1000户。外石侯吴阳，应是最早进入福建的吴氏先人之一。据闽清县《龙岗吴氏族谱》记载，入闽始祖吴德兴，于晋永和十年随兄学士吴向协镇越国，遂由江苏入闽，卜居侯官县五都龙坪村。有一支裔孙迁至闽清溪演，成为当地望族。唐、宋及其以后，因随军、任职、战乱、投亲、避祸或逃荒等，入闽的吴氏日益增多，族支繁杂，很难逐一细述。入闽后，其裔孙又辗转移居漳州的，主要有：
莆田沈埔吴祭派
吴祭，字孝先，号道成，河南光州固始善进乡人。唐中和四年（884年），因中原战乱，偕兄弟一行三十余人，往福建侯官避乱，后又迁莆田县北隅，再徙居黄石水南沈埔。吴祭兄弟六人，称入闽六祖。吴祭裔孙分布于莆田、仙游、漳浦、云霄、诏安、东山、平和、龙海及广东等地，为江南一大望族。
象畔吴阙名（进士公）派
吴阙名，唐垂拱进士，吴潜之后裔，唐光启元年（885年），吴潜之五世孙吴尚智，因中原战乱，从河南光州固始携眷随王绪军队入闽，寄迹福州南台，次徙兴化塘下（今莆田黄石）。后吴尚智之子吴阙名（进士公），携眷由兴化黄石塘下移居泉州晋江南关外二十四都龟湖象畔嘉埭拓址，开宗发祥，为入闽吴氏象畔始祖。支分南安、晋江、安溪、云霄、诏安、东山和广东潮阳、普宁等地，蔚成闽南、粤东一大望族。
宁化吴宥派
吴宥，字承顺，宋进士，敕赠文林郎，诰封中宪大夫，吴宣之孙。吴宣，字守德，娶四川节度使孟知祥之女为妻，授吴宣为驸马都尉，封宣城公。后为避祸，吴宣携家人移居江西南丰，生三子：长吴纶、次吴经、三吴绍。吴纶生十子，次子吴宥于北宋天圣五年（1027年），从江西南丰移居福建宁化，为入闽吴氏宁化始祖。吴宥生四子：坎一、坤二、震三、巽四。坤二生三子：泰甫、兴甫、吉甫。吉甫生二子：五四郎、五五郎。五四郎生九子：千一郎、千二郎、千三郎、千四郎、千五郎、千六郎、千七郎、千八郎、千九郎。千九郎生二子：长六四郎、次六五郎。吴宥的裔孙遍布于宁化、长汀、连城、上杭、龙岩、永定、南靖、漳浦、云霄、龙海、诏安及广东梅县、大埔、兴宁等地。被尊为闽粤吴姓客家始祖。
龙岩吴十二郎派
吴十二郎，念一郎之子。南宋时，念一郎因避乱，自河南开封徙居漳州华葑社（今华安县）。子十二郎，于南宋宝祐六年（1258年）迁连城席湖再迁龙岩龙门里儒炉官宅坊，为入闽龙岩始祖。十二郎生子十四郎。十四郎生子三：十六郎、十八郎、二十郎。十六郎生仁甫、天佑、祖受。仁甫居龙岩大池，天佑（玄佐）及祖受之子祖松（肇基）移居南靖。
吴氏四溪吴昭派
祖父吴潜，字毅夫，号履斋，宣州宁国人，宋嘉定十年（1217年）进士，殿试一甲状元，拜右相兼枢密使，因反对赵祺为太子，被贬为广东潮州府任循州安置。宋景定三年（1262年），逝于循州。其子吴极、孙吴昭，迁居福建泉州，运吴潜葬于南安二十八都芹山之湖尾山，面对仙洞山。吴昭生四子，长吴勋，居号龙溪；次吴笃，居号梅溪；三吴然，居号清溪；四吴烈，居号洛溪。故称吴昭为四溪公。衍传南安、晋江、同安、安溪、龙海、云霄等地。
晋江吴氏各支糸
罗山小浯塘彬山派系
按小浯塘吴氏族谱记载，其先祖由河南光州固始，随王审知昆仲入闽，至由何处迁入史无详载。按照衍传次序和五世仰斋之孙，七世沙泉生于万历壬子（1612）年按世推算，彬山公约生于洪武至永乐年间，三代人皆当明朝的大官小浯塘肇基祖彬山号三致政，祖妣王三泰，彬山生二子，长大理寺少卿，次承务郞（后石，官通判）二世少卿拓基大浯塘，即吴英将军之支派。彬山次子后石（承务郎通判）为小浯塘和古坑二乡之共祖，后石生二子，长子致政分居古里（坑）、次子刚直仍居小浯塘，后由小浯塘再析出英墩山前和荆山吴氏。
1.古里（坑）吴氏肇基始祖一致政，按古坑吴氏族谱以后石为一世祖，以一致政为二世始祖，三世祖淳斋公，淳斋生四子，长子太白、次子太宜、三子太旺、四子太修，分别为房派。四世太白长房支祖，太白生二子，长处轩（止）、次盛轩、五世盛轩生二子，长性让、次性治、六世性治生保居，七世保居生三子，长良厚、次良弼、三良云、分三支传衍长房。二房太宜派下仅知传至八世二房一是茂乐、二房二是内庭，太修生二子、长仰斋为迴龙派之祖，次春斋为仰北派之祖、五世仰斋生五子，长秀山、次子次山、三子春山、四子明山、五子尾四叔。
2.锦塘（小浯塘）支祖刚直（二世）生三世祖（名阙）、三世祖生乐斋、乐斋生五子、长、次、三、四传今小浯塘派系，因族谱散失，仅知三子生子二，长为星源，次为紫源，六世星源生起受，七世起受生八世祖为光禄大夫。乐斋五子爱塘曾居漳浦为官，后子孙再析山前及荆山。小浯塘及古坑通用讳行是：梦皇得士世，甫兆宗荣泰，君恩萬年春，燕翼绳祖武。
3.山前一世祖及荆山一世祖皆属五世爱塘之后裔，爱塘生六世华墀，原系郡庠生，曾居漳浦任职，后回居本邑吴内，因不适居住而迁山前及荆山，世系难承接。山前一世祖义斋。义斋生子二，长乐静，次逸静（止）二世乐静生子二，长恒素、次怀素（止）三世恒素生子三，长忠顺（止），次敦悔，三敦質（止），四世敦悔生五世曜宗、曜宗生四子，长逸泉、次滨泉、三清泉、四季泉、六世季泉生三子，长居初，次名失，三居宇，七世居初生茂动，居宇生占公（止），八世茂动生荣阳，九世荣阳生玉华玉质、十世玉华生会宽，玉質生会明，十一世会宽生秉劂，秉桧，十一世秉桧分居台湾麦寮城山为吴氏一世祖。即台湾吴哲诚之支也。英墩山前（城山）吴氏自编字行是：从十二世起，秉元铭标金榜钦，明文思允恭克让。
4.荆山吴氏属五世爱塘派下，因族谱散失，仅有荆山留厝房耋老口传开基祖建石公（其中二世至八世失稽），仅知九世已公生三子，长士德，次仁鐤，三仕云，十四士德生四子，长志悦，次志旭，三志然，四志老，士鐤生子二，长志果，次志的，士云生子二长志怀，次志哉。已公号修行，生于顺治己亥年（1659）正月廿五日。荆山吴氏自十世起自编字行：士志成光，文章华国，礼义传家，有道曾孙，祖武克绳，本枝百世，奕叶重新。现传人口409人。
钱头吴氏箕畴派系
据池店钱头（塘）吴氏家谱记载：其始迁祖箕畴自浙江钱塘析居晋邑，因不忘祖籍地，仍以钱塘为住居地名，以示不忘故土。始祖迁徙至晋江钱头是在明嘉靖年间，其中由浙江首迁地无法详叙，其或近或远盖莫知也，但传说钱头之吴，出自泉郡观下房，份为三大支，中国最后一名状元吴鲁出于钱头。吴鲁之曾祖元固、元固生静轩、静轩（吴鲁之祖父），静轩生廷椊，廷遥、厚宇、栋宇四子，厚宇即吴鲁之父，厚宇生拔堂，且园（鲁）、沂堂、兆基四子。其中次子吴鲁字肃堂号且园（1845-1912）最出色，是光绪十六庚寅（1890）恩科状元，也是晚清著名爱国诗人、学者、书法家、现衍人口671人。解放前旅居菲律宾的有吴毓如、吴紫熊、吴毓普、吴紫钧、吴燕忠、吴燕约、吴钟荣、吴奕彬、吴奕霖、吴庭美、吴紫璇。吴紫桐近年侨居宿务。侨居新加坡的有：吴紫廉、吴紫胜、吴章霖、吴紫汉，侨居马来西亚的有：吴紫德。旅居香港七位连眷，澳门四位连眷。原字辈，廷士元亨利贞钟毓，新编字辈：紫绶金章绵世泽，祥麟威风振家声。
安海星塔吴仕衟派系
安海星塔吴氏始祖仕衟公，旧谱载其赘居安平皇恩坊，遂从外祖姓。仕衟生子五，长子昌达分居广东潮州，次子昌经分居漳州，三子昌华传今安平星塔吴氏派系，四子昌元（未详）五子昌丰，二世昌华生子四，长原荣传仁房，次原芳传义房，三原茂传礼房。四子原铭（未详），二世昌丰传原纶，原纶传四世复宝，复宝生子二，长祖盖，次祖善。三世原荣传四世复振，复振生子二长祖康、次祖荣。三世原芳传四世复恩，原茂生子三、长复来，次复元，三复魁。三昆仲列在四世。现星塔吴多数属仁义礼三房之后裔。星塔吴氏新编（从十四世起）字行是：应运开宗绍祖翰，策铭际泰钦英贤。（人口1347人）。
后垵五处土（平庵）派系
五处土生子一、即二世来生，来生生子三长元瑛，次元瑶，三泗治。元瑛生子四，长子阳生分居松茂。次子阳午无传，三子阳盛（分东二房），四子阳江（分东三房）。四世阳生生子三，长保弦，仍居松茂，次保胜号六学士（传永宁、宽仁）三保训，分居湖边。三世元瑶，分后垵西长西二西三西四房、泗治（本支子孙由南京发回索上再移塘市）。由后垵、松茂、湖边迁出的有：湖边保训六世孙石斉公由石狮迁居龙湖锦辉埔肇基。陈埭湖尾（美）吴由松茂分居，池店溪头吴由石狮后垵分居（100人），内坑白垵顶吴始祖吴耀南由湖尾吴析出，传至现今人口188人。
安海后垵荣昌派系
后垵吴氏仅知其十世祖荣昌（明和）生于嘉靖丙午（1546）年，十一世日宠（讳参伯号明照）国斌（讳戊官号朝东）生于崇祯乙亥年（1635）十月初十日亥时。十二世憲尔。十三廿懋猷，懋敦（世芬）、懋修（正柜）懋章（讳昭字世忠），懋宁（讳世萃）。至于从十世荣昌以上至一世，通未详。据先人传说，后垵吴由宋埭头（近井林）分衍，又曰高茂。传说一支析台湾麦仔寮，族谱亦被带往。后垵字行是：荣日宪懋、守惟昭穆，子孙兴旺，嘉成祖德，台鼎泽长，世奕文章。
科任慈沙派系
科任（霞江）吴氏始祖慈沙，慈沙生子二，长孙儒，次炫（未详），三世孝仰，四世子渊，五世燕仪。燕仪生子二，长翼高，次翼珍，以下分二支派衍传。科任吴氏于宣统元年仲夏上浣，由里人陈玉苑重修谱序载：“尚存上段所述，下段腐失不全”。故霞江建基之始诚难稽，唯闻本山西田令祖墓传下平海将军平海侯，后裔又分夷分石井，古安，或分里东等。科任吴氏字行：慈孙孝子，燕翼诒谋，书香踵起，丕显公侯，家存诗礼，世立勋猷，魁登仁进，益文章华，国追念祖，春秋永耀，德业长留，宗大光厚。
新塘湖格滨江派系
湖格吴氏一世祖滨江，生子二，长梅林居湖格，次子（名未详）分居南靖，二世梅林生子六长次子（名未详）分为长二房，三子开基三为三房，四子开基四为四房，五子（名未详）分为五房，六子（名未详）分为六房。三房基三生行質，行質生庵口，五世庵口生子四，长嘉行，次善行，三子（名未详）分居泉城，四子（名未详）分居深沪。六世善行生子四，长碧斋分下间顶角，次笃斋分二柱下间，三子柔斋分三柱，四子实斋分四柱下间。四房基四生庵口角，庵口角生朴庵，朴庵生子九，为一观二观三观四观五观六观七观八观九观。五房传至七世为一君，六房传至七世为南湖。湖格吴氏字行：江梅开質心行一洽天廷金欲必，胜克岐阳祖泽肇端则锡福光明，永长得承绍恢宏志士炒匹显达，荣耀宗邦宁察俊秀振卿侯弼拔，萃超辟为国器保有珪璋世良实。