还在十九世纪末年，日本就已经是中国留学生最多的国家和中国政治犯逋逃的渊薮。清朝向日本派遣留学生，始于1896年，较派向欧美各国要晚。其后，逐年增派，人数迅即跃居留学各国学生的首位，但在1900年以前，也还不满百人。留学生基本集中在日本国都东京。流亡日本的孙中山一派革命志士和康有为、梁启超一派维新志士，人数更少，都在旅日华侨最多的横滨活动。
政治思想开放的留学生对孙中山、梁启超都很景仰，优游于二者之间，似乎并不关心他们之间的政治分野。梁启超倚仗着他在戊戌变法时的名声，又凭着办有《清议报》和东京高等大同学校，俨然是进步学生的盟主。他的一派人对后党“伪政府”的无情揭露和对民主主义的宣传，也确实在启发着青年学生们的觉悟。孙中山一派人则没有积极主动地在留学生中发展自己的力量，他们同学生们的联系面比较狭窄。1899年秋，《清议报》助理编辑、原高等大同学校学生郑贯一，与同学冯懋龙、冯斯栾创办油印刊物《开智录》，宣传自由平等思想。三人分别改号自立、自由、自强以表明志向。1900年，该刊改为铅印，随《清议报》附送，孙中山给予了政治和经济上的支持。受孙中山的影响，《开智录》中出现了“排满”字样，影响到保皇会的会务，于1901年春被梁启超等强迫停刊。1901年春，郑贯一、冯自由、冯斯栾、李白重、王宠惠等因传说清廷将把广东割让给法国，发起成立广东独立协会，主张广东向清朝政府宣告独立，吸引了不少留日华侨入会。孙中山积极支持这一举动，郑等常到横滨前田桥孙宅讨论进行方法。广东独立的主张与梁启超一派人的主张并不冲突。次年，欧榘甲即化名太平洋客，在旧金山《大同日报》上连载《新广东》一文，也主张广东独立。可是，由于郑贯一经常出入孙中山之门，还是被解除了在《清议报》的职务。孙中山将郑介绍到香港《中国日报》去任主笔。少数广东学生虽然接受了孙中山的影响，但大多数留学生的政治趋向尚未转移。
当时，留学生中有一个团体叫励志会，成立于1900年的春天。励志会的宗旨不过是联络感情，策励志节，但由于负责人热心政治，会员得以借此交流政见。励志会的活动人物，如曹汝霖、章宗祥、吴禄贞、傅慈祥、戢翼翚、沈云翔等都非常激进，积极主张改革中国政治，不少人还提出要排满。1900年下半年，会员杨廷栋、杨荫杭、雷奋等创办了《译书汇编》，这是留学生自办的第一个杂志，专门译载欧美政法名著，诸如卢梭的《民约论》、孟德斯鸠的《万法精理》、穆勒的《自由原论》等书。这些译著曾在留学生和国内学生中风行一时。在此前后，会员戢翼翚、沈云翔、秦力山、黎科、傅慈祥、蔡成煜、郑葆晟、吴禄贞等还先后归国参加自立军起义，他们都深为此行能同时得到梁启超、孙中山的首肯而自喜。但是，当回国“勤王”而幸存的学生作为新的政治流亡者返回日本时，励志会和留学生的政治状况就不一样了。曹汝霖、章宗祥、吴振麟、王璟芳等变为稳健派，凡遇政府派官员到日考察，都为之翻译、引导，日渐与官场接近。激烈派分子则鄙视他们的堕落，目为官场走狗，两派势如水火。但是，更为深刻的分化却在于激烈派分子在革命和保皇之间进行了抉择。
1901年5月，秦力山、沈云翔、戢翼翚等在东京发刊《国民报》月刊。秦力山（1877—1905）名鼎彝，号巩黄、遯公，湖南善化（今长沙市）人。他是个秀才，拥护变法运动。1899年赴日入高等大同学校，曾任《清议报》编辑。大通起义失败后，逃往新加坡去见康有为，因自立军经费问题，愤然与康绝交。他又到横滨找梁启超，梁已为逃避自立军将士的责难他去，秦便跑到东京办起《国民报》来。戢翼翚也是跑回日本来找梁启超算账的。沈云翔则以返日后写的《复张之洞书》著名，这篇长文反驳了张在《劝戒上海国会及出洋学生文》中对自立军的污蔑，赞颂革命、流血，倡导自由、平等。秦力山自任该报总编辑，参与其事的还有杨廷栋、杨荫杭、雷奋、王宠惠、张继诸人。《国民报》是最早提倡颠覆清王朝的刊物，它以鼓吹天赋人权、平等自由而独具特色。《国民报》明确地同保皇党划清了政治界限，它指责侨居者中“且有不知革命、勤王之为何解者，亦昧然从而叫嚣不绝，如醉如梦，有若病狂”。它还指责康有为说：“其所谓君恩未报者，亦既读书万卷，俨然为一代之经师，而又深鉴夫支那四万万同胞之脑气筋，各具一事父事君，家奴走奴之性质，于是以对病下药之名医自居，而求便于我功名之想。究其所行所为，不过书生之见，如梁山泊所谓白衣秀士王伦而已。”该刊第四期还发表了《正仇满论》一文，指名批驳梁启超的《中国积弱溯源论》。《正仇满论》是革命派最早的一篇正面驳斥保皇谬论的文章，它的作者是尚在国内的章炳麟。
秦力山等在发刊《国民报》的同时，还组织了一个国民会，《国民报》社则作为其活动机关。国民会以革命为宗旨，提出“革除奴隶之积性，振起国民之精神，使中国四万万人同享天赋之权利”。它宣布：“凡中国之人，苟有愿为国民而不愿为奴隶者，无论海外、内地，皆可入会。”国民会预定的活动方针是“运动各埠华商，刺激内地志士”，也就是说，在国内外掀起革命运动，因此，它规定要在国内各省、府建立组织。
国民会的一部分人也和孙中山产生了矛盾，他们曾在刊物上对他加以攻击。譬如说孙中山“乃阳袭民权革命之名号以自便其私图。然吾何故而得其证据哉？盖见夫华盛顿倡美国之独立，不闻以一身而逃至他邦；鸦军阿度与美国开兵端，不闻以一身而匿迹异国”。这一派人以戢翼翚为首，他们对孙中山发动革命之用心的攻击是错误的，为此，秦力山经常调护于二者之间。然而，他们主张中国的革命必须在国内开展并解决问题，却是正确的积极主张。《国民报》于8月份出刊后即停办，大部分人回国重振旗鼓，显然与这种矛盾和这种主张有关。杂志停刊后，国民会也随之解散了。
自立军起义失败后，在孙中山横滨寓庐中，学界人士的踪迹日益增多。钮永建拜会了这位“海贼”后，回去对吴稚晖赞叹说：“像一个书生，他的气度温和端正得很，我生平未见第二人！”孙中山在知识分子中的印象正在扭转。经常领着学界人士去见孙中山的，除冯自由、程家柽之外，还有秦力山。1902年2月，秦力山引章炳麟前往拜访。章在自立军失败后也被通缉，避往苏州东吴大学任教；又因放言高论受到江苏巡抚恩寿的注意，只好再往日本，应梁启超广智书局编译之聘。孙中山热情地接待了他们，在军乐声中将两人引入中和堂，会饮定交。此后，经常一起讨论土地制度等问题。
1902年4月，章炳麟联合秦力山、朱菱溪、马君武、冯自由、王嘉榘、陈犹龙、周宏业、李群、王思诚等，发起召开“支那亡国二百四十二年纪念会”，定于夏历三月十九日（4月26日），即明朝崇祯帝自缢之日在东京举行。十名发起人中，除章太炎、陈犹龙外，均为学生；除冯自由外，均曾参加过维新运动或深受改良主义影响。他们企图通过纪念明朝灭亡来动员反清革命。章炳麟起草的宣言书声称，明亡之日，也就是中国亡国之始，号召人们“雪涕来会”，共同缅怀明末抗清斗争：“愿吾闽人，无忘郑成功；愿吾越人，无忘张煌言；愿吾桂人，无忘瞿式耜；愿吾楚人，无忘何腾蛟；愿吾辽人，无忘李成梁！”会期前一日，日本政府应清朝公使蔡钧之请，命令警视总监解散此会。警视厅传询了纪念会发起人。章炳麟长衣宽袖，侃侃而谈，回答了日本警长的询问：
“诸君是清国何省人？”
“余等皆支那人，非清国人。”
“士族，抑平民？”
“遗民。”
简短的回答表露出强烈的反满情绪。次日，程家柽、汪荣宝等数百人赴会，均被日警阻止。孙中山是纪念会的赞成人，他率领十多名华侨由横滨赶来，得知情由后回横滨补行了纪念式，章炳麟等发起人均应邀参加。梁启超本来也是赞成人，但他于会前即致函章炳麟表示：只可心照，不必具名。梁此时在办《新民丛报》，仍然和革命党人往来。东京之外，香港《中国日报》先期刊登了宣言书，届期，陈少白、郑贯一等举行了纪念式。
《国民报》、国民会的发轫和支那亡国纪念会的发起，都是以抛弃了改良主义的青年知识分子作为主体的。这一情况说明了自立军起义失败后，资产阶级内部政治力量的重新组合。事实证明，在摆脱一种占支配地位的错误政治倾向时，从反面得来的惨痛教训，往往比从正面接受的宣传教育所起的作用要大。正是保皇、改良没有出路的痛苦体验，使秦力山、章炳麟等人成了倡导革命并与保皇党斗争的急先锋。
不过，还应当指出，同样是皈依于革命大纛之下，《国民报》、国民会和支那亡国纪念会的思想倾向并不一致。前者的民主主义精神是透彻的。它继承了改良派宣传家对民主主义的宣传，而又加以纯净化；花在谴责“民贼”上的功夫，比花在谴责“满酋”上的功夫更多。后者以反满复汉为思想武器，完全缺少近代的民主主义的语言。但是，从社会效果来看，却是后者引起的震动较前者要大。许多寻求救亡之路而又主张革命的人们，怵于迫在眉睫的民族危机，宁愿去接受那种看来是最简单的口号和最便捷的手段。
《国民报》的创刊和支那亡国纪念会的发起，使旅日华人的政治活动中心由横滨转移到了东京。
1902年2月21日（夏历壬寅年正月初三日），留学生在东京举行新年恳亲会，到会学生274人。随后，成立了清国留学生会馆，地址在东京神田区骏河台。这一年在会馆登记的学生人数达到451人。清廷派出学生是为了培养统治人才，但广大青年争往日本，却多数是为了寻求救国救民的真理。日本是学习西方卓有成效的国家，加以离中国近，生活费用低，便成为忧国之士的理想去处。“自庚子以来，凡忧时之士，每伤国势之凌夷，莫不东望祝曰：‘愿留学者之日多而学之速成也。’”革命派在留学生身上寄托了更大的希望，吴禄贞在留学生会馆成立会上把该会馆比喻为美国费城的独立厅。留学生一时被社会舆论称为“新中国之主人翁”。不仅官方派留学生，社会上也动员青年前往，有些地方还为游学者办有招待所、介绍所、补习班、预备科等组织，号召游学的宣传不断见诸报纸、刊物。一股游学热形成了，大批青年源源东渡。
在留学生学习的学科中，军事是个热门，官方为兴办新军派人去学军事，革命分子为掌握军事技能和谋取军权也想学军事。入日本陆军士官学校及其预备学校成城学校者在留学生中比例很大。驻日公使蔡钧为防止革命排满，禁止各省自费学生学陆军。1902年夏，江苏等省自费生钮瑗等九人申请入成城学校学陆军，蔡钧拒绝保送。7月28日，吴稚晖、孙揆均等二十六人为此到使馆请愿，举行静坐。蔡钧勾通日警，拘留了吴、孙二人。8月5日，东京警视厅以“妨害治安”罪宣布遣送二人回国。在起解时，吴稚晖跃入城濠自沉，预先准备好的绝命书说：“以尸为谏，怀忧曲突。”因河水不深，遇救。吴稚晖（1865—1953）名敬恒，江苏阳湖（今属常州）人。江阴南菁书院高材生，举人，拥护变法维新，先后任教于北洋大学堂、南洋公学、广东大学堂，这时率广东留学生赴日，正在东京。他的绝命书虽然“词气之间，还忘不了忠君爱国”，却得不到蔡钧的谅解。8月12日，学生秦毓鎏、张肇桐等认为蔡钧勾结日警的行为丧权辱国，上书蔡钧并到使馆抗议，也被日警拘留。随后，留学生全体集会，一致决议声讨蔡钧。
成城入学事件的风潮并不算大，但它是留学生集体政治行动的开端。公使的压制激怒了学生们，胡汉民等愤而归国；少数激烈分子则酝酿组织团体。1902年冬，叶澜、董鸿祎、汪荣宝、秦毓鎏、张继等发起了一个组织，他们原拟仿照意大利独立前的团体“少年意大利”，取名“少年中国”，后为避免清朝当局注意，定名为“青年会”，仍旧含有“少年中国”的意思。青年会的会约第一章，规定该会“以民族主义为宗旨，以破坏主义为目的”，表现出鲜明的革命色彩。参加发起者还有周宏业、谢晓石、张肇桐、蒋方震、王嘉榘、嵇镜、钮瑗、吴绾章、萨端、熊垓、胡景伊、苏子谷，冯自由，潘赞化、陈由己、金邦平等。他们大多是早稻田大学学生、没有多少政治经历、更没有什么特定的政治身份。这批年轻人在政治上脱颖而出，说明资产阶级革命派的队伍开始获得了新鲜血液。
原先的留学生团体励志会，因为稳健派、激烈派的冲突早已无形解体，青年会在留学生中取代了励志会的地位。1902年11月，湖南留学生杨笃生、梁焕彝、樊锥、黄兴等编的杂志《游学译编》创刊。同月，浙江留学生成立了浙江同乡会。随后，各省学生纷纷成立同乡会，许多省的同乡会都准备发刊杂志，不少青年会会员被选为干事、编辑员，在各同乡会及其刊物中起着骨干作用。
1903年1月29日（夏历癸卯年正月初一日），东京中国留学生照例举行新年恳亲会。清贝勒载振、驻日公使蔡钧与会。会上，马君武、刘成禺先后发表“排满”演说，“主张非排除满族专制，恢复汉人主权，不足以救中国”。两人声泪俱下，慷慨激昂，赢得了热烈掌声。清宗室长福起来辩驳，被学生们呵止。当初未能在支那亡国纪念会上喊出的声音，而今意外地在满族亲贵和官吏的耳边响起来了。马、刘二人与孙中山关系密切，他们这一行动，曾受到孙的启发。事后，刘成禺被开除成城学籍，不准入士官学校，马君武也被迫返国。但是，他们演说的影响却不是任何处分可以消除的。
新年演说之后，东京留学界愈形活跃。
1903年1月至3月，又先后出现了《湖北学生界》、《直说》（直隶留学生主办）、《浙江潮》、《江苏》等几种刊物。它们毫无掩饰地宣传民族主义、民权学说，用激烈的语言，激励留学生的爱国主义觉悟和革命斗争精神。
远处异国的留学生，对祖国遭受列强的欺凌痛心疾首。外国人对中国和中国人的任何不公正的待遇，都会刺激这群充满强烈的爱国心和自尊心的人们起来抗争。
2月10日、11日，日本报纸《日本新闻》、《国民新闻》分别揭载关于大阪博览会人类馆的消息，说该馆已雇定支那等七种人表演风俗习惯，以供观览。学生们闻讯后，认为将中国人同未开化的种族、已亡国的种族并列，是对中国人的极大侮辱。于是，留学生会馆干事集议，起草《呜呼支那人！呜呼支那人！》一文，报告各处，激起各处旅日华人抗争，大阪侨商也进行抗议，终于迫使博览会主持者撤销此举。
3月12日，秦毓鎏、蔡文森等参观大阪博览会时，发现福建省的产品陈列在台湾馆中。台湾省当时为日本所霸占，他们认为：“此必日人狡诡，以吾福建为彼势力范围地，故以出品置此”：“此而不争，则日本谓吾国人可欺，真欲实行其志不难矣！”经过激烈交涉，终将这些产品迁出。
3月26日至4月14日，弘文学院发生退校事件。该校发布新规则，在经济上对学生无理苛索，学生交涉无效，有五十二人出院。几经交涉，校长嘉纳被迫让步，留学生会馆及各省同乡会的干事才举行会议，决定复课。
4月13日，成城学校学生刘鸿逵受到日军大尉西乡的侮辱，队中长官拒绝处分西乡，在校中国学生愤而停课，终于迫使西乡向刘鸿逵和清国留学生总监督谢罪。
4月23日，成城学校举行运动会，张挂各国国旗，其中独缺中国龙旗。中国学生指出：“此虽小事，轻我殊甚。各国皆有，而我独无，是明明不齿我于诸国也。”一致决定抵制运动会，并阻止中国人前往参观。校方无法，终于挂出了中国国旗。
上述事件说明，东京中国留学生的情绪已经到了这样热烈的程度，只要点燃，它的爱国主义和革命的光焰，就会焕然爆发。