1900年1月，孙中山命陈少白在香港创办了最早宣传反清革命的报纸《中国日报》。到了5月份，香港的议政局议员何启，认为现在中国的局势十分的危急，应该使革命党和两广总督李鸿章联合起来，宣告两广自主，以保存广东。何启向陈少白献策：请港督出面劝说李鸿章趁机宣告独立。
孙中山对李鸿章是不是有魄力宣告独立表示怀疑，认为不妨一试。在这个时期，孙中山会见了法国驻日本的公使，想要法国给予军械和军事方面的援助。孙中山想法国许诺，如果革命成功，将会允许法国在中国设立租借地和租界。于是法国公使写了一封介绍信，介绍孙中山和法国驻安南总督相见。6月，孙中山带着郑士良、杨衢云、宫崎寅藏、清藤幸七郎、内田良平等人从横滨出发。
在途中宫崎寅藏自荐去新加坡说服康有为。17日到达香港，李鸿章派出兵舰来接孙中山一行人，因为有逮捕孙、杨二人的传言。为了安全起见，孙中山让宫崎、清藤、内田三人前去谈判，自己坐船直接去了西贡。
在过港时，孙中山和郑士良、陈少白等人举行了军事会议，决定起义的目标仍然是夺取广州，发动地点以广州为正军，惠州为旁军，两地一起发动。郑士良去惠州准备起义，邓荫南等去广州组织机关，杨衢云、陈少白留在香港接济军饷跟军械。
宫崎等人被接到刘学询（李鸿章的幕僚）的私宅，他称：李鸿章在各国联军没攻陷北京城之前不便有所表示，但是可以借款六万，先付一半。并且希望孙中山能早日前来，公策进行。谈判结束后，宫崎等人去香港拿着刘学询之子送来的三万元，接着赶赴新加坡准备和康有为谈判。没想到康有为认为他们是来行刺，不仅不见，还想殖民当局控告，在7月6日，宫崎和清藤被捕。
孙中山到达西贡后，安南总督并没跟他见面，只是让随从人员表示：法国在不引起革命和骚乱的原则下，很乐意看见中国内政有所改善。在西贡期间，孙中山听说宫崎等人被捕，在7月9日赶赴新加坡，营救宫崎等人。12日宫崎等人出狱，英国殖民当局规定孙中山、宫崎等人5年不能入境。
16日孙中山声称：“放弃与康有为协力商讨当前局势的想法”！宫崎等人入狱的事件，使得孙中山和康有为合作的希望再一次破灭。
7月20日，孙中山和宫崎返日。21日，香港总都卜力支持在中国南部成立一个共和国。8月14日，八国联军工日北京，慈溪挟光绪出逃。9月25日，孙中山跟内田良平等人远赴台湾，台湾总督儿玉源太郎根据日本政府的指示，想趁列强瓜分中国的时候霸占福建和中国东南沿海一带，因此他表示支持中国革命，并许以起义后设法相助。孙中山不知道儿玉源太郎真实的想法，他把所购的军械储存在台湾，答应助战的日本军人也集结与此。
10月6日，惠州起义爆发。郑士良在惠州，以三洲田作为根据地，召集了600余人，但是军粮日渐匮乏，只好把部队解散，只留下八十人驻守大寨。但是起义的消息已经传出去了，代理两广总督德寿命水师提督何长清进驻深圳，陆路提督邓万林驻淡水、镇隆，对三洲田形成包围。此时郑士良请求孙中山赶紧把军火运过来，郑士良认为只要军火到了，敌军不足为惧。而孙中山在台湾的各项准备还未就绪，于是电令郑士良先将起义队伍分散，避免同清军接触。
孙、郑还在电报往返时，清军已经逼近三洲田了。水师提督何长清的先头部队约二百人占领了距三洲田不足八英里的沙湾集镇，迫于形势，起义军只能发动攻击，黄福带领八十人夜袭清军，斩四十人，生擒三十，初战告捷。黄福决定明天乘胜追击，与虎门、新安一带的江恭喜部数千人会和一起进攻新安，这时孙中山复电：“若能突出，可直越厦门，至此即有接济”！于是黄福全军改道，往厦门方向前进。由于义军改途东向，江恭喜前功尽弃，只好就地解散部队！
郑士良接替了黄福的指挥职位，在得到兵力补充后，一路北上，虽然装备不全，但是还是攻破邓万林部千余人，夺得大批枪支弹药。
因为江恭喜没能发动，梁慕光围攻博罗县城，并派一小队扑惠州府城，结果没能取胜，被迫散入乡间。此时郑士良已经成为一只孤军，清军集中万人来进攻郑士良。10月17日，在永湖遭遇清军五六千人，起义军以少胜多，邓万林中枪坠马。10月20日又在在崩岗墟击溃了七千人的清军！这是起义军的枪支弹药已经枯竭了。
孙中山在台湾几乎想尽了一切办法，但各种筹措粮饷和军火的方案总是功亏一篑。弹尽粮绝的义军遭到了越来越多清军的攻击，已获战场专断授权的郑士良，下令部队解散。山田良政在归途中遇害，郑士良逃到香港，大批义士流亡海外。
惠州起义失败，广州那边的计划也随之流产。广州起义负责人史坚如购买了几百磅的炸药，想炸死总督。在10月28日清晨，从总督府传来巨响，六人被炸死，总督德寿只是从床上摔了下来。史坚如次日被捕，于11月9日遇难。
在惠州起义失败后，1901年1月，杨衢云被广东当局雇人刺死在香港。8月，郑士良又在香港暴毙。1902年1月，毕永年在惠州罗浮山寺逝世。收到严重摧残的兴中会又失去几位重要人士，只好暂时偃旗息鼓了。