受疫情的影响，全国的各所学校2020春季学期都没有进行线下的教学活动。教育部在4月10日发布文件，明确指出学费（保教费）不得跨学年或学期预收。未开学或未开课不得提前收取学费（保教费）；住宿费不得跨学年或学期预收，未住宿不得提前收取住宿费。但是还是有一部分家长向澎湃新闻反映，他们孩子就读的上海新加坡外籍人员子女学校并没有将之前提前缴纳的二、三、四月份学费退还给家长，对于已预交但后续不续读的家长则完全没有进行退款，并且在四月初各地未确定开学时间的情况下，要求家长4月30日前必须交留位费1万元才能保留新学年的位置，另外还有学费涨价等情况。
据了解，上海新加坡外籍人员子女学校幼儿园部在2月3日起未再开园，但提前收取的幼儿园学费2月不肯退。3月只退一半。（后续校方同意向续读学生退还2月份一半的学费）。学校在未明确开学时间的情况下就要求家长4月30日前必须交留位费1万元才能保留新学年的位置。学校在未明确开学时间的情况下要求家长6月11日前交齐下学期全年学费。学校在疫情期间未经家长同意，单方面下学期学费涨价27.6%（各年级各涨价4万元）。
国际学校的收费标准和收费方式长期以来一直不同于教育部门直属的公办学校，校方的收费方式大部分根据自身情况来拟定。同时国际学校也将国外学校通常采用的留位费概念引入了国内，学生需要提前预交一部分费用，才能保证下学期的入学资格。
学校下发给学生家长的下学期留位费缴费通知
校方发送给学生家长的关于疫情处理的通知，其中表示教育相关部门对于外籍人士子女学校未发布明确的收费指导意见
实际上根据多个国家颁布的官方文件，特别是近期在疫情期间颁布的指导意见，已经明确指出禁止学校预收学费和其他各种费用。
根据上海市教委2020年2月28日发布的《关于做好疫情防控期间本市幼儿园相关工作的指导意见》，幼儿园在疫情未结束之前不得擅自开园,幼儿不来园情况下不得收取任何费用。另根据2020年4月10日教育部发布的《教育部治理教育乱收费工作领导小组办公室关于疫情防控期间学校收费有关问题的预警》，各级各类学校和幼儿园对学费不得跨学年或学期预收；未开学或未开课不得提前收取学费；学校不得借疫情防控名义擅自增设收费项目、扩大收费范 围、提高收费标准，违规乱收费。2014年12月12日教育部和国家发展改革委发布的《明确外籍人员子女学校收费管理政策等有关问题的通知》规定，国际学校要规范自身办学和收费行为，及时向社会公示收费项目、标准，主动接受学生、家长和社会的监督。各级价格主管部门、教育行政部门依法加强对国际学校招生、教学、收费行为的监管，及时掌握办学和收费管理中的问题，维护学生权益和促进学校健康发展。
澎湃新闻了解到，对于学校的不合理收费情况，以及学校自身存在的一些注册资质不明的情况，学生家长们已联系律师事务所，向校方正式提交了律师函。学生家长要求校方出示合法注册登记证明以及办学资质、退还自 2020 年 2 月 3 日至正式复课期间所发生的全额学费、取消关于预收留位费及全年/半年学费的相关规定并且向家长们合理说明提高学费收费标准的理由，主动接受联名委托人及社会的监督这几项要求。
记者多次电话联系上海新加坡外籍人员子女学校，由家长提供的招生办老师电话均未接通。其总机接通后告知记者会将情况转告招生办等待后续答复，发稿前未收到校方回应。
根据学校官网介绍，上海新加坡外籍人员子女学校（SSIS）由新加坡国际元立集团投资及创办，经中华人民共和国教育部批准，于1996年9月3日正式成立。SSIS为上海外籍家庭2岁至18岁的孩子提供幼儿园至12年级的一贯制课程。建校初年，学校只有18名学生和9名教师。如今，SSIS拥有1,300名学生，200多名教师。
教育部网站信息显示，2017 年 3 月 28 日教育部公布批准设立的外籍人员子女学校名单中有上海新加坡外籍人员子女学校（SSIS）。但学生家长委托的律师表示，目前没有任何信息显示该校的合法注册登记情况以及相应的法人资格。