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公元初，马来半岛有羯荼、狼牙修等古国。15世纪初以马六甲为中心的满剌加王国统一了马来半岛的大部分。16世纪开始先后被葡萄牙、荷兰、英国占领。20世纪初完全沦为英国殖民地。1957年8月31日马来亚联合邦宣布独立。1963年9月16日，马来亚联合邦同新加坡、沙捞越、沙巴合并组成马来西亚（1965年8月9日新加坡退出）。
史前时代
人类在这个区域栖息的最古老证据可追溯到距今4000年前，
发掘了旧石器时代早期文化-坦彭文化，
旧石器时代晚期文化-巴基特·椿平遗址等，
这些旧石器时代猎人可能是塞芒人的祖先，这个矮黑人群体在马来半岛具有极深的渊源。
在距今1 万年前起始，东南亚由旧石器时代向新石器时代过渡，
在距今5000年以前的新石器时代，南方属于百越民族的族群不断迁徙入中南半岛，
公元前第2个千年期间，青铜器在东南亚北部地区普遍出现，
铁器也在公元前500年以后大量使用。
瑟诺伊人似乎是个复合群体，
有一半的母系DNA谱系来自塞芒人，
另有一半来自晚近从中南半岛迁来的祖先。
原生马来人具有较多样的源头。
大约在公元前300年，原生马来人遭到次生马来人推往内陆。
次生马来人是铁器时代或青铜时代的人群，其祖源部分来自柬埔寨与越南的占族。
这些次生马来人是半岛上第一个使用铁器的人群，是马来西亚马来人的直接祖先。
封建时代
早期王国
印度文明对马来群岛的影响，至少可追溯至公元前3世纪。
古代印度人称马来半岛为黄金半岛。
印度商人来到马来群岛购买丰富的森林和海洋产品，并与和当时来到这里的华人商人进行贸易往来。
华人与印度人在2世纪与3世纪在此区域建立许多贸易港与城镇，数量多达30个。
公元的最初几个世纪，马来半岛的人们信仰佛教和印度教等等的印度宗教，
1世纪时佛教和印度教均在马来半岛立足，并从这里传布到整个群岛。
从公元1世纪到公元15世纪初， 马来半岛南部地区尚无统一国家出现。
公元1至7世纪， 在马来半岛南部出现了第一批具有王权特征邦国。 狼牙修、揭茶、丹丹等 。
扶南统治马来西亚北部直到6世纪为止。
5世纪的中国史书提到南方的一座大港Guantoli，位于马六甲海峡之中。
在7世纪，史书记载有一个新港口名为“室利佛逝”(Shilifoshi)。
三佛齐帝国
7世纪中叶，室利佛逝国（三佛齐帝国）兴起， 其势力包括了马来半岛南部的大部领土。
7世纪到13世纪之间，马来半岛的许多地区由三佛齐帝国所统治。
三佛齐的国王统治着一个由苏门达腊的滨海地区、马来半岛和婆罗洲所组成的、松散的海上王国达700年。
三佛齐是一个商业国家，欢迎每年一度来自中国和印度的船队到这里来做生意，有时甚至有从日本、阿拉伯和伊朗的船只到达。
三佛齐向中国皇帝进贡。
于婆罗洲由渤泥国统治。
在1025年与1026年，刚迦王国遭到古淡米尔国朱罗王朝皇帝Rajendra Chola I 攻打，使得三佛齐的第一个都城哥打格兰基因而荒废。
在11世纪，单马令国王Chandrabhanu利用吉打做为攻打斯里兰卡的基地，这个事件记录在泰米尔纳德邦Nagapattinum的石碑，以及斯里兰卡的编年史《大史》.
在11世纪，末罗瑜开始与三佛齐对抗。
与此同时，伊斯兰教的普及也削弱了信印度教的三佛齐国王的势力。
最早皈依伊斯兰教的地区如亚奇脱离了三佛齐的统治。
13世纪末，暹罗的素可泰王国控制了马来半岛大部分地区。
14世纪，爪哇的满者伯夷帝国控制马来半岛，成为其属地之一。
马六甲
马六甲王国是历史上第一个也是唯一一个统一马来亚地区的王国。
约1400年（一说1402年），被满者伯夷和暹罗藩属北大年驱逐的旧港王子拜里迷苏剌（拜里米苏拉） 追随者到马六甲河的河口定居，建立了马六甲苏丹王朝。
满剌加作为港口开始发展，两年后人口增加到2000人。
当时满剌加服属于暹罗，岁输金40两为贡赋。
马六甲王国一直保持着同明王朝的密切交往。
《明史》记载，马六甲遣使来中国共达22次。
明王朝也不断派遣使者到马六甲王国，郑和7下西洋期间，曾5次到达马六甲王国 。
1403年，明朝中官尹庆到达满剌加，拜里迷苏剌即于永乐三年（1405年）遣使向明朝朝贡，并上表称：“愿内附，为属郡”，
明成祖封为满剌加国王，满剌加遂开始摆脱暹罗的控制而独立。
在明朝的扶持和保护下，满剌加从此迅速兴起，吸引了来自东西方各国的商人，一跃成为东南亚最重要的国际贸易中心和一等强国。
马六甲建国后，采行伊斯兰教，国王称号由拉者改为苏丹 。
1511年葡萄牙人占领马六甲后，伊斯兰教扩大了。
文莱苏丹、柔佛苏丹和霹雳苏丹都认为自己是马六甲王国的继承人，建立起王权统治 。
虽然马六甲苏丹王朝只维持一个多世纪，被看作是马来人自主统治的一个黄金时代，
马六甲成为马来文化的中心，它奠定了今天马来文化的基础。
马六甲风格的文学、艺术、音乐、舞蹈、衣着，及其宫廷人士的华丽衔头，成为所有马来人的标准。
柔佛苏丹王朝
1509年9月11日，塞奎拉抵达满剌加，与满剌加人之间发生了冲突，塞奎拉率船队逃去。
1511年5月，阿方索·迪·阿不奎带领远征舰队于同年7月1日占领了马六甲，组成殖民政府。
马六甲成为葡萄牙在东方活动的核心据点。
马六甲苏丹王朝最后一位苏丹的儿子逃到马来半岛南端的民丹岛，并建立了柔佛苏丹王朝。
马六甲的统治消失后，马来群岛分裂为众多互相争战不停的小国家，
其中最重要的有亚齐、文莱、柔佛和霹雳。
其它国家有万丹、日惹、吉打、雪兰莪、苏禄和登嘉楼等。
1586年至1587年间，柔佛主动出击，挑战葡萄牙势力。
1607年，亚齐苏丹国兴起，成为马来群岛最强盛富裕的国家。
亚齐在17世纪下半叶-或17世纪的前40年成为统领这个区域的主要力量。
17世纪初，荷兰东印度公司，占据了爪哇岛上的苏丹国，
1641年，荷兰与柔佛的联军攻占马六甲，终结了葡萄牙统治。
1699年，刺杀了柔佛最后一位马六甲血统的苏丹，控制了柔佛，其他布吉人控制了雪兰莪。
从苏门达腊来的米南加保人也迁入马来亚，建立森美兰。
柔佛的覆灭在马来半岛上留下了一个权力真空。
暹罗的大城王国部分填补了这个空缺，将北部的五个马来国家-吉打、吉兰丹、北大年、玻璃市和登嘉楼变成自己的属国。
1795年英国占领了荷属马六甲，1818年才交还荷兰。
1819年2月，从柔佛苏丹手中获得了新加坡。
19世纪，马来苏丹成为大英帝国盟友。
华人定居在城镇并很快掌控了经济活动。
胡椒是主要的农产品。
殖民时期
1824年英国与荷兰签署英荷条约，最终确立了英国对马来亚的霸权，
英国并没有在马来半岛建立起统一的政治制度，而是分而治之。
1826年，英国把槟城、马六甲、新加坡与纳闽联合组成了海峡殖民地。
1876年英国殖民者从巴西引进橡胶树进行种植。
英国对海峡殖民地实行直接统治，以新的形式:由总督掌握最高权力，另设行政会议和立法会议作为总督的咨询机构。
马来联邦
1896年7月5日，彭亨、雪兰莪、霹雳与森美兰合组为马来联邦，接受英国保护。
1877年9月11日， 霹雳邦成立参议会，这是除海峡殖民地外，马来各邦中第一个立法机构 。
1927年，联邦参议会改组为联邦议会 。
马来属邦
马来属邦是对马来半岛其余未参加联邦的各邦之统称， 包括吉兰丹、吉打、丁加奴、柔佛、玻璃市5个邦（五州府）。
其中吉兰丹、吉打、丁加奴、璃璃市是根据1909年《英暹条约》改归英属马来亚管辖的。
属邦各邦在行政上各自为政， 比联邦各邦保留了较多的实权。
其他地区
19世纪后半部，英国获得了对荷兰从未立足的婆罗洲北岸的控制。
东部（沙巴）则由受西班牙属菲律宾控制的苏禄苏丹的名义统治。
其余部分则是文莱苏丹统治地。
1841年，英国探险家詹姆士·布鲁克从文莱苏丹手中租借了古晋，并称自己为砂拉越的“白色拉者”。
婆罗洲东北部被英国商人殖民。1881年，英国北婆罗洲公司被允许控制这块地区，受新加坡总督监督。
1888年文莱成为英国保护国，1891年英国再与荷兰签订条约，确定两国在婆罗洲的边界。
1903年4月22日，英国和苏禄苏丹贾马鲁尔·基拉姆签署《确认割让岛屿契约》或者称为《确认契约》。
日治时期
1941年12月太平洋战争爆发，日本在两个月内就占据了马来亚。
1942年2月15日，新加坡投降。
英属北婆罗洲、砂拉越和文莱也被日本所占领。
马来西亚正式于1963年9月16日成立，由马来亚、沙巴、砂拉越与新加坡共同组成。