清军入关，在中国建立大清王朝；及1683年郑成功在台湾的抗清政权覆灭后，部份坚持反清复明立场的汉人逃离中国，他们散布于泰国、南洋群岛、马来半岛、北婆罗州等地，并与中国天地会或支派保持联络，策划进攻中国华南沿海地方，与天地会共谋反清复明。这种海外的密谋引起清政府的担忧，促使康熙皇帝下诏，以对付海外的反清华人，严禁他们返国。这群早期的政治流亡者，就在东南亚播下秘密会社发展的种子，成为天地会或其支派组织的分支。
天地会是中国清初影响颇大的民间秘密会社，以“拜天为父，拜地为母，日为兄弟，月为姊妹”定名为“天地会”。加盟者皆为兄弟，以“洪”字为结盟之姓，这是取自明太祖的年号洪武。结盟称为“洪门”，并拆“洪”字为“三八二十一”作为会中的秘密相识暗记。结盟规矩以先来者为兄，后来者为弟，随人数不断增加，即不断“添弟”亦名“添弟会”。
移民到马来半岛的中国人，有为了逃离清廷的统治，也有为谋求经济上的发展。马六甲存留有最古老的华人遗迹三宝山 (BukitChina)，山上的一些古墓可以追溯到16世纪前的时代。当时的统治者 (葡萄牙和荷兰政府) 采用了甲必丹制度 (Kapitan，荷文，即英文的 Captain，中国称“蕃长”)。华人领袖被任命担任甲必丹，其职责是适当地管理当地的本族人。马六甲青云亭的创立人之一的李甲（甲是甲必丹衔头的简称），全名李君常，又名李为经，福建鹭江 (厦门) 人。三宝山华人墓场，即当年李甲所购赠。李甲之子正壕继为甲必丹。之后，正壕的妹夫曾其禄，别名曾六官，担任甲必丹。曾六官为逃离中国的亡命之徒，他曾大事修筑和扩建青云亭，并在亭内建观音堂，堂内木匾的“青云古迹”四字，出自曾甲的手笔。青云亭内供奉着他的神主牌位，上书“避难义士”，说明曾六官宁愿流亡他乡，不愿受清人统治。因政治流亡者的后裔构成了马六甲华人社会的核心，并在自治的环境下，使该地繁荣起来，他们意识到无法在海外与清廷的权势抗衡，要在海外发动任何起义的机会不可能，过去的反清立场，便随着时间的推移与人事的变动而渐渐淡忘。但这群秘密会社的活动和组织网络却被带进了另一进程，使之成为控制社会的一个组成部份。
1786年，英国人在槟城建立了马来半岛上的第一块殖民地，标志着中国人移民东南亚的一个重要开端。槟城的自由贸易政策，吸引了许多有进取心的中国人。1819年，新加坡的开埠和1824年英国人获得马六甲，进一步刺激了中国移民的增长。1826年，英属海峡殖民地 (Straits Settlements) 的建立，中国的自由商人更确信这地区的商务将会继续繁荣。
海峡殖民地政府在1825年就发现“义兴”、“海山”、“合成”及“华生”四个秘密会社。初期秘密会社的总部设在槟城，并在马来半岛各地有着他们的支部，其中以森美兰的双溪芙蓉、霹雳的拿津、雪兰莪的芦骨，以及后来发展起来的吉隆坡、干征等地最为重要。因为这些地区在19世纪是锡米的产地，不少华籍矿工是“义兴”和“海山”的中坚分子，因为权势和利益上的冲突，发生了一场又一场的会党大格斗。
新加坡义兴公司属下有广东人 Macaos，客家人 Kehs, 福建人 Hokiens，潮州人 Tay Chews 和海南人 Hylams 五大方言族群，他们在名义上属于义兴总公司，其实各自为政，造成日后在新加坡会党之间，不断发生械斗，终让英殖民地政府施以种种条例加以遏制会党的活动。英殖民政府终于在1890年正式封禁义兴公司。
当英殖民政府封禁秘密会社活动时，曾要求柔佛州 (Johor) 苏丹 (土王) 也查禁义兴公司，苏丹不但没有照做，还写信给殖民地总督解释说：义兴公司是一个在他恩准下被官方承认的组织，对居住在柔佛的华人有作用，有好处的组织，他不同意英政府的压制政策。他指出：秘密会社的存在是不可能用法律去消除掉的，而最好是经过时间去渐次改变它的性质。苏丹所提出的控制是：义兴公司虽是潮州人的组织，他必须向所有华人开放，所有华人甲必丹和华人港主必须成为它的会员。
这是一个时势，19世纪欧洲的工业革命，纺织和皮革工业的发达，刺激了甘蜜 (甘蜜是一种攀缘小树，将其枝叶入炉煮成膏，会疑问并成红褐色泽，可作为鞣皮和染布的染料) 的价值，掀起了华人种植者对甘蜜的兴趣。由于英政府对秘密会社的严格管制，1846年义兴公司的领袖陈德海从新加坡率领了4000余会众，进入柔佛种植甘蜜和胡椒。当时柔佛州的港主制度的发展和义兴公司有一定的关系，如柔佛几位著名的港主，如陈开顺、陈旭年、陈德海和林亚相等人都曾经是义兴公司的领袖。因此，柔佛义兴公司是柔佛州唯一拥有合法地位的会党组织，它虽是以潮州人为主，但其独尊的地位，其他籍贯的族群亦逐渐加入，使它成为一个跨越方言群的本土化的民间组织，也使柔佛的经济得以平稳发展和开拓。
尽管新加坡和马来亚两地的秘密会社是当地社会的一部份，与中国天地会肯定也存在异同。不过，中国天地会对东南亚秘密会社的影响仍极其巨大，从组织结构、管理模式到帮派礼仪，暗语、腰凭及凭据信物的方式，无不受到天地会的影响。洪门从清初到民国时期，已不再是秘密组织，但仍实行凭证制度，传讯信物仍是组织的维护生存的手段。新马的秘密会社曾铸造过6枚“洪门钱”，这些所谓钱，是由于它的形状是外圆中方孔的中国钱式样，它不是币。其实是“洪门信物”，代表组织内的职称或身份证明的功能。这6枚信物是根据洪门铜制的版式，就地取材，以锡合金倒模铸制。以下是六枚钱的暗喻与身份：
一、洪宏红虹 / 胜：
洪门，又称洪帮，“洪”与“红”字通用，称作“红帮”。认为与朱元璋有关，“红乃朱也”，也代表朱元璋，为纪念他自称红帮。天地会有文载：“红巾一条在手中，包在头上访英雄”，是香主身份，又称“龙头”或“黑棍”。
代号：四八九（因四加八加九是二十一，为洪字的拼写。）
二、洪门帮会 / 天下来归：
“副香主”又称“二路元帅”
代号：四三八（因四加三加八是十五），表示纪念洪门前五祖，中五祖和后五祖，共十五人。而洪字左旁为三点水，共字下边是八字，表示三八）。新加坡义兴公司总部有社公庙，祖坛祭祀五祖，也称五虎 (Go Foo)，又称“五虎祠”，供广大会员祭拜。
三、洪门兄弟 / 互相扶持
是执法管事 （亦称：红棍）
代号：四二六（因四乘二十六加四等于一百零八，表示梁山一百零八将。在执行处分时，暗指三十六天神，七十二地煞，总数也是一百零八）。
四、义兴公司 / 各路平安
管理内部事务，称“白扇”或“军师”或“师爷”。雅称“先生”。遇有对外交涉或策划械斗时，负调兵遣将等方面的任务。
代号：四一五（因四乘十五加四等于六十四，代表八封，是出谋策划者）。
五、洪顺堂令 / 三八廿一
洪顺堂是洪门属会，负责通信联络，因要走动连系，故称“草鞋”。
六、金兰社用 / 义薄云天
金兰社也是洪门属会。
洪门信物钱出现在马六甲苦力巷 (Jaken Lorong Kullia) 的清水观。当时仍在的小部份可以凑足6枚不同的一组，另有其他散枚。这间小小的庙宇座落在一条幽静的小街，外型像一艘停泊的中国古老木船，右边连接毗邻两层排屋，另一边是一小巷，楼高两层，其实是一间双层排屋，小巷边的外墙有三个并列的窗户，正面入口是三段式的铁摺门。屋内是木船式的结构，都以三为主，如楼上是三根纵樑，楼板横钉，像船上的甲板，前厅正面设神坛香案，右墙挂插令旗，从左门中可进入中房，门楣上挂一玻璃框，写“洪顺堂”三个大字，左墙上挂着上世纪50年代的社团注册证书（复印放大），有当时各理事们的名字。进入中房右边有约2尺高的入墙平台，上铺盖木板，木板可逐块揭开，内似暗格机关。台前地上有小暗沟，上盖木板，沟深阴暗（据说置藏巴冷刀或短矛等冷兵器）。后段是天井，有三楼支柱的棚架，中有一口露天的井，水清，小鱼悠游其中。一狭的小木梯直透楼上，据说楼上有逃亡用的暗道。
马六甲是华人最早定居的口岸，早在1511年葡萄牙人占领前，华人已在此建立了小小的定居点，到荷兰人期间，闽人为主，规模扩大。英国人在半岛上建立“三州府”时，由于欧人对东南亚的开发，苦力劳工贸易市场兴起，市场以此作为向西方世界或东南亚的殖民地输出苦力的据点。大量苦力的需求，许多苦力不是从农村乡下被诱骗就是被绑架而来，一旦他们认识是受骗或遭虐待，就会以暴力反抗与逃跑。他们大多数是文盲且迷信，秘密会社正好是一个控制的组织。苦力巷内的清水观及洪顺堂，正是苦力客头的管理地区的遗迹。
从观内的以三的建设结构可见洪顺堂是三合会的支部。三合会是苏洪光创立，三合取天时、地利、人和之意。苏洪光创三合会，更名为“洪天佑”意应上天之意扶助保佑洪门。他广纳贤豪，各地义士来投靠。发展到三十万众，其中女性也达四千余人，声势浩大，使清军遭到有史以来最大打击。清军施计派出符达与田坚两名奸细率精壮人马来诈降，两人所带人马在对清军作战时十分英勇，取得洪天祐的信任。当时三合军以“排”为单位编制，洪天祐任命符达为会中四排，田坚为七排，委以副军师之重任。最后，两人在紧急战事时，倒戈相向，使三合军重创。两奸在对阵时被三合女将擒获，当夜开设忠义堂，剖其心肝拜祭阵亡将士。洪天祐因自己的疏忽轻信，造成军将受到重挫，心中愧疚而病重，死于白虎山。三合军残部屡战屡败，最后彻底溃败，洪门兄弟四散逃亡，散布海外。经历这一血的教训，洪门中以符达和田坚为戒，从此忌用四、七两排。三合会和致和会在海外齐名，曾大力支助孙中山的革命事业。
中国移民在马来半岛上从旅居到定居，为了使自己在新的土地上有所建树，他们克服对中国感情上的依恋，由宗亲会馆、方言组织和秘密会社，改变他们的精神世界，保留华人传统的风俗习惯，以鲜明的文化特色融入当地的多元民族及多元文化的社会中。