2003年复旦大学著名分子人类学家李辉、金力等人在《客家人起源的遗传学分析》以及2014年李辉和广西民族大学徐杰舜教授共同完成的国家社科基金项目《岭南民族源流史》中，从史学与基因研究相结合的角度，对岭南各族群的源流进行了详细的探讨。
李辉、金力等人认为各族M7个体Y-STR单倍型的网络结构分析发现客家人中类苗瑶结构有两个来源，其一来自湖北，其一来自广东。客家人之类侗族结构应来自江西土著干越。客家人母系遗传的线粒体RegionV 区段9 bp缺失频率为19.7%，与北方汉族差异颇大，而基本与畲族一致，可能这两个群体之间的通婚曾普遍发生。客家话中含有相当多的苗瑶语词汇，而很少有岭南汉族常见的侗台语词汇。这些词汇都是不常用的基本词，不会是因为汉人借用苗瑶语，很可能是客家人的最早的成分——古代的荆蛮族为了与汉人打交道，借用了大多数汉语词汇，而保存那些出现频率不高的词语。原始客家语并不是中原地区的汉族移民带到南方来的，而是当地的原住民荆蛮人在学习汉语的过程中形成的混合语。在开始的时候，可能带有更多的荆蛮话土语，后来受汉语的不断影响，汉语的成分越来越多，就成了真正的汉语方言，只有少部分荆蛮土语还残存在现代的客家话中。因此推测客家人最早的成分可能是荆蛮族，故而在客家人的遗传结构中会有部分来自湖南、湖北的苗瑶成分。客家人的基因遗传结构与其语言特征相印证，提示这一民系可能是在荆蛮族的核心上不断加入汉族移民形成的。客家话等南方汉语方言最初也可能是南方原住民语言在中原汉语不断影响下逐渐形成的。
客家话又称为艾语或涯话，客家人有“宁卖祖宗田，莫忘祖宗言”的祖训。著名语言学家郑张尚芳在分析了与客家话相当接近的浙南畲话后，指出浙南畲话不是畲族学的客家话，有可能是两者都从湖南迁向广东，畲族在唐代又迁到浙南，此过程中两者都学了中国的南部官音。根据语言学家罗美珍、邓晓华的研究，虽然客家方言与现代赣语方言相近，但客家方言除词汇系统中保留了畲语的大量“底层”成分之外，其语序也明显地受到畲族语言的影响，也显示出其演变的瑶畲特色。
中山大学蔡贵庆、朱伟峰等人在《广东梅州客家人起源的线粒体遗传学分析》一文中亦指出：“广东梅州地区的客家人线粒体 DNA Region V 9 bp 缺失频率为0.2174，聚类分析显示广东梅州地区客家人与福建长汀客家人和中国南部人群有着较近的遗传学联系。”又根据台湾大学、厦门大学、暨南大学、汕头大学和新加坡国立大学的相关基因检测和研究，认为客家人和客家话的主体皆源于古代荆蛮，另含畲、瑶成份较高，客家人母系基因与畲、瑶等民族基本一致，在历史形成过程中又不停混入华中汉族的父系血统。
这里所说的“荆蛮”是西周和春秋时期中原华夏诸国对楚人的称呼。《诗·小雅·采芑》中云：“蠢尔蛮荆，大邦为雠。”《左传·昭公二十六年》中有：“王子朝使告于诸侯曰:……晋为不道，是摄是赞，思肆其罔极。兹不榖震荡播越，窜在荆蛮，未有攸底。”这里所说的荆蛮就是楚国，王子朝奔楚。又唐白居易《晋谥恭世子议》：“周之衰也， 楚子以霸王之器，奄有荆 蛮 ，光启土宇，赫赫楚国 ，由之而兴。”《公羊传·禧公四年》：“楚有王者则后服，无王者则先叛，夷狄也，而亟病中国。南夷与北狄交，中国不绝若线。桓公救中国而攘夷狄，卒怗荆，以此为王者之事也。”而当时楚人也以蛮夷自居，《史记·楚世家》载：“当周夷王之时，王室微，诸侯或不朝，相伐。熊渠甚得江汉闲民和，乃兴兵伐庸、杨虿，至于鄂。熊渠曰：‘我蛮夷也，不与中国之号谥。’”又“三十五年，楚伐随。随曰：‘我无罪。’楚曰：‘我蛮夷也。’”
战国以后，楚人的势力开始深入湖北、湖南西部山区，约在战国中期于当地设立巫、黔中二郡。《战国策·楚策》记载：“楚地西有黔中、巫郡……地方五千里，带甲百万，车千乘，骑万匹。”楚襄王十九年，秦伐楚，楚军败，割上庸（今湖北竹山县）、汉北（汉水以北）地予秦。二十年，秦将白起拔楚西陵（今湖北宜城），楚地日蹙。二十一年，白起又攻陷楚国郢都（今湖北荆州纪南城），杀戮颇惨，并毁掉历代楚王陵墓，楚军溃散，不能再战，楚襄王远逃淮北，楚人纷纷渡江逃入黔中郡和巫郡山区。楚襄王二十二年，秦军攻破楚之巫、黔中两郡，楚人乃逃入深山，与当地土著民族混居。明末顾祖禹在《读史方舆纪要》中引晋人常林《义陵记》说“项羽弑义帝于郴，武陵人缟素哭于招屈亭”，可见在秦亡以后，今湖南、湖北西部的武陵山区确有大量的楚人聚居。现在在这些地区已经发现了不少战国中晚期的楚人墓葬。至于湖南长沙等地的楚人，在楚亡以后，必然也有与当地土著民族混居的。
西汉以后，改黔中郡为武陵郡，当地土著民族被泛称为“武陵蛮”，是今天苗、瑶、畲、土家和部分壮族的先民，“岁令大人输布一匹，小口二丈，是谓賨布”。东汉以后，武陵蛮屡次反叛，甚至打到了长江北岸的楚国故都，荆州刺史刘度、南郡太守李肃等皆弃城而逃。东汉政府亦屡出重兵，征剿武陵、长沙诸蛮，名将伏波将军马援就是死于征剿武陵蛮的战事中。西晋初，于荆州置南蛮校尉，亦名护南蛮校尉，管理荆楚土著民族，是为荒服。至南朝刘宋时，“宋民赋役严苦，贫者不复堪命，多逃亡入蛮”，使武陵蛮声势更为壮大，“户口不可知也，所在多深险，居武陵（郡）者有雄溪、褭溪、辰溪、酉溪、舞溪，谓之五溪蛮”，“种众特繁，依深傍岨，充积畿甸，咫尺华氓，易兴狡毒，略财据土，岁月滋深”。刘宋时巴东、建平、宜都、天门四郡蛮为寇，诸郡民户流散，百不存一，荆州为之虚敝，“自元嘉将半，寇慝弥广，遂盘结数州，摇乱邦邑”，宋文帝“于是命将出师，恣行诛讨，自江汉以北，庐江以南，搜山荡谷，穷兵罄武，系颈囚俘，盖以数百万计。至于孩年耋齿，执讯所遗，将卒申好杀之愤，干戈穷酸惨之用，虽云积怨，为报亦甚。”（见《宋书·夷蛮传》）杀戮之惨，于此可见。
迫于刘宋政府“搜山荡谷，穷兵罄武”的军事压力，武陵、长沙诸蛮大批南迁。或向西南，入贵州，形成后来的苗、獞（壮族先民之一种）族群；或向东南，入江西，形成后来的猺、畲等族群；仍然留居武陵山区的，后来形成土家族之先民。与武陵、长沙诸蛮混居的楚人后裔亦随之播迁，进入江西南部，就形成客家先民。
据史书记载，唐末流寇黄巢所部征伐岭南，先入江西，破吉（今江西吉安）、虔（今江西赣州）等州，后又经大庾（今江西省赣州市大余县）走梅关古道，对章江沿线大规模烧杀掳掠，迫使江西南部的客家、畲、猺等先民逃入赣闽粤三省毗邻山区“完垒自守”，在当地形成“无山不住客，无客不住山”的游耕局面。南宋末年，为了躲避元军，又有相当数量的南宋遗民和宋军残部退入赣闽粤毗邻山区，混入客家先民中，这在赣闽粤毗邻山区各地方史志中都有记载。清雍正以后，由于生齿日繁，客家先民开始大量走出赣闽粤毗邻山区，向四方迁徙，甚至远涉重洋到达海外。
“客家”这一名称，来源于清末民初的两广“土客械斗”。在越南，客家人被认定为是越南的五十四个民族之一，称为“艾族”。客家人现在散布于80多个国家，尤以中国的广东、广西、台湾、福建、江西、四川六省为多，广东的梅州被称为“世界客家之都”。客家人有祖先崇拜、聚族而居、诗书传家、尚武、从政、从军和爱迁徙的文化传统，近代以来雄杰辈出。清《嘉应州志》中说客家人“士喜读书，多舌耕，虽穷困至老，不肯辍业。”客家妇女从来不缠脚，但是地位低下，屋内屋外，操持家务。有学者称客家人“士淳民朴，性颇刚锐，男多负羽从军，其勇甲于百粤；女则持家掬育，辛勤过于男子。”客家话是中国台湾的官方语言之一（法定公事语言）、苏里南共和国的法定语言之一，其内部又分成若干个片音，几乎每个地区的客家语都有其各自特色而不完全相同。