1945年9月25日，也就是盟军统帅麦克阿瑟以联合国军最高总司令部的名义发布首次战犯逮捕令的两周后，身在菲律宾的日军第十四方面军司令山下奉文收到了指控他战争犯罪的起诉书，他于10月8日受到审讯，3周后即进行了审判。此时的东京，战犯抓捕工作还未结束，而千里之外的马尼拉法庭已将有“马来之虎”之称的日本陆军大将山下奉文送上被告席。马尼拉审判是一场极具争议的审判，但同时它又意义深远，被普遍认为是远东国际军事法庭大审判的预演。
沦为阶下之囚
山下奉文是日本陆军中威望极高的名将，后世对他的了解大多因为马来、新加坡之战——太平洋战争爆发后，时任第25军司令官的山下奉文率部进攻马来亚、新加坡，此役山下出奇制胜，击败了数倍于己的英奥联军，迫使新加坡的英军统帅帕西瓦尔于1942年2月投降。攻占英国重要的海军基地新加坡使山下奉文名声大噪，并成为自太平洋战争爆发以来，第二个登上美国《时代周刊》的日本人，不过由于当时美日刚开战，山下奉文的肖像与上一位登上该刊的山本五十六受到了同样的待遇，都被画得狰狞而猥琐。
二战中，山下奉文并非只是横扫东南亚的“马来之虎”，早在1937年七七事变时，身任步兵第40旅团长的他就踏上了侵华之路，并于7月28日率部在南苑对中国军队发起猛攻，是役国军第29军副军长佟麟阁阵亡。全面侵华战争的起点也是山下奉文的首战。与战场上屡战屡胜相比，山下在军政界的仕途则要坎坷得多。从学历上而言，山下奉文与后来居于陆相高位的阿南惟畿同为陆军士官第18期生，但在考陆军大学时，阿南第四次才考上，而山下则顺利迈上陆军主流的道路，阿南对山下也向来是“以兄事之”。未料天有不测风云，1936年“二二六事件”后，日本军部的“皇道派”势力被以东条为首的“统制派”全面打压，身为“皇道派”军人的山下奉文官运急转直下。战争后期，日本内部虽一度出现以山下担任陆相的呼吁，但因其身份的影响，最终未能实现，反而“无党无派”的阿南惟畿顺利登上此位。军事上的卓越“贡献”与仕途上的处处遭排挤形成鲜明对比，让当时和后世的许多日本人对山下充满同情，这大概也是盟军对山下的审判历来颇具争议的原因之一。
日本战败前夕，已升任第十四方面军司令官的山下奉文正在菲律宾北部吕宋岛的碧瑶城指挥部队与盟军作战。早在7月下旬，十四方面军的参谋长武藤章与山下奉文就达成协议，即一旦作战失败，二人在指挥残部撤离后就切腹自尽，并指令设立了剖腹场。8月15日，陷入苦战的山下奉文通过断断续续的广播收听到天皇宣读停战诏书的消息，4天后又收到南方总司令部传来的停战令。9月3日，山下奉文在碧瑶正式向西太平洋盟军武装部队副司令兼参谋长的利威少将投降。9月25日，盟军发布了山下奉文要以战犯身份被提交审判的通告，曾经横扫马来亚的陆军大将沦为阶下之囚。
被捕后，山下奉文曾对囚犯教师森田说过“我在那时，甚至想到要自裁”的话，不过，在面对美国新闻记者提出的“将军为什么不剖腹”这样尖锐的问题时，山下的回答是：“陛下没有下达让自决的命令。”当时东京传来东条英机自杀未遂的消息，山下认为东条这是“想回避责任的不忠行为”。
“日本帝国陆军大将山下奉文，由1944年10月9日至1945年9月2日期间，在马尼拉及菲律宾以及其他各地，身为与美国及其盟国作战的日军司令官，对于美国国民及其盟国国民和所属领地市民，特别是菲律宾市民，任其部下进行野蛮暴行和其他重大犯罪。指挥官忽视了管制部下行动的义务。因此，山下奉文违反了战争法规。”这是起诉书上对山下奉文的指控。太平洋战争后期，山下奉文控制着所有驻菲律宾日军的军事力量，莱特湾之战后，退入吕宋岛山区中的日军因战场上的失利而处于狂暴情绪中，并发泄到当地亲美的菲律宾民众身上。成千上万的菲律宾民众惨遭屠杀，其中包括“妇女儿童，甚至是幼儿、老人、传教士、尼姑等”。
山下奉文被捕之后，预测死刑的人不在少数。10月8日，盟军军事法庭在马尼拉市的高级专员官邸对山下奉文举行了第一次公审。审判官席设在中央，左右是检察官、辩护团席，山下就夹在辩护人当中的席位，此外还设有300人的旁听席。这一天，山下穿着烫熨过的军服，胸前佩戴上勋章勋略，皮靴也擦得锃亮，试图“给人一种伟大的印象”。等进行完审判前的必要过程后，山下奉文提出让参谋长武藤章、参谋副长宇都宫为助理辩护人的申请，尽管法庭同意了申请，但首席检察官罗伯特?科尔少校还是尖锐地说：“检察官不承认提出的两人为参谋长、参谋副长。山下拥有参谋长或者参谋副长的时代已经结束了!”
正式的审判在10月29日举行，截止至公审的前两天，控诉山下奉文的诉因竟多达123项。事实上，山下的罪状的确不应只限于1944年10月至1945年8月这10个月，就以东南亚地区而言，1942年2月14日，山下奉文进攻新加坡时为了“使市民产生恐怖心理”，下令炮轰城市，不少炮弹落到居民区，炸死很多平民。当然，最骇人听闻的还是发生于1945年初，美军在强攻马尼拉期间，日军对马尼拉进行了疯狂的破坏和屠杀，据统计，大约有3/4建筑被毁，12.5万菲律宾人惨遭杀戮，其中最恶劣的是日军在圣保罗大学一次杀害994名菲律宾儿童。虽然在屠杀发生前山下奉文曾下令马尼拉为不设防城市(因日本海军拒绝接受命令而继续抵抗)，但在整个屠杀过程中，他几乎没有采取任何措施。在宣读指控山下的陈述时，首席检察官罗伯特?科尔甚至愤怒地斥责他是“人民的公敌”。
审判开始后，不断有受害人出庭作证。据日本历史学者儿岛襄在其著作《马来之虎—山下奉文》中所记载，审判山下的过程中，“一个接一个的证人，有做母亲的，叙述了亲眼看见日本兵当面刺杀了她的孩子;有的出示少女背上刺刀的伤疤;有的详细谈及日本兵对妇女的暴行;一个男人出示了差一点被砍掉脑袋而在颈上留下的疤痕”，法庭仅是记录证人们所讲述的日军暴行，就用了2900多页纸。
法庭也给山下奉文辩护的机会。开庭前，盟军西太平洋的指挥官威廉?斯泰尔就指定了6位律师为山下辩护。从11月28日起的3天时间里，山下都站在为自己辩护的证言台上，但过程很简短，因为他几乎没有辩护。谈及日军暴行，山下说：“我并不知情，但我不会说我没有责任。”并表示“我要不负责，谁来负责?”
或许是以退为进，又或是性格使然，总之山下这种将罪责全部承担的态度竟然引起控方部分人的同情，预测他会被判死刑的人也急剧减少。不过，也有人认为必须坚决追究战争责任，严惩山下，据原参谋副长宇都宫回忆，曾经在新加坡被山下打败的英军参谋瓦尔德上校说：“如果(山下)在马尼拉法庭宣告无罪，英方准备马上把当事人要过去，在新加坡召开军法会议判以死刑，请做好思想准备吧!”
史无前例的审判
1945年12月5日，美、英、澳三国特派员12人对山下奉文是否有罪的问题进行不记名投票，结果出人预料，12人全部投了“无罪”，山下案眼看就要出现大反转。宣判到来之前，法官进行秘密投票，这次投票的结果将决定对山下的量刑。12月7日下午2时，审判官宣布开庭并宣读判决理由书。对于山下案的复杂问题，判决理由书中这样陈述：“……由于部下一人犯了残杀或强奸罪，便把指挥官看成杀人犯、强奸犯是不合理的。但……发现了这样的犯罪行为，指挥官没有做出有效的努力加以取缔，那指挥官……对部队的不法行为就必须负责……”
随后，山下等来了法庭对他的最终判决，“……秘密投票的结果，由于审判官的三分之二以上统一，本法庭同意起诉书指控的情形判为有罪，宣告判处绞刑。”据说读完判决书后，右耳听力较差的山下没听清楚，便询问坐在他左侧的滨本翻译。滨本告诉他：“是上吊啊!”山下听后点点头，默然无语。
1946年2月23日凌晨2时50分，山下奉文被带往绞刑台上执行死刑。处刑记录记载：上午3时2分至上午3时23分气绝，时年60岁。
就在山下奉文被处死的12天前，马尼拉军事法庭对“巴丹死亡行军”的主要责任人本间雅晴下达了死刑判决书，并于4月3日执行枪决。两人都是日军侵略东南亚时的高级指挥官，但人们对本间的责任认定和判决几乎没有异议，而对山下的判决则历来不乏争议，直至今日仍有不少人认为山下死于美军的“报复”。平心而论，山下奉文案作为二战结束后对日本战犯的第一场审判，无论法庭组织还是审判机制都不可能像后来远东国际军事法庭那样成熟。比如战犯的辩护人要顶着极大的压力，身为辩护人之一的利鲁在《审判山下》一书中回忆，当时连看守兵都会轻蔑地对他说“你们是那些猴子的辩护人吗?”这种情况一方面显得“有欠公允”，但另一方面也反映了日本军队所犯暴行所引起的憎恨和反感。
其次，当时的盟军对日本军队的指挥系统缺乏了解，很大程度上忽略了参谋的战争责任，例如许多屠杀命令是参谋未经指挥官首肯的前提下直接下达的，在马尼拉和新加坡被判死刑的日军将领都是为参谋辻政信顶罪之说也并非空穴来风。但是，日军的战争暴行也是具有普遍性的，并非个例或单纯的“奉命行事”，作为指挥官的山下奉文只要稍微尽其本职，就能了解这些情况。一位参与审判的律师总结山下说：“他的部队犯下了罪行，说明他未能有效地控制部队，这就够了!……他应该被绞死!”
这也是有特殊意义的一场审判，因为在此之前，从来没有战胜国对战败国如此高级别的军官追究过战争责任，对山下奉文的公审可谓史无前例。值得一提的是，后来的纽伦堡审判与东京审判中皆适用了山下奉文案中确立的法律原则，马尼拉审判更像是东京审判的预演。法国历史学者艾迪安.若代尔在著作《东京审判：被遗忘的纽伦堡》中比较中肯的评价了山下奉文案：“尽管存在最高法院持不同意见法官所指出的那些明显的司法不公，‘山下奉文判例’仍然是第一例涉及战争犯罪中指挥官责任制定义原则的判决。自那以后建立的所有国际法庭都将实施这个原则。”