1941年11月11日，德国人截获了一份英军的秘密情报，其中记载了英军在新加坡布防以及防御弱点的绝密信息。德国人将情报转交给日本人，很快，日本就制定了入侵新加坡的计划。
由于多年的侵华战争，日本的军事资源消耗巨大。然而从1940年开始，英美等盟国开始对日本实施战略物资禁运，并实施经济制裁，日本的石油储备开始严重匮乏，于是他们盯上了新加坡等英美殖民地。
1942年2月8日到15日，日军仅用了一个礼拜时间，就攻占了新加坡。大约8万名驻守新加坡的英国军队、印度军队和澳大利亚军队成了日军的俘虏，加上之前在马来亚战役中被俘的5万英军，这13万人成为英国历史上最庞大的俘虏队伍。英国时任首相丘吉尔哀叹：这是英国军事史上最严重的灾难。
新加坡战场英军向日军投降
随着新加坡的沦陷，一场针对新加坡及马来亚华人的大屠杀也随即展开。应该说，这一场大屠杀是早有预谋的。早在1941年12月28日，日军在入侵新加坡之前就制定了侨务管理实施准则，规定凡不服从或不与占领当局合作的，应予以取缔。
由于在中国战场上，日军遭到了顽强的抵抗，因而他们认为，针对华人有必要采取肉体消灭的政策，比如在中国战场，他们就搞出了灭绝人性的三光政策。因此，针对新加坡华人的大屠杀，日军早就做好了清洗的准备，罪恶的屠刀早已磨亮。
等待甄别的华人
占领新加坡后，日本占领当局很快就列出了9类华人为“不受欢迎的人”：
1、参与建立中国救济基金的人士。
2、为中国救济基金捐款的人士。
3、支持爱国华侨陈嘉庚的人。
4、海南人，日军认为这些人都有抗日背景。
5、抗战爆发后移居新加坡和马来亚的华人。
6、有纹身的人，日军认为这些人有黑帮背景，也会跟日本人过不去。
7、以义勇军身份加入英军对抗日军的人。
8、公务员或者亲英人士，比如立法会成员。
9、拥有武器，有可能影响社会治安的人。
针对这些不受欢迎人士的甄别工作随后展开，日本占领当局要求，凡是18岁到50岁的华人男子都必须到甄别中心接受甄别。经过甄别没问题的人，他们会发一张证明。有问题的人就会被装车拉走，定点屠杀。
实际上，日本占领当局没有足够的人手进行甄别工作，他们也无意对华人心慈手软。时任日军驻法属印度支那的第25军任作战主任参谋辻政信就曾放出狠话：“要新加坡华人减半。”
辻政信
因此，日军所谓的甄别只是走个过场，大量的华人被押赴刑场，包括妇女、儿童他们也没有放过。新加坡樟宜海滩等11个地点成为华人遇难的主要场所，在战后，人们在这些地点发现了大量满身弹痕的华人的遗体。
中国早期电影的第一代导演之一侯曜当时旅居新加坡，他也是中国电影理论的奠基人之一。他不仅编导了《弃妇》、《伪君子》等故事片，还执导过《血肉长城》、《最后关头》等抗日题材电影。正因如此，侯曜也被甄别为不受欢迎人士，被日军残忍杀害。
侯曜 曾在电影中女扮男装
二战结束，日本投降后，对于这次大屠杀，他们始终不愿意正面承认，这是针对华人的种族屠杀行为。他们宣称，是战争造成的人员死亡。而且，日本官方只承认，在战争中，只有5000名华人被杀。
然而，当时日本占领当局驻新加坡的警备司令河村三郎少将在他自己的日记中就清楚地写道，仅2月23日当天，就有5000名华人遇害，在新加坡，被杀人数已经达到4-5万人。应该注意到，河村三郎记载的截止日期为2月23日，而大屠杀则持续到3月3日，实际被杀人数远不止4-5万。
哀嚎的新加坡妇女和老人
对此，新加坡华人社区认为，有10万左右的华人在屠杀中遇难。而李光耀先生对于遇难华人的人数曾经做过两次估计。
2008年，他在接受探索频道采访时曾经估计，有5-10万华人遇难。2009年在接受国家地理杂志采访时，他表示，至少7万人遇害，这是可以被证实的数字。如果加上未被发现受害者，也许死亡人数高达9万。他也庆幸自己运气好，躲过了这次劫难。
李光耀
1963年，新加坡曾经就大屠杀事件向日本政府索赔，而日本政府的回应是，他们已经在《旧金山和约》中，就英国殖民地的赔偿问题上与英国政府达成了协议，因此他们对新加坡没有赔偿义务。李光耀为此反驳说，英国殖民者不能代表新加坡人民。
1965年，独立后的新加坡再次向日本政府索赔，并要求他们正式道歉。然而，日本政府仅向新加坡政府支付了5000万美元。名义不是赔款，而是说，其中2500万美元是送给新加坡的津贴，白送，支持你们建设；另外2500万美元则是贷款，借给你们的，要还的。至于日本政府的官方道歉，迄今没有过。