新加坡在脱离英国殖民统治，走向独立的过程中，为了谋求自身发展，根据当时联合国援助专家组的意见，就一直寻求与马来西亚合并。
为此，李光耀所领导的人民行动党在通过选举取得新加坡权力后，与吉隆坡方面保持了紧密的联系，特别是在保持新加坡局势稳定和清除新加坡左翼势力方面，双方保持了极为默契的配合，吉隆坡方面甚至为新加坡当局在这两方面取得的成就进行了高度赞扬。
然而正是在这种紧密的联系下，新加坡虽然最终得以顺利加入马来西亚，但也让双方最终走向解体埋下了隐患，它让新加坡从马来西亚的纽约走到了亚洲的黑暗角落。
这一原始症结的根源就在于新加坡在《马来西亚协议》的谈判过程中，太过激进的将自己的利益放在第一位，总是为自己的利益讨价还价，从而让吉隆坡逐渐失去了对新加坡的好感。
在谈判过程中，双方一直围绕金融、税收、贸易等核心方面的问题苦苦博弈，谈判因此一度陷入僵局。
1963年7月，双方最终达成的协议中，新加坡最终获得了保留60%财政收入的权力，在我国地方的这一权利被限制在20%以内，欧美国家也大多将其限制在50%以内。
同时在教育和劳工法规方面，新加坡几乎拥有独立的所有权力；在贸易方面新加坡保持了自己的自由港地位，以方便自己获取廉价的原材料，同时又让吉隆坡降低了关税壁垒，以促进马来亚共同市场的形成，为此双方在协议中明确，将在协议签署的12年内，逐步建成一个共同市场。
从以上协议的内容来看，无论新加坡在加入马来西亚的谈判过程有多纠结，其结果明显是偏向于新加坡的。
财政上的大比例留成，教育和劳工法规上的独立，让新加坡这个马来西亚的纽约成为了事实上的独立王国，而贸易谈判的结果则让新加坡的廉价工业产品和转口贸易优势发挥到极致，这严重打压了马来西亚刚刚起步的工业基础。
实际上在协议达成之初，马来西亚官方的一些高官就不看好这个协议，其财政部长曾公开表示，自由港和共同市场，新加坡只能选择一个。
虽然结果是新加坡赢得了他们所需要的所有，李光耀所领导的人民行动党也因为这一成就而取得了新加坡各阶层的信任并得以在改选中获胜连任，但新加坡与吉隆坡的矛盾症结也就此埋上。
12年的共同市场没有等到，双方因为共同政治利益而结合在一起的短暂政治婚姻，最终也在两年后的政治纠纷中而迅速走向解体。