日本气象厅调查发现，10月16日误发并撤销9.9级大地震警报，原因是系统的一项防误报功能失灵。气象厅称，设置系统参数时可能发生了人为失误，目前尚不清楚故障的具体原因和持续时间。
当天，系统根据日本国内观测点的数据，误将堪察加半岛附近发生的6.9级地震判定为远处的震源，并推算出9.9级震级，随后把千岛列岛错设为震源，向日本多地发布紧急地震速报。警报发布约8分钟后被取消。气象厅表示，未发现外部非法访问，否定遭受网络攻击的可能性。
系统原本设定不使用距震源超过700公里的观测点数据，但这项功能此次失灵，系统因此采用了距估算震中约1800公里外的观测数据。气象厅连续召开记者会道歉，并表示将严肃处理此事。
警报触发东海铁路公司的防灾系统，东海道新干线新横滨至丰桥区间上下行线路一度暂停运行。日本内阁秘书长木原稔说，误报给受影响民众带来极大担忧和负担。